এটি হল gmx-msd কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-msd - বর্গক্ষেত্র স্থানচ্যুতি গণনা করে
সাইনোপিসিস
gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-পিডিবি [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-আপনি ] [- [না] w] [-xvg ]
[টাইপ ] [-পার্শ্বিক ] [-[না] দশ] [-গোষ্ঠী ]
[-[না] মেগাওয়াট] [- [না] rmcomm] [-tpdb ] [-প্রবর্তন ]
[- শুরু করা ] [-এন্ডফিট ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স এমএসডি প্রাথমিকের একটি সেট থেকে পরমাণুর গড় বর্গক্ষেত্র স্থানচ্যুতি (MSD) গণনা করে
অবস্থান এটি আইনস্টাইন ব্যবহার করে ডিফিউশন ধ্রুবক গণনা করার একটি সহজ উপায় প্রদান করে
সম্পর্ক MSD গণনার জন্য রেফারেন্স পয়েন্টের মধ্যে সময় সেট করা হয়েছে
-প্রবর্তন. ডিফিউশন ধ্রুবকটি একটি সরল রেখার সাথে মানানসই ন্যূনতম বর্গ দ্বারা গণনা করা হয়
(D*t + c) থেকে MSD(t) এর মাধ্যমে - শুরু করা থেকে -এন্ডফিট (উল্লেখ্য যে টি থেকে সময়
রেফারেন্স অবস্থান, সিমুলেশন সময় নয়)। একটি ত্রুটি অনুমান প্রদত্ত, যা
ফিট দুটি অর্ধেকের উপর ফিট থেকে প্রাপ্ত ডিফিউশন সহগগুলির পার্থক্য
অন্তর.
বিভিন্ন ধরনের গড় বর্গ নির্ধারণের জন্য তিনটি, পারস্পরিক একচেটিয়া বিকল্প রয়েছে
উত্পাটন: টাইপ, -পার্শ্বিক এবং -টেন. বিকল্প -টেন প্রতিটির জন্য সম্পূর্ণ MSD টেনসর লেখে
গ্রুপ, আউটপুটে ক্রম হল: ট্রেস xx yy zz yx zx zy।
If -mol সেট করা হয়েছে, জিএমএক্স এমএসডি পৃথক অণুর জন্য MSD প্লট করে (অণু তৈরি করা সহ
সম্পূর্ণ পর্যায়ক্রমিক সীমানা জুড়ে): প্রতিটি পৃথক অণুর জন্য একটি প্রসারণ ধ্রুবক
এর ভর কেন্দ্রের জন্য গণনা করা হয়। নির্বাচিত সূচক গ্রুপটি অণুতে বিভক্ত হবে।
একটি MSD গণনা করার ডিফল্ট উপায় হল ভর-ওজন গড় ব্যবহার করে। এই চালু করা যেতে পারে
সঙ্গে বন্ধ -nomw.
অপশন সহ -আরএমকম, একটি নির্দিষ্ট গোষ্ঠীর ভর গতির কেন্দ্র সরানো যেতে পারে। জন্য
GROMACS এর সাথে উত্পাদিত ট্র্যাজেক্টোরিগুলি সাধারণত প্রয়োজনীয় নয়, যেমন জিএমএক্স mdrun সাধারণত
ইতিমধ্যে ভর গতির কেন্দ্র সরিয়ে দেয়। আপনি এই বিকল্পটি ব্যবহার করার সময় নিশ্চিত হন যে
পুরো সিস্টেম ট্র্যাজেক্টরি ফাইলে সংরক্ষণ করা হয়।
ডিফিউশন সহগ MSD এর রৈখিক রিগ্রেশন দ্বারা নির্ধারিত হয়, যেখানে, এর বিপরীতে
D এর স্বাভাবিক আউটপুট, সময়গুলি রেফারেন্সের সংখ্যা অনুসারে ওজন করা হয়
পয়েন্ট, অর্থাৎ ছোট সময় একটি উচ্চ ওজন আছে. এছাড়াও যখন -beginfit``=-1, মানানসই শুরু at
৮০% এবং কখন ``-এন্ডফিট`=-1, মানানসই যায় থেকে 90%। ব্যবহার এই পছন্দ এক এছাড়াও পায় an
সঠিক ভুল হিসাব ভিত্তি on দ্য পরিসংখ্যান মধ্যে স্বতন্ত্র অণু। বিঃদ্রঃ যে
এই আশ্লেষ গুণাঙ্ক এবং ভুল হিসাব হয় কেবল সঠিক কখন দ্য MSD is সম্পূর্ণরূপে
রৈখিক মধ্যে ``-শুরু এবং -এন্ডফিট.
পছন্দ -পিডিবি লেখেন a .পিডিবি সময়ে ফ্রেমের স্থানাঙ্ক সহ ফাইল করুন -tpdb মধ্যে
বি-ফ্যাক্টর ক্ষেত্র অণুর বিস্তার সহগের বর্গমূল। এই বিকল্প
বিকল্প বোঝায় -mol.
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xvg>] (msd.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-পিডিবি [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (ঐচ্ছিক)
প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-আপনি (দ্রষ্টব্য)
সময়ের মানের জন্য একক: fs, ps, ns, us, ms, s
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
টাইপ (NO)
এক দিকে প্রসার সহগ গণনা করুন: না, x, y, z
-পার্শ্বিক (NO)
একটি সমতলে লম্বভাবে পার্শ্বীয় প্রসারণ গণনা করুন: no, x, y, z
-[না] দশ (NO)
সম্পূর্ণ টেনসর গণনা করুন
-গোষ্ঠী (1)
MSD গণনা করার জন্য গ্রুপের সংখ্যা
-[না] মেগাওয়াট (হ্যাঁ)
ভর ওজনযুক্ত MSD
- [না] rmcomm (NO)
ভর গতি কেন্দ্র সরান
-tpdb (0)
বিকল্পের জন্য যে ফ্রেমটি ব্যবহার করতে হবে -পিডিবি (দ্রষ্টব্য)
-প্রবর্তন (10)
ট্রাজেক্টোরিতে রিস্টার্টিং পয়েন্টের মধ্যে সময় (ps)
- শুরু করা (-1)
MSD (ps) লাগানোর জন্য শুরুর সময়, -1 হল 10%
-এন্ডফিট (-1)
MSD (ps) লাগানোর শেষ সময়, -1 হল 90%
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-msd ব্যবহার করুন
