jaspscane – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

jaspscan – Durchsucht DNA-Sequenzen nach Transkriptionsfaktoren

ZUSAMMENFASSUNG

jaspscan -Reihenfolge Fortsetzung -Speisekarte Liste -Matrizen Schnur -Schwelle schweben [-ausschließen Schnur]
[-beide boolean] -outfile berichten

jaspscan -Hilfe

BESCHREIBUNG

jaspscan ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Nucleic:Transcription“.

OPTIONAL

Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung

-Speisekarte Liste
Standardwert: C

-Matrizen Schnur
Der Name „all“ liest alle Matrixdateien aus dem ausgewählten JASPAR-Matrixsatz ein. Du kannst
Geben Sie einzelne Matrizen an, indem Sie ihre Namen mit Kommas dazwischen angeben, z. B.:
'ma0001.1,ma0015*'. Die Groß-/Kleinschreibung der Namen ist nicht wichtig. Sie können eine Datei angeben
Einzulesende Matrixnamen, indem Sie mit a den Namen der Datei angeben, die die Matrixnamen enthält
'@'-Zeichen davor, zum Beispiel '@matrix.list'. Leerzeilen und Zeilen
beginnend mit einem Rautezeichen oder „!“ werden ignoriert und alle anderen Zeilen werden verkettet
zusammen mit einem Kommazeichen „,“ und wird dann als Liste der zu durchsuchenden Enzyme behandelt
für. Ein Beispiel für eine Datei mit Matrixnamen ist: ! meine Matrizen ma0001.1, ma0002.1 ! andere
Matrizen ma0010.1 ma0032* ma0053.1 Standardwert: alle

Erforderlich Abschnitt
-Schwelle schweben
Wenn der Matrixwert größer oder gleich diesem Prozentsatz ist, wird ein Treffer erzielt
gemeldet Standardwert: 80.0

Zusätzliche Abschnitt
-ausschließen Schnur
Die Namen aller Matrizen, die aus der „Matrizen“-Liste ausgeschlossen werden sollen. Matrizen werden angegeben
auf die gleiche Weise wie bei der Auswahlliste.

-beide boolean
Wenn festgelegt, werden sowohl der Vorwärts- als auch der Rückwärtsstrang durchsucht. Standardwert: N

Ausgang Abschnitt
-outfile berichten

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