pbalign - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

pbalign - Zuordnung von PacBio-Sequenzen zu Referenzen

BESCHREIBUNG

Verwendung: pbalign [-h] [--verbose] [--version] [--profile] [--debug]

[--regionTable REGIONTABLE] [--configFile KONFIGURATIONSDATEI] [--pulseFile PULSE-DATEI]
[--Algorithmus {blasr,bowtie,gmap}] [--maxHits MAXHITS] [--minAnchorSize
MINANCHORGRÖSSE] [--useccs {useccs,useccsall,useccsdenovo}] [--noSplitSubreads]
[--concordant] [--nproc NPROC] [--algorithmOptions ALGORITHMOPTIONEN]
[--maxDivergenz MAXDIVERGENCE] [--minAccuracy MINACCURACY] [--minLength MINLENGTH]
[--scoreFunction {alignerscore,editdist,blasrscore}] [--scoreCutoff SCORECUTOFF]
[--hitPolicy {randombest,allbest,random,all,ganz links}] [--filterAdapterOnly]
[--forQuiver] [--loadQVs] [--byread] [--metrics METRIKEN] [--seed SEED] [--tmpDir
TMPDIR] Eingabedateiname referencePath Ausgabedateiname

Zuordnung von PacBio-Sequenzen zu Referenzen mithilfe eines Algorithmus, der aus einer Auswahl von
unterstützte Befehlszeilen-Ausrichtungsalgorithmen. Eingabe kann ein fasta, pls.h5, bas.h5 oder . sein
ccs.h5-Datei oder eine fofn (Datei mit Dateinamen). Die Ausgabe erfolgt entweder im cmp.h5- oder im sam-Format.

positionell Argumente:
Eingabedateiname
Die Eingabedatei kann eine fasta-, plx.h5-, bax.h5-, ccs.h5- oder fofn-Datei sein.

ReferenzPfad
Entweder eine Referenz-Fasta-Datei oder ein Referenz-Repository.

Name der Ausgabedatei
Die Ausgabe cmp.h5 oder sam-Datei.

optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden

- ausführlich, -v
Stellen Sie die Ausführlichkeitsstufe ein

--Version
Versionsnummer des Programms anzeigen und beenden

--Profil
Laufzeitprofil beim Beenden drucken

--debuggen
Ausnahmen im Debugger abfangen (erfordert ipdb)

--regionTable REGIONSTABELLE
Geben Sie eine Regionstabelle zum Filtern von Lesevorgängen an.

--Konfigurationsdatei KONFIGURATIONSDATEI
Geben Sie einen Satz benutzerdefinierter Argumentwerte an.

--pulseFile IMPULSDATEI
Wenn Eingabelesevorgänge im Fasta-Format vorliegen und die Ausgabe eine cmp.h5 ist, kann diese Option angeben
pls.h5 oder bas.h5 oder FOFN-Dateien, aus denen Pulsmetriken für Quiver geladen werden können.

--Algorithmus {blasr,fliege,gmap}
Wählen Sie einen Algorithmus aus ('blasr', 'bowtie', 'gmap'). Der Standardalgorithmus ist Blasr.

--maxHits MAXHITS
Die maximale Anzahl von Übereinstimmungen jedes Lesevorgangs mit der Referenzsequenz, die
bewertet. Der Standardwert ist 10.

--minAnkergröße MINANHORGRÖSSE
Die minimale Ankergröße definiert die Länge des Reads, die mit dem übereinstimmen muss
Referenzreihenfolge. Der Standardwert ist 12.

--useccs {useccs,useccsall,useccsdenovo}
Ordnen Sie die ccsSequence zuerst dem Genom zu und richten Sie dann die Subreads an dem Intervall aus, das
die CCS-Lesevorgänge zugeordnet sind.

useccs: ordnet nur Subreads zu, die die Länge von umfassen
Die Vorlage.

useccsall: ordnet alle Subreads zu.
useccsdenovo: bildet nur CCs ab.

--noSplitSubreads
Teilen Sie Lesevorgänge nicht in Unterlesevorgänge auf, selbst wenn Unterlesebereiche verfügbar sind. Standard
Wert ist falsch.

--einträchtig
Ordnen Sie Subreads eines ZMW derselben genomischen Position zu.

--nproc NPROC
Anzahl der Themen. Der Standardwert ist 8.

--algorithmOptions ALGORITHMUSOPTIONEN
Ausrichtungsoptionen durchreichen.

--maxDivergenz MAXIMALE DIVERGENZ
Die maximal zulässige prozentuale Abweichung eines Reads von der Referenzsequenz.
Der Standardwert ist 30.

--minGenauigkeit MINGENAUIGKEIT
Die minimale prozentuale Genauigkeit der Ausrichtungen, die ausgewertet werden. Standardwert
ist 70.

--minimale Länge MINIMALE LÄNGE
Die minimale ausgerichtete Leselänge von Ausrichtungen, die ausgewertet werden. Standardwert
ist 50.

--scoreFunktion {alignerscore,editdist,blasrscore}
Geben Sie eine Bewertungsfunktion zum Bewerten von Ausrichtungen an.

alignerscore : Punktzahl des Aligners im SAM-Tag 'as'.
editdist : Bearbeiten Sie den Abstand zwischen Read und Reference. Blasrscore : Blasrs
Standard-Score-Funktion.

Der Standardwert ist alignerscore.

--scoreCutoff SCORECUTOFF
Die schlechteste Punktzahl für die Ausgabe einer Ausrichtung.

--hitPolicy {zufälligste,allebeste,zufällige,alle,am weitesten links}
Legen Sie eine Richtlinie für die Behandlung mehrerer Treffer fest

random : wählt einen zufälligen Treffer aus.

all : wählt alle Treffer aus.

alles bestens
: wählt alle Treffer mit der besten Punktzahl aus.

randombest: wählt einen zufälligen Treffer aus allen Treffern mit der besten Punktzahl.
ganz links : wählt einen Treffer mit der besten Punktzahl und die

kleinste Zuordnungskoordinate in einer Referenz.
Der Standardwert ist randombest.

--filterAdapterOnly
Falls angegeben, keine Nur-Adapter-Treffer mit Anmerkungen mit der Referenz melden
Eintrag.

--forQuver
Die Ausgabedatei cmp.h5, die sortiert und mit Puls-QV-Informationen geladen wird, und
umgepackt, so dass es direkt per Köcher verzehrt werden kann. Dies erfordert die Eingabe
Datei im Format PacBio bas/pls.h5 und --useccs muss Keine sein. Standardwert ist
Falsch.

--loadQVs
Ähnlich --forQuver, der einzige unterschied ist das --useccs angegeben werden kann.
Der Standardwert ist False.

--byread
Pulsinformationen laden mit -durchlesen Option statt -bymetrisch. Funktioniert nur wenn
--forQuver or --loadQVs eingestellt sind. Der Standardwert ist False.

--metriken METRIK
Laden Sie die angegebenen (durch Kommas getrennte Liste von) Metriken anstelle der Standardmetriken
per Köcher erforderlich. Diese Option funktioniert nur, wenn --forQuver or --loadQVs eingestellt sind.
Standard: DeletionQV,DeletionTag,InsertionQV,MergeQV,SubstitutionQV

--Samen SAMEN
Initialisieren Sie den Zufallszahlengenerator mit einer ganzen Zahl ungleich null. Null bedeutet das
die aktuelle Systemzeit wird verwendet. Der Standardwert ist 1.

--tmpDir TMPDIR
Geben Sie ein Verzeichnis zum Speichern temporärer Dateien an. Standard ist /kratzen.

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