gmx-morph - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-morph - কনফর্মেশনের মধ্যে রৈখিকভাবে ইন্টারপোলেট করুন

সাইনোপিসিস

gmx morph [-f1 [<.gro/.g96/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-অর [<.xvg>]] [- [না] w]
[-xvg ] [- sinterm ] [-প্রথম ]
[-শেষ ] [-[না] ফিট]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স রূপান্তর ইন্টারমিডিয়েট তৈরি করার জন্য কনফর্মেশনের একটি রৈখিক ইন্টারপোলেশন করে।
অবশ্যই এগুলি সম্পূর্ণরূপে শারীরিক নয়, তবে আপনি নিজেকে ন্যায়সঙ্গত করার চেষ্টা করতে পারেন।
আউটপুট একটি জেনেরিক ট্র্যাজেক্টোরি আকারে হয়। মধ্যবর্তী সংখ্যা হতে পারে
দ্বারা নিয়ন্ত্রিত - sinterm পতাকা প্রথম এবং শেষ পতাকা এর উপায় অনুরূপ
ইন্টারপোলেটিং: 0 ইনপুট স্ট্রাকচার 1 এর সাথে মিলে যখন 1 ইনপুট স্ট্রাকচারের সাথে মিলে যায়
2. যদি আপনি উল্লেখ করেন -প্রথম < 0 বা -শেষ > 1 এক্সট্রাপোলেশন ইনপুট থেকে পথে হবে
গঠন x_1 থেকে x_2। সাধারণভাবে, N মোটের মধ্যে মধ্যবর্তী x(i) এর স্থানাঙ্ক
মধ্যবর্তী সঙ্গতিপূর্ণ:

x(i) = x_1 + (প্রথম+(i/(N-1))*(শেষ-প্রথম)*(x_2-x_1)

অবশেষে উভয় ইনপুট স্ট্রাকচারের ক্ষেত্রে RMSD যদি স্পষ্টভাবে গণনা করা যায়
নির্বাচিত (-অর বিকল্প)। এই ক্ষেত্রে, একটি সূচী ফাইল থেকে গ্রুপ নির্বাচন করতে পড়া হতে পারে
যা আরএমএস গণনা করা হয়।

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f1 [<.gro/.g96/...>] (conf1.gro)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR

-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xtc/.trr/...>] (interm.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-অর [<.xvg>] (rms-interm.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

- sinterm (11)
মধ্যবর্তী সংখ্যা

-প্রথম (0)
প্রথম তৈরি করা কাঠামোর সাথে মিলে যায় (0 হল ইনপুট x_1, উপরে দেখুন)

-শেষ (1)
সর্বশেষ উত্পন্ন কাঠামোর সাথে মিলে যায় (1 ইনপুট x_2, উপরে দেখুন)

-[না] ফিট (হ্যাঁ)
ইন্টারপোলেট করার আগে প্রথম কাঠামোর সাথে দ্বিতীয়টির অন্তত স্কোয়ার ফিট করুন

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-morph ব্যবহার করুন