showfeate – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

showfeat – Zeigt Features einer Sequenz in einem hübschen Format an

ZUSAMMENFASSUNG

Showfeat -Reihenfolge Fortsetzung [-Quellenübereinstimmung Schnur] [-typematch Schnur] [-Tagübereinstimmung Schnur]
[-Wertübereinstimmung Schnur] [-Sortieren Liste] [-joinfeatures boolean] [-Anmerkung Angebot]
-html boolean -id boolean -Bezeichnung boolean -Rahmen boolean -Breite ganze Zahl
-Zusammenbruch boolean -nach vorne boolean -umkehren boolean -Unbekannt boolean
-Strand boolean -Ursprung boolean -Position boolean -Art boolean -Stichworte boolean
-Werte boolean -strenge Tags boolean -outfile Outfile

Showfeat -Hilfe

BESCHREIBUNG

Showfeat ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Anzeige, Merkmalstabellen“.

OPTIONAL

Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung

Zusätzliche Abschnitt
-Quellenübereinstimmung Schnur
Standardmäßig wird jede Feature-Quelle in der Feature-Tabelle angezeigt. Sie können dies entsprechend einstellen
jede Feature-Quelle, die Sie anzeigen möchten. Der Quellname ist normalerweise entweder der Name des
Programm, das das Merkmal erkannt hat, oder es ist die Merkmalstabelle (zB: EMBL), die das
Funktion kam. Die Quelle kann durch Verwendung von '*' mit Platzhaltern versehen werden. Wenn Sie mehr zeigen möchten
als eine Quelle, trennen Sie ihre Namen mit dem Zeichen '|', zB: gene* | embl Standard
Wert: *

-typematch Schnur
Standardmäßig wird jeder Feature-Typ in der Feature-Tabelle angezeigt. Sie können dies entsprechend einstellen
einen beliebigen Feature-Typ, den Sie anzeigen möchten. Sehen http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ für eine Liste
der EMBL-Funktionstypen und siehe Anhang A des Swissprot-Benutzerhandbuchs in
http://www.expasy.org/sprot/userman.html für eine Liste der Swissprot-Feature-Typen.
Der Typ kann mit '*' mit Platzhaltern versehen werden. Wenn Sie mehr als einen Typ anzeigen möchten,
trennen ihre Namen mit dem Zeichen '|', zB: *UTR | intron Standardwert: *

-Tagübereinstimmung Schnur
Tags sind die Arten von zusätzlichen Werten, die ein Feature haben kann. Zum Beispiel im EMBL
Feature-Tabelle kann ein Feature vom Typ 'CDS' die Tags '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/Exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' oder '/usedin'.
Einige dieser Tags haben auch Werte, zum Beispiel kann '/gene' den Wert des
Genname. Standardmäßig wird jedes Feature-Tag in der Feature-Tabelle angezeigt. Das kannst du einstellen
um einem beliebigen Feature-Tag zu entsprechen, das Sie anzeigen möchten. Das Tag kann mit '*' mit Platzhaltern versehen werden. Wenn
Wenn Sie mehr als ein Tag anzeigen möchten, trennen Sie deren Namen mit dem Zeichen '|', zB:
Gen | Etikett Standardwert: *

-Wertübereinstimmung Schnur
Tag-Werte sind die Werte, die einem Feature-Tag zugeordnet sind. Tags sind die Arten von Extras
Werte, die ein Feature haben kann. In der EMBL-Feature-Tabelle ist beispielsweise ein 'CDS'-Typ von
Feature kann die Tags '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' haben,
'/evidence', '/Exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_außer', '/transl_table' oder '/usedin'. Nur einige dieser Tags können haben
Werte, zum Beispiel '/gene' können den Wert des Gennamens haben. Standardmäßig alle
Der Feature-Tag-Wert in der Feature-Tabelle wird angezeigt. Sie können dies so einstellen, dass es zu jeder Funktion passt
Tag-Wert, den Sie anzeigen möchten. Der Tag-Wert kann mithilfe von '*' mit Platzhaltern versehen werden. Wenn Sie wünschen
um mehr als einen Tag-Wert anzuzeigen, trennen Sie ihre Namen mit dem Zeichen '|', zB: pax*
| 10 Standardwert: *

-Sortieren Liste
Standardwert: Start

-joinfeatures boolean
Standardwert: N

-Anmerkung Angebot
Bereiche, die durch Markieren mit Anmerkungen versehen werden sollen. Wenn dies leer gelassen wird, wird keine Anmerkung hinzugefügt. EIN
Der Satz von Regionen wird durch einen Satz von Positionspaaren gefolgt von optionalem Text angegeben.
Die Positionen sind ganze Zahlen. Es folgt ein beliebiger Text (aber keine Ziffern, wenn auf der
Befehlszeile). Beispiele für Regionsspezifikationen sind: 24-45 neue Domain 56-78 Übereinstimmung mit
Maus 1-100 Erster Teil 120-156 Oligo Eine Datei mit Bereichen zum Kommentieren (ein Bereich pro Zeile)
kann als '@Dateiname' angegeben werden.

