Dies ist der Befehl asndisc, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
asndisc - ASN.1 biologische Sequenzaufzeichnungen auf Diskrepanzen prüfen
ZUSAMMENFASSUNG
alsndisc [-] [-B] [-C N] [-F] [-I Weg] [-L str] [-N Dateinamen] [-P str] [-R] [-S] [-T]
[-X Tests] [-Z] [-a str] [-b] [-c] [-d Tests] [-e Tests] [-f] [-i Dateinamen] [-k] [-l]
[-o Dateinamen] [-p Weg] [-r dir] [-s ext] [-t] [-u] [-w Dateinamen] [-x str]
BESCHREIBUNG
alsndisc ist ein Befehlszeilentool zum Überprüfen biologischer Sequenzaufzeichnungen im ASN.1-Format auf
Abweichungen.
OPTIONAL
Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.
- Nutzungsnachricht drucken
-B Großer Sequenzbericht
-C N Maximale Anzahl
-F Liste mit Produktnamen reparieren
-I Weg
Pfad zu indizierten binären ASN.1-Daten
-L str Zu verwendende Abstammungslinie
-N Dateinamen
Datei mit Liste der zu überprüfenden Produktnamen
-P str Berichtstyp
g Genom
b Große Sequenz
m MegaReport
t Tag einschließen
s-Tag für Superuser
-R Fernabruf von ID
-S Kurzbericht
-T Threads verwenden
-X Tests
EXPand-Berichtskategorien (durch Kommas getrennte Liste von Testnamen wie unten aufgeführt oder
ALLE).
-Z Remote-CDS-Produktabruf
-a str ASN.1-Typ
a Beliebig (Standard)
e seq-Eintrag
b Bioseq
s bioseq-Set
m seq-subMit
t Batch Bioseq-Set
u Batch seq-sUbmit
-b Batch-Datei ist Binär
-c Batchdatei ist komprimiert
-d str Deaktivieren Sie Tests (durch Kommas getrennte Liste von Testnamen wie unten aufgeführt).
-e str Tests aktivieren (durch Kommas getrennte Liste von Testnamen wie unten aufgeführt).
-f Ausgabeformat der Feature-Tabelle verwenden
-i Dateinamen
Einzeleingabedatei (standardmäßig Standardeingabe)
-k Lokales Abrufen
-l Komponenten vorab laden
-o Dateinamen
Einzelne Ausgabedatei
-p Weg
Pfad zu ASN.1-Dateien
-r dir Ausgabe Verzeichnis
-s ext Ausgabedatei-Suffix (.DR standardmäßig)
-t Großes Testset
-u Recurse
-w Dateinamen
Dateiname der Produktregel vermuten
-x str Dateiauswahl-Teilzeichenfolge (.sqn standardmäßig)
VERFÜGBAR TESTS
MISSING_GENES, EXTRA_GENES, MISSING_LOCUS_TAGS, DUPLICATE_LOCUS_TAGS,
BAD_LOCUS_TAG_FORMAT, INCONSISTENT_LOCUS_TAG_PREFIX, NON_GENE_LOCUS_TAG,
DISC_COUNT_NUCLEOTIDES, MISSING_PROTEIN_ID, INCONSISTENT_PROTEIN_ID,
FEATURE_LOCATION_CONFLICT, GENE_PRODUCT_CONFLICT, DUPLICATE_GENE_LOCUS, EC_NUMBER_NOTE,
PSEUDO_MISMATCH, JOINED_FEATURES, OVERLAPPING_GENES, OVERLAPPING_CDS, CONTAINED_CDS,
RNA_CDS_OVERLAP, SHORT_CONTIG, INCONSISTENT_BIOSOURCE, SUSPECT_PRODUCT_NAMES,
DISC_PRODUCT_NAME_TYPO, DISC_PRODUCT_NAME_QUICKFIX, INCONSISTENT_SOURCE_DEFLINE,
PARTIAL_CDS_COMPLETE_SEQUENCE, EC_NUMBER_ON_UNKNOWN_PROTEIN, TAX_LOOKUP_MISSING,
TAX_LOOKUP_MISMATCH, SHORT_SEQUENZEN, SUSPECT_PHRASES, DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT,
COUNT_TRNAS, FIND_DUP_TRNAS, FIND_BADLEN_TRNAS, FIND_STRAND_TRNAS, COUNT_RRNAS,
FIND_DUP_RRNAS, RNA_NO_PRODUCT, TRANSL_NO_NOTE, NOTE_NO_TRANSL, TRANSL_TOO_LONG,
CDS_TRNA_OVERLAP, COUNT_PROTEINS, DISC_FEAT_OVERLAP_SRCFEAT, MISSING_GENPRODSET_PROTEIN,
DUP_GENPRODSET_PROTEIN, MISSING_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID,
DISC_DUP_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID, DISC_PERCENT_N, N_RUNS, ZERO_BASECOUNT,
ADJACENT_PSEUDOGENES, NO_ANNOTATION, DISC_INFLUENZA_DATE_MISMATCH, DISC_SHORT_INTRON,
DISC_MISSING_VIRAL_QUALS, DISC_SRC_QUAL_PROBLEM, DISC_MISSING_SRC_QUAL, DISC_DUP_SRC_QUAL,
