bowtie2-align-l – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

bowtie2-align-l – ultraschnelles und speichereffizientes Backend-Tool zum Ausrichten der Sequenzierung
liest lange Referenzsequenzen

BESCHREIBUNG

Bowtie 2 Version 2.2.6 von Ben Langmead ([E-Mail geschützt] , www.cs.jhu.edu/~langmea)

ANWENDUNG

bowtie2-align [Optionen]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Präfix des Indexdateinamens (minus abschließendes .X.bt2l). HINWEIS: Fliege 1 und Fliege 2
Indizes sind nicht kompatibel.

Dateien mit Nr. 1-Verknüpfungen, gepaart mit Dateien in .

Dateien mit Nr. 2-Verknüpfungen, gepaart mit Dateien in .

Dateien mit ungepaarten Lesevorgängen.

Datei für SAM-Ausgabe (Standard: stdout)

, , können durch Kommas getrennte Listen (keine Leerzeichen) sein und angegeben werden
viele Male. ZB '-U Datei1.fq,Datei2.fq -U file3.fq‘.

OPTIONAL (Standardeinstellungen in Klammern)

Eingang:
-q Abfrageeingabedateien sind FASTQ .fq/.fastq (Standard)

--qseq Abfrageeingabedateien liegen im qseq-Format von Illumina vor

-f Abfrageeingabedateien sind (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r Abfrageeingabedateien sind rohe eine Sequenz pro Zeile

-c , , sind Sequenzen selbst, keine Dateien

-s/--überspringen
überspringen Sie den ersten liest/paart die Eingabe (keine)

-u/--bis zu
Stoppen Sie nach dem ersten Lesevorgänge/Paare (keine Begrenzung)

-5/--trim5
trimmen Basen von 5'/linkes Ende der Lesevorgänge (0)

-3/--trim3
trimmen Basen von 3'/rechtes Leseende (0)

--phred33
Qualitäten sind Phred+33 (Standard)

--phred64
Qualitäten sind Phred+64

--int-quals
Qualitäten, die als durch Leerzeichen getrennte ganze Zahlen kodiert sind

Voreinstellungen:
Gleich wie:

Für --Ende zu Ende:

--sehr schnell -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--schnell -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--empfindlich -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (Standard)

--sehr empfindlich -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Für --lokal:

--sehr-schnell-lokal -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--fast-local -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--sensitive-local -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (Standard)

--very-sensitive-local -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Ausrichtung:
-N
max. # Nichtübereinstimmungen in der Seed-Ausrichtung; kann 0 oder 1 (0) sein

-L
Länge der Seed-Teilzeichenfolgen; muss >3, <32 (22) sein

-i
Intervall zwischen Seed-Teilzeichenfolgen w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-decke
Funktion für max. Anzahl zulässiger Nicht-A/C/G/Ts in aln (L,0,0.15)

--dpad
enthalten Zusätzliche Referenzzeichen an den Seiten der DP-Tabelle (15)

--gbar
keine Lücken im Inneren zulassen Nukleare Leseextreme (4)

--ignore-quals
Behandeln Sie alle Qualitätswerte als 30 auf der Phred-Skala (aus)

--noww Nicht nach vorne ausrichten (originale) Version des gelesenen (aus)

--nork Richten Sie die umgekehrte Komplementversion des Lesevorgangs nicht aus (aus).

--no-1mm-upfront
Lassen Sie nicht zu, dass Ausrichtungen nicht übereinstimmen, bevor Sie versuchen, nach dem optimalen Seed zu suchen
Ausrichtungen

--Ende zu Ende
Der gesamte Lesevorgang muss übereinstimmen. kein Clipping (an)

OR

--lokal
lokale Ausrichtung; Enden könnten weich abgeschnitten sein (abgeschnitten)

Besetzung:
--ma
Matchbonus (0 für --Ende zu Ende, 2 für --lokal)

--mp
maximale Strafe für Nichtübereinstimmung; niedrigere Qual = niedrigere Strafe (6)

--np
Strafe für Nicht-A/C/G/Ts in read/ref (1)

--rdg ,
Lücke öffnen, Strafen verlängern (5,3)

--rfg ,
Referenzlücke offen, Strafen verlängern (5,3)

--score-min Min. akzeptabler Alignment-Score mit/r/t-Leselänge
(G,20,8 für lokal, L,-0.6,-0.6 für End-to-End)

Reporting:
(Default)
Suchen Sie nach mehreren Ausrichtungen und melden Sie sie am besten mit MAPQ

OR

-k
melden bis Alns pro Lesevorgang; MAPQ nicht aussagekräftig

OR

-a/--alle
alle Ausrichtungen melden; sehr langsam, MAPQ nicht aussagekräftig

Anstrengung:
-D
Geben Sie die Verlängerung danach auf fehlgeschlagene Verlängerungen in Folge (15)

-R
Versuchen Sie es für Lesevorgänge mit sich wiederholenden Samen Samensätze (2)

Paarende:

-I/--minins
minimale Fragmentlänge (0)

-X/--maxins
maximale Fragmentlänge (500)

--NS/--rf/--ff -1, -2 Partner richten Vorwärts/Rückwärts, Rückwärts/Vorwärts, Vorwärts/Vorwärts aus (--NS)

--nein-gemischt
Unterdrücken Sie ungepaarte Alignments für gepaarte Lesevorgänge

--keine Diskrepanz
Unterdrücken Sie nicht übereinstimmende Ausrichtungen für gepaarte Lesevorgänge

--kein Schwalbenschwanz
nicht konkordant, wenn Partner übereinander hinausragen

--no-contain
nicht konkordant, wenn eine Partnerausrichtung eine andere enthält

--keine Überlappung
nicht übereinstimmend, wenn sich Partner überhaupt überschneiden

Ausgang:
-t/--Zeit
Wanduhrzeit ausdrucken, die von Suchphasen benötigt wird

--ruhig
Gibt außer schwerwiegenden Fehlern nichts an stderr aus

--met-Datei
Senden Sie die Messwerte an die Datei unter (aus)

--met-stderr
Messwerte an stderr senden (aus)

--getroffen
Melden Sie alle internen Zähler und Metriken Sekunden (1)

--no-unal
SAM-Datensätze für nicht ausgerichtete Lesevorgänge unterdrücken

--kein Kopf
Kopfzeilen unterdrücken, also Zeilen, die mit @ beginnen

--no-sq
@SQ-Headerzeilen unterdrücken

--rg-id
Legt die Lesegruppen-ID fest, die sich in der @RG-Zeile und im RG:Z: opt-Feld widerspiegelt

--rg
hinzufügen („lab:value“) in die @RG-Zeile des SAM-Headers. Hinweis: Die @RG-Zeile wird nur gedruckt
wann --rg-id wird gesetzt.

--omit-sec-seq
Geben Sie „*“ in die SEQ- und QUAL-Felder für sekundäre Alignments ein.

Eigenschaften:
-p/--threads Anzahl der zu startenden Ausrichtungsthreads (1)

--nachbestellen
Erzwingen Sie, dass die SAM-Ausgabereihenfolge mit der Reihenfolge der Eingabelesevorgänge übereinstimmt

- mm Verwenden Sie speicherabgebildete E/A für den Index; viele 'Fliege's können teilen

Sonstiges:
--qc-filter
Filtert Lesevorgänge heraus, die laut QSEQ-Filter fehlerhaft sind

--Samen
Startwert für Zufallszahlengenerator (0)

--nicht deterministisch Saatrand. Gen. willkürlich, anstatt Leseattribute zu verwenden

--Version
Versionsinformationen drucken und beenden

-h/--Hilfe
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