Dies ist der Befehl gmod_make_gff_from_dbxref.plp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmod_make_gff_from_dbxref.pl – ein Tool zum Erstellen einer gff3-Datei mit einer Liste von dbxrefs und
Fasta-Dateien.
ZUSAMMENFASSUNG
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
BEFEHLSZEILE OPTIONAL
--fasta_dir Verzeichnis mit Fasta-Dateien (erforderlich)
--tmp_dir Temporäres Verzeichnis (Standard: / Tmp)
--type SO-Begriff zur Verwendung für erstellte Features (Standard: Region)
--source Spalte 2 der GFF-Datei (Standard: .)
BESCHREIBUNG
Dieses Tool erstellt eine Liste mit tabulatorgetrennten Datenbankkennungen und -zugängen in der Befehlszeile
(wie gmod_extract_dbxref_from_gff.pl erzeugen würde) zusammen mit einem Verzeichnis, das Folgendes enthält
Fasta-Dateien und erstellt eine GFF-Datei. Das Skript probiert mehrere Optionen zur Identifizierung aus
Beitritt in der Fasta-Beschreibungszeile. Dies sind die Dinge, die es derzeit gibt
versucht:
>mi|5419616|mn|TC130707|
um TC130707 zu erhalten
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
um CG180994.1 zu erhalten
>mi|12821100|mn|2_11498(1330441) |
um 2_11498 zu erhalten.
> 123456
um 123456 zu erhalten (dh die gesamte Zeile, was der letzte Ausweg ist).
Wenn Sie eine andere Beschreibungszeile haben und Hilfe bei der Änderung benötigen
Wenn Sie dieses Skript verwenden möchten, um mit Ihren Daten zu arbeiten, senden Sie bitte eine E-Mail an die Schema-Mailingliste:
[E-Mail geschützt] . Wenn Sie das Skript selbst ändern, um mit Ihrem zu arbeiten
Bitte senden Sie auch eine E-Mail an die Schema-Mailingliste, um Ihre Änderungen zu melden, damit diese berücksichtigt werden können
enthalten.
Verwenden Sie gmod_make_gff_from_dbxref.plp online über die Dienste von onworks.net
