Dies ist der Befehl SeqDist, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
AmpliconNoise - Rauschen aus Nukleotidsequenzdaten mit hohem Durchsatz entfernen
VERSION
Diese Dokumentation bezieht sich auf Version 1.22
ZUSAMMENFASSUNG
Weitere Informationen finden Sie auch in den /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz für Details zur Ausführung.
BESCHREIBUNG
Die folgenden Werkzeuge sind enthalten. Die meisten von ihnen haben zum Beispiel ein MPI-Äquivalent
SeqNoise hat ein äquivalentes SeqNoiseM, das mit mpirun verwendet werden kann.
FastaEinzigartig - derepliziert Fasta-Datei
-in String Eingabedateiname
Option:
FCluster
-in String Abstand Eingabedateiname
-out String-Ausgabedatei-Stub
Option:
-r Auflösung
-eine durchschnittliche Verbindung
-w Gewichte verwenden
-ich lese Bezeichner
-s Skalenabstand
NDist - paarweise Needleman-Wunsch-Sequenzabstandsmatrix aus einer Fasta-Datei
-in String Fata-Dateiname
Option:
-i Ausgabekennungen
Perseus - tötet Monster
-sin string seq Dateiname
Option:
-tin String-Referenzsequenzdatei
-a Ausgabeausrichtungen
-d Ungleichgewicht verwenden
-rin String-Lookup-Dateiname
PyroDist - paarweise Distanzmatrix aus Flussdiagrammen
-in String-Flow-Dateiname
-out Stub Datei-Stub ausgeben
Option:
-ni kein Index in der DAT-Datei
-rin String-Lookup-Dateiname
PyroNoise - gruppiert Flussdiagramme ohne Ausrichtungen
-din String Flow-Dateiname
-out String-Cluster-Eingabedateiname
-lin String-Listendatei
Option:
-v ausführlich
-c doppelter anfänglicher Cut-off
-ni kein Index in der DAT-Datei
-s doppelte Genauigkeit
-rin Dateisuche Dateiname
SeqDist - paarweise Distanzmatrix aus einer Fasta-Datei
-in String fasta Dateiname
Option:
-i Ausgabekennungen
-rin String-Lookup-Dateiname
SeqNoise - Cluster-Sequenzen
-in String-Sequenz Dateiname
-din String Abstandsmatrix Dateiname
-out String-Cluster-Eingabedateiname
-lin String-Listendatei
Option:
-min Zuordnungsdatei
-v ausführlich
-c doppelter anfänglicher Cut-off
-s doppelte Genauigkeit
-rin String-Lookup-Dateiname
SplitClusterEven
-din String dat Dateiname
-min String-Map-Dateiname
-tin String-Baum-Dateiname
-s geteilte Größe
-m Mindestgröße
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