Dies ist der Befehl fastq-multx, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fastq-multx - ea-utils: Ersetzen Sie % durch die Barcode-ID in der Barcode-Datei
ZUSAMMENFASSUNG
fastq-multix [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [mate.fq -o r2.%.fq] ... ...
BESCHREIBUNG
fastq-multx: ungültige Option -- 'h' Unbekannte Option '-h'.
Version: 1.02.684
Ausgabedateien müssen ein '%'-Zeichen enthalten, das in den Barcodes durch die Barcode-ID ersetzt wird
Datei. Die Ausgabedatei kann n/a sein, um die entsprechenden Daten zu verwerfen (verwenden Sie dies für den Barcode
lesen)
Barcodes-Datei (-B) sieht aus wie das:
...
Standard ist, die zu erraten -Schüssel or -eol basierend auf klaren Statistiken.
If -g verwendet wird, dann ist sein Parameter eine Indexspur, und häufig vorkommende Sequenzen sind
benutzt.
If -l verwendet wird, werden alle Barcodes in der Datei ausprobiert und die *Gruppe* mit den *meisten*
Übereinstimmungen gewählt wird.
Gruppierte Barcodes-Datei (-l or -L) sieht aus wie das:
...
Verknüpfte Lesevorgänge, falls angegeben, werden synchron gehalten
OPTIONAL
-o FIL1 Ausgabedateien (eine pro Eingabe, erforderlich) -g SEQFIL Barcodes ermitteln aus
indiziertes Lesen SEQFIL -l BCFIL Ermitteln von Barcodes aus jedem Lesevorgang mit BCFIL als Master
Liste -L BCFIL Barcodes ermitteln aus , BCFIL als Masterliste verwenden -B BCFIL
Barcodes aus der angegebenen Datei verwenden, keinen Bestimmungsschritt ausführen -b Zwingen
Zeilenanfang (5') für Barcode-Abgleich -e Zeilenende (3') für Batcode erzwingen
Abstimmung -t NUM Dividieren Sie den Schwellenwert für die automatische Bestimmung durch den Faktor NUM (1), > 1 = mehr
empfindlich -G NAME Nur Gruppe(n) verwenden, die mit NAME übereinstimmen -x Strichcodes nicht abschneiden
bevor Sie das Ziel ausschreiben -n Nicht ausführen, nur wahrscheinliche Barcodeliste drucken
-v C Stellen Sie sicher, dass die verknüpften IDs bis zum Zeichen C passen (verwenden Sie ' ' für illumina) -m N
Bis zu N Nichtübereinstimmungen zulassen, solange sie eindeutig sind (1) -d N Mindestens erforderlich
Abstand von N zwischen dem Besten und dem Nächstbesten (2) -q N Erfordern Sie eine Mindestmenge an Phred
Qualität von N, um eine Barcode-Basis zu akzeptieren (0)
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