Dies ist der Befehl Scythe, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Sense - Bayesianischer Adaptertrimmer
ZUSAMMENFASSUNG
scythe -t sanger -a /path/to/adaptors.fasta [Optionen]
Entfernen Sie Verunreinigungen des 3´-Endadapters aus den Sequenzdateien. Wenn keine Ausgabedatei angegeben ist,
Scythe wird stdout verwenden.
OPTIONAL
-p, --prior Prior (Standard: 0.300)
-q, --quality-type Qualitätstyp, entweder illumina, solexa oder sanger (Standard: sanger)
-m, --matches-file stimmt mit der Datei überein (Standard: keine Ausgabe)
-o, --output-file gibt die Datei mit gekürzten Sequenzen aus (Standard: stdout)
-t, --tag fügt dem Header ein Tag hinzu, das angibt, dass Scythe eine Sequenz geschnitten hat (Standard: aus)
-n, --min-match kleinste zu berücksichtigende Verunreinigung (Standard: 5)
-M, --min-keep Filtersequenzen kleiner oder gleich dieser Länge (Standard: 35)
--quiet gibt keine Statistiken über das Trimmen auf stdout aus (Standard: aus)
--help zeigt diese Hilfe an und beendet sie
--version Versionsinformationen ausgeben und beenden
Dies sind die Qualitätskodierungsschemata, die Scythe erkennt (siehe „--quality“)
phred PHRED-Qualitätswerte (z. B. von Roche 454). ASCII mit Nr
Offset, Bereich: [4, 60].
sanger Sanger sind PHRED ASCII-Qualitäten mit einem Offset von 33,
Bereich: [0, 93]. Von NCBI SRA oder Illumina Pipeline 1.8+.
solexa Solexa (auch sehr frühes Illumina – Pipeline < 1.3).
ASCII-Offset von 64, Bereich: [-5, 62]. Verwendet ein anderes
Qualität-zu-Wahrscheinlichkeiten-Konvertierung als andere Verfahren.
illumina Illumina-Ausgabe von Pipeline-Versionen zwischen 1.3 und 1.7.
ASCII-Offset von 64, Bereich: [0, 62]
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