Erweitert Abschnitt
-html boolean
Standardwert: N

-id boolean
Legen Sie dies auf „false“ fest, wenn Sie den ID-Namen der Sequenz nicht anzeigen möchten.
Standardwert: Y

-Bezeichnung boolean
Setzen Sie dies auf „false“, wenn Sie die Beschreibung der Sequenz nicht anzeigen möchten.
Standardwert: Y

-Rahmen boolean
Setzen Sie dies auf „false“, wenn Sie die Skalenlinie nicht anzeigen möchten. Standardwert: Y

-Breite ganze Zahl
Sie können die Breite der ASCII-Zeichen-Grafikanzeige des erweitern (oder verkleinern).
Positionen der Features mithilfe dieses Werts. Beispielsweise eine Breite von 80 Zeichen
würde eine Standardseitenbreite abdecken und eine Breite von 10 Zeichen wäre annähernd
unleserlich. Wenn die Breite auf weniger als 4 eingestellt ist, werden die Grafiklinien und die Skalierungslinie angezeigt
wird nicht angezeigt. Standardwert: 60

-Zusammenbruch boolean
Wenn dies gesetzt ist, handelt es sich um Merkmale aus derselben Quelle und von derselben Art und Bedeutung
alle in derselben Zeile gedruckt. Zum Beispiel, wenn es mehrere Features aus dem EMBL gibt
Merkmalstabelle (d. h. dieselbe Quelle), die alle im gleichen Sinne vom Typ „Exon“ sind,
dann werden sie alle in derselben Zeile angezeigt. Dies macht die Unterscheidung schwierig
überlappende Merkmale. Wenn dies auf „false“ gesetzt ist, wird jedes Feature auf einem angezeigt
Eine separate Zeile erleichtert die Unterscheidung, wo Features beginnen und enden. Standard
Wert: N

-nach vorne boolean
Legen Sie dies auf „false“ fest, wenn Sie keine Vorwärtserkennungsfunktionen anzeigen möchten. Standard
Wert: Y

-umkehren boolean
Legen Sie dies auf „false“ fest, wenn Sie keine Reverse-Sense-Funktionen anzeigen möchten. Standard
Wert: Y

-Unbekannt boolean
Legen Sie dies auf „false“ fest, wenn Sie unbekannte Sinnesmerkmale nicht anzeigen möchten. (d. h.
Merkmale ohne Direktionalität – alle Proteinmerkmale sind von diesem Typ und einige davon
Kernmerkmale (z. B. CG-reiche Regionen)). Standardwert: Y

-Strand boolean
Legen Sie dies fest, wenn Sie den Strang der Features anzeigen möchten. Proteinmerkmale sind
immer richtungslos (angezeigt durch „0“), Vorwärts wird durch „+“ und Rückwärts angezeigt
'-'. Standardwert: N

-Ursprung boolean
Legen Sie dies fest, wenn Sie den Ursprung der Features anzeigen möchten. Der Quellname lautet normalerweise
Entweder der Name des Programms, das die Funktion erkannt hat, oder der Name des
Feature-Tabelle (z. B. EMBL), aus der das Feature stammt. Standardwert: N

-Position boolean
Legen Sie dies fest, wenn Sie die Start- und Endposition der Features anzeigen möchten. Wenn mehrere
Wenn Features in derselben Zeile angezeigt werden, werden auch die Start- und Endpositionen angezeigt
durch ein Komma verbunden werden, zum Beispiel: „189-189,225-225“. Standardwert: N

-Art boolean
Legen Sie dies auf „false“ fest, wenn Sie den Typ der Features nicht anzeigen möchten. Standard
Wert: Y

-Stichworte boolean
Legen Sie dies auf „false“ fest, wenn Sie die Tags und Werte von nicht anzeigen möchten
Merkmale. Standardwert: N

-Werte boolean
Legen Sie dies auf „false“ fest, wenn Sie die Tag-Werte der Features nicht anzeigen möchten. Wenn
Dies ist auf „false“ gesetzt, es werden nur die Tag-Namen angezeigt. Wenn die Tags nicht vorhanden sind
angezeigt, dann werden die Werte nicht angezeigt. Der Wert des Tags „Übersetzung“.
wird nie angezeigt, da es oft sehr lang ist. Standardwert: Y

-strenge Tags boolean
Wenn ein Tag/Wert-Paar in einem Feature mit dem angegebenen Tag und Wert übereinstimmt,
dann werden alle Tags/Wert-Paare dieser Funktion angezeigt. Wenn dies auf eingestellt ist
true, dann nur die Tag/Wert-Paare in einem Feature, die mit dem angegebenen Tag übereinstimmen und
Wert wird angezeigt. Standardwert: N

Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile

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