gmx-tcaf - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-tcaf - Viskositäten von Flüssigkeiten berechnen

ZUSAMMENFASSUNG

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-oder [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-xvg ] [-[nein]mol] [-[nein]k34]
[-Gew ] [-acflen ] [-[no]normalisieren] [-P ]
[-fitfn ] [-Beginfit ] [-Endfit ]

BESCHREIBUNG

gmx tcaf berechnet Querstrom-Autokorrelationen. Diese werden verwendet, um die
Scherviskosität, eta. Für Details siehe: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994), S. 359-366.

Querströme werden mit den k-Vektoren (1,0,0) und (2,0,0) jeweils auch in . berechnet
y- Und z-Richtung, (1,1,0) und (1,-1,0) jeweils auch in den 2 anderen Ebenen (diese
Vektoren sind nicht unabhängig) und (1,1,1) und die 3 anderen Kastendiagonalen (auch nicht
unabhängig). Für jeden k-Vektor werden Sinus und Cosinus verwendet, in Kombination mit dem
Geschwindigkeit in 2 senkrechte Richtungen. Dies ergibt insgesamt 16*2*2=64 quer
Ströme. Für jeden k-Vektor wird eine Autokorrelation angepasst berechnet, was 16 . ergibt
TCAFs. Jede dieser TCAFs wird angepasst an f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), was 16 Werte von tau und eta ergibt. Die Passform
Gewichte zerfallen exponentiell mit der Zeitkonstante w (gegeben mit -Gew) als exp(-t/w) und die
TCAF und Fit werden bis zum Zeitpunkt 5*w berechnet. Die eta-Werte sollten an 1 - a . angepasst werden
eta(k) k^2, woraus man die Scherviskosität bei k=0 abschätzen kann.

Wenn die Box kubisch ist, kann man die Option verwenden -oc, die den Durchschnitt der TCAFs über alle
k-Vektoren gleicher Länge. Dies führt zu genaueren TCAFs. Sowohl die kubische
TCAFs und Fits werden angeschrieben -oc Die kubischen eta-Schätzungen werden auch geschrieben in -ov.

Mit der Option -Mol, wird der Querstrom von Molekülen statt von Atomen bestimmt. In
In diesem Fall sollte die Indexgruppe aus Molekülnummern anstelle von Atomnummern bestehen.

Die k-abhängigen Viskositäten im -ov Datei sollte an eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) angepasst werden
um die Viskosität bei unendlicher Wellenlänge zu erhalten.

Hinweis: Achte darauf, dass du oft genug Koordinaten und Geschwindigkeiten schreibst. Die anfängliche,
nicht exponentiell, ein Teil der Autokorrelationsfunktion ist sehr wichtig, um a . zu erhalten
passt gut.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Flugbahn mit voller Präzision: trr cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-ot [<.xvg>] (transcur.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-oder [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-[nein]mol (Nein)
Berechnen TCAF von Molekülen

-[nein]k34 (Nein)
Verwenden Sie auch k=(3,0,0) und k=(4,0,0)

-Gew (5)
Exponentielle Abklingzeit für die TCAF-Anpassungsgewichte

-acflen (-1)
Länge des ACF, Standard ist die halbe Anzahl der Frames

-[no]normalisieren (Ja)
ACF . normalisieren

-P (0)
Ordnung des Legendre-Polynoms für ACF (0 bedeutet keines): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Keine)
Fit-Funktion: keine, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-Beginfit (0)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beginnt

-Endfit (-1)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beendet wird, -1 ist bis zum
Ende

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