āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ t_coffee āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
āĻāĻŋ-āĻāĻĢāĻŋ - āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
t_āĻāĻĢāĻŋ [āĻ āĻĒāĻļāĻ¨]āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻāĻŋ-āĻāĻĢāĻŋ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻŦāĻž āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, āĻĻā§āĻā§āĻ¨
āĻĄāĻā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻļāĻ¨āĨ¤
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ_āĻ˛āĻ S [0]
-āĻ°āĻžāĻ¨_āĻ¨āĻžāĻŽ S [0]
-āĻŽā§āĻŽ_āĻŽā§āĻĄ S [0] Mem
-āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻž D [1] 1
-āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨ā§āĻĄ_āĻŽā§āĻĄ S [0] āĻā§āĻŦ_āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤_āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒāĻ˛ā§āĻ
-max_n_pair D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] āĻ¸āĻŦ
- āĻāĻŽāĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ S [0] āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ
-āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻ° S [0] āĻ¨āĻžāĨ¤
-āĻāĻ°ā§_āĻ¨āĻŋāĻā§ FL [0] 0
-āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻž D [0] 1000
-āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻ_āĻĢāĻžāĻāĻ˛ S [0]
-āĻ¸ā§āĻ S [0]
āĻāĻ¨ S [0] Mlalign_id_pair Mslow_pair
-āĻĒāĻŋāĻĄāĻŋāĻŦāĻŋ S [0]
-āĻāĻāĻ_āĻ˛āĻŋāĻŦ W_F [0] āĻ¨āĻžāĨ¤
-lib_only D [0] 0
-āĻāĻāĻāĻ¸ā§āĻāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ W_F [0] āĻ¨āĻžāĨ¤
-seq_source S [0] āĻā§āĻ¨
-āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ§āĻ¨ā§_āĻĻāĻŖā§āĻĄ D [0] -50
-āĻāĻĒā§āĻĒā§āĻ¨ D [0] 0
- gapext D [0] 0
-fgapopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
-āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻ¨ā§āĻ D [0] 0
-āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻāĻžāĻ W_F [0] āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ
-āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ°āĻāĻĢ [0]
-āĻŦā§āĻā§āĻˇ_āĻŽā§āĻĄ S [0] āĻ§ā§āĻ°
-āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ FL [0] 0
-āĻāĻāĻāĻĢāĻžāĻāĻ˛ W_F [0] āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ
- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž FL [1] 1
-āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ S [0] āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸āĻžāĻ˛
-āĻāĻ¨āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻ°āĻāĻĢ [0]
-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ S [0] blosum62mt
-tg_mode D [0] 1
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛_āĻŽā§āĻĄ S [0] cw_profile_profile
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛_āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž S [0] full50
-dp_mode S [0] cfasta_pair_wise
-ktuple D [0] 1
-āĻāĻ¨āĻĄāĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻ D [0] 0
-diag_threshold D [0] 0
-āĻĄāĻžāĻ¯āĻŧāĻžāĻ_āĻŽā§āĻĄ D [0] 0
-āĻ¸āĻŋāĻŽ_āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ S [0] āĻāĻžāĻ¸āĻŋāĻ˛āĻŋāĻāĻŋ
āĻāĻžāĻāĻĒ S [0]
- āĻŦāĻšāĻŋāĻ°āĻžāĻāĻ¤ S [0] āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻā§āĻ¤
-āĻ¸ā§āĻāĻ¨ā§āĻ¸ S [0] āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¸ S [0] āĻ°āĻžāĻāĻž
-āĻ¸āĻŋāĻĒāĻŋāĻāĻ D [0] 0
-maxnseq D [0] 60
-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻ˛ā§āĻ¨ D [0] -1
-āĻāĻāĻ¨ S [0] āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ
-āĻ¸ā§āĻ_āĻāĻāĻ¨ S [0] t_āĻāĻĢāĻŋ
-āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž FL [1] 1
-āĻŽā§āĻāĻž FL [0] 0
-āĻĄā§āĻŽā§āĻāĻ¨ FL [0] 0
-āĻļā§āĻ°ā§ D [0] 0
-āĻ˛ā§āĻ¨ D [0] 0
-āĻ¸ā§āĻā§āĻ˛ D [0] 0
-mocca_interactive FL [0] 0
-āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨_āĻŽā§āĻĄ S [0] t_āĻāĻĢāĻŋ_āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤
-āĻā§āĻ_āĻāĻžāĻāĻĒ FL [0] 0
-āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻ°_āĻāĻ˛āĻ¨ D [0] 0
-āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¨_āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ D [1] 1
-āĻĒāĻ°āĻŋāĻā§āĻāĻ¨ā§āĻ¨_āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ D [1] 1
-āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻ°_āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨_āĻŽā§āĻĄ S [0] t_āĻāĻĢāĻŋ_āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ S [0]
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛1 S [0]
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛2 S [0]
-āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨ā§āĻĄ_āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ FL [0] 0
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻ_āĻŽāĻŋāĻ¨_āĻ¸āĻŋāĻŽ D [40] 40
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻ_āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸_āĻ¸āĻŋāĻŽ D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_server W_F [0] āĻ¯ā§āĻĻā§āĻ§āĻ¸āĻŽā§āĻš
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻ_āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ_āĻ¸āĻžāĻ°ā§āĻāĻžāĻ° W_F [0] āĻ¯ā§āĻĻā§āĻ§āĻ¸āĻŽā§āĻš
-pdb_db W_F [0] nrl3d
-āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨_āĻĄāĻŋāĻŦāĻŋ W_F [0] nr
- āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ_āĻ˛āĻ W_F [0] āĻ¨āĻžāĨ¤
-āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻ_āĻā§_āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° S [0]
-āĻā§āĻ¯āĻžāĻļā§ W_F [0] āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°
- align_pdb_param_file W_F [0] āĻ¨āĻžāĨ¤
- align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S [0] āĻŦā§āĻā§āĻˇ
-āĻ˛āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨_āĻāĻ¨_āĻāĻĒ D [0] 10
- āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻāĻ°āĻž D [0] 0
-āĻāĻžāĻāĻāĻž D [0] 0
- āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ¤ D [0] 0
-āĻā§āĻ°āĻŋāĻŽāĻĢāĻžāĻāĻ˛ S [0] āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ
- āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ¤ D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ¤_āĻ¸ā§āĻā§āĻ°_āĻĨā§āĻ°āĻŋāĻ¸ D [0] 0
-āĻā§āĻ_āĻĒāĻŋāĻĄāĻŋāĻŦāĻŋ_āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ¸ D [0] 0
-seq_to_reep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmpfile FL [0] 0
-dpa_debug D [0] 0
-āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ āĻĨā§āĻ°ā§āĻĄ S [0]
-lib_list S [0]
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ t_coffee āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
