Dies ist der Befehl gmx-dyndom, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-dyndom – Strukturrotationen interpolieren und extrapolieren
ZUSAMMENFASSUNG
gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-erster Winkel ] [-letzter Winkel ] [-nframe ]
[-maxangle ] [-trans ] [-Kopf ]
[-Schwanz ]
BESCHREIBUNG
gmx Dyndom liest a .pdb Dateiausgabe von DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Es
liest die Koordinaten, die Koordinaten der Rotationsachse und eine Indexdatei mit
die Domänen. Darüber hinaus werden das erste und letzte Atom der Pfeildatei als Befehl verwendet
Zeilenargumente (Kopf und Ende) und schließlich nimmt es den Übersetzungsvektor (angegeben in
DynDom-Infodatei) und der Drehwinkel (auch als Kommandozeilenargumente). Wenn der Winkel
Wenn die von DynDom bestimmte Struktur gegeben ist, sollte man in der Lage sein, die zweite Struktur wiederherzustellen, die dafür verwendet wird
Generieren der DynDom-Ausgabe. Aufgrund der begrenzten numerischen Genauigkeit sollte dies der Fall sein
verifiziert durch Berechnung eines All-Atom-RMSD (unter Verwendung von gmx bestätigt) und nicht durch Dateivergleich
(mit diff).
Der Zweck dieses Programms besteht darin, die von gefundene Drehung zu interpolieren und zu extrapolieren
DynDom. Dadurch entstehen unphysikalische Strukturen mit langen oder kurzen Bindungen oder überlappenden Atomen
hergestellt werden darf. Zur Validierung können eine Sichtprüfung und eine Energieminimierung erforderlich sein
die Struktur.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Proteindatenbankdatei
-n [<.ndx>] (domains.ndx)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xtc/.trr/...>] (gedreht.xtc)
Flugbahn: xtc trr gro g96 pdb tng
Andere Optionen:
-erster Winkel (0)
Drehwinkel um den Rotationsvektor
-letzter Winkel (0)
Drehwinkel um den Rotationsvektor
-nframe (11)
Anzahl der Schritte auf dem Weg
-maxangle (0)
DymDom bestimmt den Drehwinkel um den Rotationsvektor
-trans (0)
Translation (Angström) entlang des Rotationsvektors (siehe DynDom-Infodatei)
-Kopf (0 0 0)
Erstes Atom des Pfeilvektors
-Schwanz (0 0 0)
Letztes Atom des Pfeilvektors
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