fastqc - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

FastQC - Sequenz-QC-Analysetool mit hohem Durchsatz

ZUSAMMENFASSUNG

fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN

fastqc [-o Ausgabeverzeichnis] ​​[--(no)extract] [-f fastq|bam|sam]

[-c Schadstoffdatei] seqfile1 .. seqfileN

BESCHREIBUNG

FastQC liest eine Reihe von Sequenzdateien und erstellt aus jeder eine Qualitätskontrolle
Bericht, der aus einer Reihe verschiedener Module besteht, von denen jedes dazu beitragen wird,
Identifizieren Sie eine andere potenzielle Art von Problem in Ihren Daten.

Wenn in der Befehlszeile keine zu verarbeitenden Dateien angegeben sind, wird das Programm
als interaktive grafische Anwendung starten. Wenn Dateien auf dem . bereitgestellt werden
Befehlszeile wird das Programm ausgeführt, ohne dass eine Benutzerinteraktion erforderlich ist. In diesem
Modus eignet es sich für die Aufnahme in eine standardisierte Analysepipeline.

Die Optionen für das Programm wie folgt:

-h --help
Diese Hilfedatei ausdrucken und beenden

-v --Version
Drucken Sie die Version des Programms und beenden Sie

-o --outdir
Erstellen Sie alle Ausgabedateien im angegebenen Ausgabeverzeichnis. Bitte beachten Sie, dass dies
Verzeichnis muss vorhanden sein, da das Programm es nicht erstellt. Wenn diese Option nicht eingestellt ist
dann wird die Ausgabedatei für jede Sequenzdatei im selben Verzeichnis erstellt wie die
Sequenzdatei, die verarbeitet wurde.

- casava
Dateien stammen aus der Rohausgabe von Casava. Dateien in derselben Sample-Gruppe (nur unterschiedlich
durch die Gruppennummer) werden als Set und nicht einzeln analysiert. Sequenzen
mit gesetztem Filterflag in der Kopfzeile werden von der Analyse ausgeschlossen. Dateien
müssen die gleichen Namen haben, die ihnen von casava gegeben wurden (einschließlich gzipped und
mit .gz enden), sonst werden sie nicht richtig gruppiert.

--Extrakt
Wenn gesetzt, wird die gezippte Ausgabedatei danach im selben Verzeichnis dekomprimiert
es wurde erstellt. Standardmäßig wird diese Option gesetzt, wenn fastqc ausgeführt wird in
nicht interaktiver Modus.

-j --Java
Stellt den vollständigen Pfad zur Java-Binärdatei bereit, die Sie zum Starten von fastqc verwenden möchten. Wenn nicht
bereitgestellt, dann wird davon ausgegangen, dass Java in Ihrem Pfad ist.

--noextract
Dekomprimieren Sie die Ausgabedatei nicht, nachdem Sie sie erstellt haben. Sie sollten diese Option setzen, wenn
Sie möchten die Ausgabe nicht dekomprimieren, wenn Sie im nicht interaktiven Modus ausgeführt werden.

--keine Gruppe
Gruppierung von Basen für Reads >50bp deaktivieren. Alle Berichte zeigen Daten für jeden
Basis in der Lektüre. WARNUNG: Die Verwendung dieser Option führt dazu, dass fastqc abstürzt und brennt
Wenn Sie es für wirklich lange Lesevorgänge verwenden, können Ihre Plots eine lächerliche Größe erreichen.
Du wurdest gewarnt!

-f --Format
Umgeht die normale Erkennung des Sequenzdateiformats und zwingt das Programm zur Verwendung
das angegebene Format. Gültige Formate sind bam,sam,bam_mapped,sam_mapped und fastq

-t --fäden
Gibt die Anzahl der Dateien an, die gleichzeitig verarbeitet werden können. Jeder Thread
werden 250 MB Arbeitsspeicher zugewiesen, sodass Sie nicht mehr Threads ausführen sollten als Ihre
verfügbarer Speicher wird mit nicht mehr als 6 Threads auf einem 32-Bit-Rechner zurechtkommen

-c Gibt eine nicht standardmäßige Datei an, die die Liste der

--Verunreinigungen
Kontaminanten gegen überrepräsentierte Sequenzen zu screenen. Die Datei muss enthalten
Sätze benannter Verunreinigungen in der Form name[tab]sequence. Zeilen mit vorangestelltem a
Hash wird ignoriert.

-k - kmers
Gibt die Länge von Kmer an, nach der im Kmer-Inhaltsmodul gesucht werden soll. Angegebene Kmer
Die Länge muss zwischen 2 und 10 liegen. Die Standardlänge ist 5, wenn sie nicht angegeben wird.

-q --ruhig
Unterdrücken Sie alle Fortschrittsmeldungen auf stdout und melden Sie nur Fehler.

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