DISC_DUP_SRC_QUAL_DATA, DISC_HAPLOTYPE_MISMATCH, DISC_FEATURE_MOLTYPE_MISMATCH,
DISC_CDS_WITHOUT_MRNA, DISC_EXON_INTRON_CONFLICT, DISC_FEATURE_COUNT,
DISC_SPECVOUCHER_TAXNAME_MISMATCH, DISC_GENE_PARTIAL_CONFLICT,
DISC_FLATFILE_FIND_ONCALLER, DISC_CDS_PRODUCT_FIND, DISC_DUP_DEFLINE,
DUP_DISC_ATCC_CULTURE_CONFLICT, DISC_USA_STATE, DISC_INCONSISTENT_MOLTYPES,
DISC_SUBMITBLOCK_CONFLICT, DISC_POSSIBLE_LINKER, DISC_TITLE_AUTHOR_CONFLICT,
DISC_BAD_GENE_STRAND, DISC_MAP_CHROMOSOME_CONFLICT, DISC_RBS_WITHOUT_GENE,
DISC_CITSUBAFFIL_CONFLICT, DISC_REQUIRED_CLONE, DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC,
DISC_mRNA_ON_WRONG_SEQUENCE_TYPE, DISC_RETROVIRIDAE_DNA, DISC_CHECK_AUTH_CAPS,
DISC_CHECK_RNA_PRODUCTS_AND_COMMENTS, DISC_MICROSATELLITE_REPEAT_TYPE,
DISC_MITOCHONDRION_REQUIRED, DISC_UNPUB_PUB_WITHOUT_TITLE, DISC_QUALITY_SCORES,
DISC_INTERNAL_TRANSCRIBED_SPACER_RRNA, DISC_PARTIAL_PROBLEMS,
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS,
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_EXCEPTION, DISC_SUSPECT_RRNA_PRODUCTS,
DISC_SUSPECT_MISC_FEATURES, DISC_BACTERIA_MISSING_STRAIN, DISC_MISSING_DEFLINES,
DISC_MISSING_AFFIL, DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_ISOLATE,
DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_MRNA, DISC_CDS_HAS_NEW_EXCEPTION,
DISC_TRINOMIAL_SHOULD_HAVE_QUALIFIER, DISC_METAGENOMIC, DISC_METAGENOME_SOURCE,
ONCALLER_GENE_MISSING, ONCALLER_SUPERFLUOUS_GENE, DISC_SHORT_RRNA,
ONCALLER_CHECK_AUTHORITY, ONCALLER_CONSORTIUM,
ONCALLER_STRAIN_CULTURE_COLLECTION_MISMATCH, ONCALLER_MULTISRC,
ONCALLER_MULTIPLE_CULTURE_COLLECTION, DISC_SEGSETS_PRESENT, DISC_NONWGS_SETS_PRESENT,
DISC_FEATURE_LIST, DISC_CATEGORY_HEADER, DISC_MISMATCHED_COMMENTS,
DISC_STRAIN_TAXNAME_MISMATCH, DISC_HUMAN_HOST, DISC_BAD_BACTERIAL_GENE_NAME,
TEST_BAD_GENE_NAME, ONCALLER_ORDERED_LOCATION, ONCALLER_COMMENT_PRESENT,
ONCALLER_DEFLINE_ON_SET, ONCALLER_HIV_RNA_INCONSISTENT, SHORT_PROT_SEQUENZEN,
TEST_EXON_ON_MRNA, TEST_HAS_PROJECT_ID, ONCALLER_HAS_STANDARD_NAME,
ONCALLER_MISSING_STRUCTURED_COMMENTS, DISC_REQUIRED_STRAIN,
MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS, DISC_BACTERIAL_TAX_STRAIN_MISMATCH,
TEST_CDS_HAS_CDD_XREF, TEST_UNUSUAL_NT, TEST_LOW_QUALITY_REGION,
TEST_ORGANELLE_NOT_GENOMIC, TEST_UNWANTED_SPACER, TEST_ORGANELLE_PRODUCTS,
TEST_SP_NOT_UNCULTURED, TEST_BAD_MRNA_QUAL, TEST_UNNECESSARY_ENVIRONMENTAL,
TEST_UNNECESSARY_VIRUS_GENE, TEST_UNWANTED_SET_WRAPPER, TEST_MISSING_PRIMER,
TEST_UNUSUAL_MISC_RNA, TEST_AMPLIFIED_PRIMERS_NO_ENVIRONMENTAL_SAMPLE,
TEST_DUP_GENES_OPPOSITE_STRANDS, TEST_SMALL_GENOME_SET_PROBLEM, TEST_OVERLAPPING_RRNAS,
TEST_MRNA_SEQUENCE_MINUS_STRAND_FEATURES, TEST_TAXNAME_NOT_IN_DEFLINE,
TEST_COUNT_UNVERIFIED, SHOW_TRANSL_EXCEPT, SHOW_HYPOTHETICAL_CDS_HAVING_GENE_NAME,
TEST_DEFLINE_PRESENT, TEST_MRNA_OVERLAPPING_PSEUDO_GENE, FIND_OVERLAPPED_GENES,
DISC_BIOMATERIAL_TAXNAME_MISMATCH, DISC_CULTURE_TAXNAME_MISMATCH, DISC_CHECK_AUTH_NAME,
NON_RETROVIRIDAE_PROVIRAL, RNA_PROVIRAL, SHORT_SEQUENZEN_200, DISC_10_PERCENTN, N_RUNS_14,
MOLTYPE_NOT_MRNA, TECHNIQUE_NOT_TSA, MISSING_STRUCTURED_COMMENT, MISSING_PROJECT,
MULTIPLE_CDS_ON_MRNA, DUP_DISC_CBS_CULTURE_CONFLICT, DIVISION_CODE_CONFLICTS,
RRNA_NAME_CONFLICTS, EUKARYOTE_SHOULD_HAVE_MRNA, MRNA_SHOULD_HAVE_PROTEIN_TRANSCRIPT_IDS,
ONCALLER_COUNTRY_COLON, ONCALLER_BIOPROJECT_ID, ONCALLER_STRAIN_TAXNAME_CONFLICT
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