gmx-nmeig - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-nmeig - সাধারণ মোড বিশ্লেষণের জন্য হেসিয়ানকে তির্যক করুন

সাইনোপিসিস

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-এর [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-ও [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[না]মি] [-প্রথম ] [-শেষ ]
[-maxspec ] [-T ] [- [না] গঠন] [-প্রস্থ ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স nmeig একটি (হেসিয়ান) ম্যাট্রিক্সের eigenvectors/মান গণনা করে, যা হতে পারে
দিয়ে গণনা করা হয় জিএমএক্স mdrun. eigenvectors একটি ট্র্যাজেক্টরি ফাইলে লেখা হয় (-v)। দ্য
গঠন প্রথমে t=0 দিয়ে লেখা হয়। eigenvectors সঙ্গে ফ্রেম হিসাবে লেখা হয়
টাইমস্ট্যাম্প হিসাবে eigenvector নম্বর। eigenvectors দিয়ে বিশ্লেষণ করা যেতে পারে জিএমএক্স anaeig। একটি
এর সাথে eigenvectors থেকে কাঠামোর ensemble তৈরি করা যেতে পারে জিএমএক্স nmens. যখন ভর
ওজন ব্যবহার করা হয়, উত্পন্ন ইজেনভেক্টরগুলিকে প্লেইন কার্টেসিয়ানে স্কেল করা হবে
আউটপুট তৈরি করার আগে স্থানাঙ্ক। এই ক্ষেত্রে, তারা আর ঠিক হবে না
স্ট্যান্ডার্ড কার্টেসিয়ান আদর্শে অরথোগোনাল, কিন্তু ভর-ওজন আদর্শে তারা হবে।

এই প্রোগ্রামটি ঐচ্ছিকভাবে তাপ ক্ষমতা এবং কোয়ান্টাম সংশোধন গণনা করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
একটি অতিরিক্ত ফাইল আর্গুমেন্ট প্রদান করে enthalpy -qcorr. GROMACS ম্যানুয়াল দেখুন, অধ্যায় 1,
বিস্তারিত জানার জন্য. ফলাফলে প্রদত্ত স্বাধীনতার হারমোনিক ডিগ্রী বিয়োগ করা অন্তর্ভুক্ত
তাপমাত্রা মোট সংশোধন টার্মিনাল পর্দায় মুদ্রিত হয়. প্রস্তাবিত উপায়
সংশোধন বের করার জন্য হল:

জিএমএক্স nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -প্রথম 7 -শেষ 10000 -T 300 -qc [-constr]

সার্জারির -constr সিমুলেশনের সময় বন্ড সীমাবদ্ধতা ব্যবহার করা হলে বিকল্পটি ব্যবহার করা উচিত
উন্নত সব দ্য সমবায় ডুরি. যদি এটি না হয়, তাহলে আপনাকে বিশ্লেষণ করতে হবে
quant_corr.xvg নিজেকে ফাইল করুন।

জিনিস আরো নমনীয় করতে, প্রোগ্রাম এছাড়াও অ্যাকাউন্টে ভার্চুয়াল সাইট নিতে পারে যখন
কম্পিউটিং কোয়ান্টাম সংশোধন। নির্বাচন করার সময় -constr এবং -qc, দ্য -শুরু এবং -শেষ অপশন
পাশাপাশি স্বয়ংক্রিয়ভাবে সেট করা হবে। আবার, আপনি যদি মনে করেন যে আপনি এটি আরও ভাল জানেন, অনুগ্রহ করে চেক করুন
দ্য eigenfreq.xvg আউটপুট।

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
হেসিয়ান ম্যাট্রিক্স

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-এর [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

-ol [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

-ও [<.xvg>] (spectrum.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
সম্পূর্ণ নির্ভুল গতিপথ: trr CPT tng

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

-[না]মি (হ্যাঁ)
এর গুণফল দ্বারা হেসিয়ানের উপাদানগুলিকে ভাগ করুন বর্গ(ভর) এর আগে জড়িত পরমাণুর
তির্যককরণ এটি 'সাধারণ মোড' বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহার করা উচিত

-প্রথম (1)
প্রথম eigenvector দূরে লিখুন

-শেষ (50)
শেষ eigenvector দূরে লিখুন

-maxspec (4000)
বর্ণালীতে বিবেচনা করার জন্য সর্বোচ্চ ফ্রিকোয়েন্সি (1/সেমি)

-T (298.15)
স্বাভাবিক মোড ব্যবহার করার সময় কোয়ান্টাম তাপ ক্ষমতা এবং এনথালপি গণনার জন্য তাপমাত্রা
ক্লাসিক্যাল সিমুলেশন সংশোধন করার জন্য গণনা

- [না] গঠন (NO)
যদি সীমাবদ্ধতাগুলি সিমুলেশনে ব্যবহার করা হয় তবে সাধারণ মোড বিশ্লেষণে নয়
(এটি করার প্রস্তাবিত উপায়) আপনাকে কম্পিউটিংয়ের জন্য এটি সেট করতে হবে
কোয়ান্টাম সংশোধন

-প্রস্থ (1)
একটি বর্ণালী তৈরি করার সময় গাউসিয়ান শিখরগুলির প্রস্থ (সিগমা) (1/সেমি)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-nmeig ব্যবহার করুন