Dies ist der Befehl dnaindex, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
dnaindex – Index-DNA-Datei zur Verwendung mit ANFO
ZUSAMMENFASSUNG
DNAindex [ zu erhalten ... ]
BESCHREIBUNG
DNAindex erstellt einen Index für eine DNA-Datei. DNA-Dateien müssen indiziert sein, damit sie verwendet werden können
anpho(1) Es ist möglich, mehrere Indizes für dieselbe DNA-Datei zu haben.
OPTIONAL
-V, --Version
Versionsnummer drucken und beenden.
-o Datei, --Ausgabedatei
Ausgabe schreiben nach Datei. Datei endet üblicherweise mit .idx. Standard ist
Genomname_Wortgröße.idx.
-g-Datei, --genome-Datei
Lesen Sie das Genom ab Datei. Dieser Dateiname wird also auch im resultierenden Index gespeichert
Es kann automatisch gefunden werden, wenn der Index verwendet wird. Daher ist es am besten, wenn
Datei ist nur ein Dateiname ohne Pfad.
-G dir, --genome-dir dir
Speichern dir zum Genomsuchpfad. Dies ist nützlich, wenn das Genom indiziert werden soll
noch nicht an dem Ort, an dem es später verwendet werden soll.
-d Text, --Beschreibungstext
Speichern Text als Beschreibung zum Index. Dies ist rein informativ.
-s Größe, --wordsize Größe
Stellen Sie die Wortgröße auf ein Größe. Eine kleinere Wortgröße erhöht die Präzision auf Kosten von
höherer Rechenaufwand. Der Standardwert ist 12, was einem Schritt von 8 entspricht
ergibt einen guten Kompromiss.
-S Num, --stride Num
Stellen Sie den Schritt ein num. Nur einer davon num Mögliche Worte der DNA sind tatsächlich
indiziert. Eine kleinere Schrittweite erhöht die Präzision auf Kosten eines größeren Indexes.
Der Standardwert ist 8, was in Verbindung mit einer Wortgröße von 12 ein gutes Ergebnis ergibt
Kompromiss.
-l lim, --limit lim
Verhindert die Indizierung von Wörtern, die häufiger vorkommen als lim mal. Das kann sein
Wird verwendet, um sich wiederholende Samen zu ignorieren und Platz für deren Lagerung zu sparen. Eine gute Vorgabe
hängt von der Größe des zu indizierenden Genoms ab, etwa 500 funktionieren für
menschliches Genom mit Wortgröße 12 und Schritt 8.
-h, --histogramm
Erstellen Sie ein Histogramm der Worthäufigkeiten. Dies kann verwendet werden, um eine Vorstellung davon zu bekommen, wie das funktioniert
Häufigkeitsverteilung, für die ein geeigneter Wert ausgewählt werden soll --Grenze.
-v, --verbose
Drucken Sie während des Betriebs eine Fortschrittsanzeige aus.
ANMERKUNG
DNAindex ist aufgrund der Verwendung von 4 Bit auf Genome beschränkt, die nicht länger als 32 Gigabasen sind
Indizes. Der Index ist recht groß, je nach Parameter handelt es sich also um eine 64-Bit-Plattform
für Genome im Gigabase-Bereich benötigt.
Wenn ein Genom IUPAC-Mehrdeutigkeitscodes enthält, müssen die betroffenen Samen erweitert werden. Wenn
Es gibt viele Mehrdeutigkeitscodes in einem kleinen Bereich, was zu einem inakzeptabel großen Bereich führt
Index.
ANFO_PATH
Durch Doppelpunkte getrennte Liste der nach Genomdateien durchsuchten Verzeichnisse.
Nutzen Sie dnaindex online über die Dienste von onworks.net
