এটি হল t_coffee কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
টি-কফি - একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ
সাইনোপিসিস
t_কফি [অপশন]ফাইল
টি-কফি একাধিক ডিএনএ বা প্রোটিন ক্রম সারিবদ্ধ করে।
বিকল্প
বিকল্পগুলির একটি সারাংশ নীচে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে। একটি সম্পূর্ণ বিবরণের জন্য, দেখুন
ডকুমেন্টেশন।
-পূর্ণ_লগ S [0]
-রান_নাম S [0]
-মেম_মোড S [0] Mem
-প্রসারিত করা D [1] 1
-এক্সটেন্ড_মোড S [0] খুব_দ্রুত_ট্রিপলেট
-max_n_pair D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] সব
- কমপ্যাক্ট S [0] ডিফল্ট
-পরিষ্কার S [0] না।
-করে_নিজে FL [0] 0
-সাধারণ করা D [0] 1000
-টেমপ্লেট_ফাইল S [0]
-সেক S [0]
ইন S [0] Mlalign_id_pair Mslow_pair
-পিডিবি S [0]
-আউট_লিব W_F [0] না।
-lib_only D [0] 0
-আউটসেকওয়েট W_F [0] না।
-seq_source S [0] কোন
-প্রসাধনী_দণ্ড D [0] -50
-গপোপেন D [0] 0
- gapext D [0] 0
-fgapopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
-মিল নেই D [0] 0
-নতুন গাছ W_F [0] ডিফল্ট
-ব্যবহারকারী আরএফ [0]
-বৃক্ষ_মোড S [0] ধীর
-দ্রুত গাছ FL [0] 0
-আউটফাইল W_F [0] ডিফল্ট
- সর্বোচ্চ করা FL [1] 1
-আউটপুট S [0] ক্লাসাল
-ইনফাইল আরএফ [0]
-ম্যাট্রিক্স S [0] blosum62mt
-tg_mode D [0] 1
-প্রোফাইল_মোড S [0] cw_profile_profile
-প্রোফাইল_তুলনা S [0] full50
-dp_mode S [0] cfasta_pair_wise
-ktuple D [0] 1
-এনডিয়াগ D [0] 0
-diag_threshold D [0] 0
-ডায়াগ_মোড D [0] 0
-সিম_ম্যাট্রিক্স S [0] ভাসিলিকি
টাইপ S [0]
- বহিরাগত S [0] প্রান্তিককৃত
-সেকনোস S [0] বন্ধ
-ক্যাস S [0] রাখা
-সিপিইউ D [0] 0
-maxnseq D [0] 60
-ম্যাক্সলেন D [0] -1
-ওজন S [0] ডিফল্ট
-সেক_ওজন S [0] t_কফি
-সারিবদ্ধ করা FL [1] 1
-মোকা FL [0] 0
-ডোমেইন FL [0] 0
-শুরু D [0] 0
-লেন D [0] 0
-স্কেল D [0] 0
-mocca_interactive FL [0] 0
-মূল্যায়ন_মোড S [0] t_কফি_দ্রুত
-গেট_টাইপ FL [0] 0
-পরিষ্কার_আলন D [0] 0
-ক্লিন_থ্রেশহোল্ড D [1] 1
-পরিচ্ছন্ন_পুনরাবৃত্তি D [1] 1
-পরিষ্কার_মূল্যায়ন_মোড S [0] t_কফি_দ্রুত
-প্রোফাইল S [0]
-প্রোফাইল1 S [0]
-প্রোফাইল2 S [0]
-এক্সটেন্ড_ম্যাট্রিক্স FL [0] 0
-প্রোট_মিন_সিম D [40] 40
-প্রোট_ম্যাক্স_সিম D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_server W_F [0] যুদ্ধসমূহ
-প্রোট_ব্লাস্ট_সার্ভার W_F [0] যুদ্ধসমূহ
-pdb_db W_F [0] nrl3d
-প্রোটিন_ডিবি W_F [0] nr
- পদ্ধতি_লগ W_F [0] না।
-স্ট্রাক_টু_ব্যবহার S [0]
-ক্যাশে W_F [0] ব্যবহার
- align_pdb_param_file W_F [0] না।
- align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S [0] বৃক্ষ
-লালাইন_এন_টপ D [0] 10
- পুনরাবৃত্তি করা D [0] 0
-ছাঁটা D [0] 0
- বিভক্ত D [0] 0
-ট্রিমফাইল S [0] ডিফল্ট
- বিভক্ত D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-বিভক্ত_স্কোর_থ্রিস D [0] 0
-চেক_পিডিবি_স্ট্যাটাস D [0] 0
-seq_to_reep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmpfile FL [0] 0
-dpa_debug D [0] 0
-মাল্টি থ্রেড S [0]
-lib_list S [0]
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে t_coffee ব্যবহার করুন
