distmate - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

distmat – Erstellen Sie eine Distanzmatrix aus einem Alignment mit mehreren Sequenzen

ZUSAMMENFASSUNG

distmat -Reihenfolge Folgesatz -nucmethod Liste -protmethod Liste -zweideutig boolean
-Lückengewicht schweben -Position ganze Zahl -berechnena boolean -Parameter schweben
-outfile Outfile

distmat -Hilfe

BESCHREIBUNG

distmat ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Phylogenie:Molekulare Sequenz".

OPTIONAL

Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Folgesatz
Datei, die ein Sequenz-Alignment enthält.

Erforderlich Abschnitt
-nucmethod Liste
Mehrere Substitutionskorrekturmethoden für Nukleotide.

-protmethod Liste
Mehrere Substitutionskorrekturmethoden für Proteine.

Zusätzliche Abschnitt
-zweideutig boolean
Option zur Verwendung der mehrdeutigen Codes bei der Berechnung der Jukes-Cantor-Methode oder wenn
die Sequenzen sind Proteine. Standardwert: N

-Lückengewicht schweben
Option zur Gewichtung von Lücken in der unkorrigierten (Nukleotid) und Jukes-Cantor-Distanz
Methoden. Standardwert: 0.

-Position ganze Zahl
Wählen Sie die zu analysierenden Basenpositionen in jedem Codon aus, z. B. 123 (alle Basen), 12 (die ersten beiden).
Basen), 1, 2 oder 3 einzelne Basen. Standardwert: 123

-berechnena boolean
Dadurch wird die Berechnung des Parameters „a“ im Jin-Nei-Gamma-Abstand erzwungen
Berechnung, andernfalls ist der Standardwert 1.0 (siehe Option -parametera). Standardwert: N

-Parameter schweben
Benutzerdefinierter Parameter „a“, der bei der Jin-Nei-Gamma-Entfernungsberechnung verwendet werden soll. Der
Der empfohlene Wert ist 1.0 (Jin et al.) und dies ist die Standardeinstellung. Standardwert:
1.0

Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile

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