Dies ist der Befehl SIBsim4, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
SIBsim4 - RNA-Sequenzen mit einer DNA-Sequenz ausrichten, um Introns zu ermöglichen
ZUSAMMENFASSUNG
SIBsim4 [ Optionen ] Frau rna_db
BESCHREIBUNG
SIBsim4 ist ein ähnlichkeitsbasiertes Werkzeug zum Alignment einer Sammlung von exprimierten Sequenzen (EST,
mRNA) mit einer genomischen DNA-Sequenz.
Stapellauf SIBsim4 ohne Argumente druckt die Optionsliste zusammen mit ihrem
Standardwerte.
SIBsim4 verwendet eine blast-basierte Technik, um zuerst die grundlegenden Matching-Blöcke zu bestimmen
die "Exon-Kerne" darstellen. In dieser ersten Phase erkennt es alle möglichen genauen Übereinstimmungen
von W-meren (dh DNA-Wörtern der Größe W) zwischen den beiden Sequenzen und erweitert sie auf
maximale Scoring lückenlose Segmente. In der zweiten Stufe werden die Exon-Kerne erweitert in
die angrenzenden, noch nicht übereinstimmenden Fragmente unter Verwendung von Greedy-Alignment-Algorithmen und Heuristiken
werden verwendet, um Konfigurationen zu bevorzugen, die den Erkennungssignalen der Spleißstelle entsprechen
(zB GT-AG). Bei Bedarf wiederholt sich der Vorgang mit weniger strengen Parametern auf der
unübertroffene Fragmente.
Standardmäßig SIBsim4 durchsucht beide Stränge und meldet die besten Übereinstimmungen, gemessen an der
Anzahl übereinstimmender Nukleotide, die im Alignment gefunden wurden. Die R Befehlszeilenoption kann sein
wird verwendet, um die Suche auf nur eine Orientierung (Strang) zu beschränken.
Derzeit werden vier Hauptoptionen für die Ausrichtungsanzeige unterstützt, die von der A .
Standardmäßig sind nur die Endpunkte, die Gesamtähnlichkeit und die Ausrichtung der Introns
berichtet. Ein Pfeilzeichen ('->' oder '<-') zeigt die Ausrichtung des Introns an. Das Schild
'==' markiert die Abwesenheit eines cDNA-Fragments, das an dieser Position beginnt, im Alignment.
In der Beschreibung unten wird der Begriff MSP bezeichnet ein Paar mit maximaler Punktzahl, d. h. ein Paar von
sehr ähnliche Fragmente in den beiden Sequenzen, erhalten während des blast-like-Verfahrens von
Erweiterung eines W-Mer-Treffers durch Streichhölzer und vielleicht ein paar Mismatches.
OPTIONAL
-EIN
Ausgabeformat
0: nur Exon-Endpunkte
1: Ausrichtungstext
3: beide Exon-Endpunkte und Ausrichtungstext
4: beide Exon-Endpunkte und Alignment-Text mit polyA-Info
Beachten Sie, dass 2 nicht implementiert ist.
Der Standardwert ist 0.
-C
MSP-Score-Schwellenwert für den zweiten Durchgang.
Der Standardwert ist 12.
-C
minimaler Score-Cutoff-Wert. Ausrichtungen mit Werten unter diesem Wert sind nicht
gemeldet.
Der Standardwert ist 50.
-E
Cutoff-Wert.
Der Standardwert ist 3.
-F
Score-Filter in Prozent. Wenn mehrere Treffer für dasselbe RNA-Element erkannt werden,
nur diejenigen mit einer Punktzahl innerhalb dieses Prozentsatzes der maximalen Punktzahl für diese RNA
Elemente gemeldet werden. Wenn Sie diesen Wert auf 0 setzen, wird die Filterung deaktiviert und alle Treffer werden
gemeldet werden, sofern ihre Punktzahl über dem Grenzwert liegt, der durch die c
.
Der Standardwert ist 75.
-g
Exons verbinden, wenn Lücke auf Genom und RNA Längen haben, die sich dadurch höchstens unterscheiden
Prozentsatz.
Der Standardwert ist 10.
-H
chimäre Transkripte melden, wenn die beste Punktzahl niedriger ist als dieser Prozentsatz von
die Gesamt-RNA-Abdeckung und der Chimären-Score sind größer als dieser Prozentsatz von
die RNA-Länge (0 deaktiviert diesen Bericht)
Der Standardwert ist 75.
-ICH
Fensterbreite, in der nach Intron-Spleißen gesucht werden soll.
Der Standardwert ist 6.
-K
MSP-Score-Schwellenwert für den ersten Durchgang.
Der Standardwert ist 16.
-L
eine durch Kommas getrennte Liste von Vorwärtsspleißtypen.
Der Standardwert ist "GTAG,GCAG,GTAC,ATAC".
-M
Spleißstellen bewerten, Übereinstimmung innerhalb von M Nukleotiden bewerten.
Der Standardwert ist 10.
-Ö
Versetzen Sie beim Drucken der Ergebnisse die nt-Positionen in der DNA-Sequenz um diesen Betrag.
Der Standardwert ist 0.
-Q
Strafe für eine Nukleotid-Fehlpaarung.
Der Standardwert ist -5.
-R
Suchrichtung
0: nur den '+' (direkten) Strang suchen
1: suche nur den '-'-Strang
2: beide Stränge durchsuchen
Der Standardwert ist 2.
-R
Belohnung für ein Nukleotid-Match.
Der Standardwert ist 1.
-S
Splice Site indels Suchbreite. Bei der Bestimmung der besten Position eines Spleißes
Ort, SIBsim4 wird das Hinzufügen von höchstens dieser Anzahl von Einfügungen und Löschungen auswerten
auf dem DNA-Strang auf jeder Seite der Spleißstelle.
Der Standardwert ist 2.
-S
Split-Score in Prozent. Während der Verknüpfung von MSP, wenn zwei aufeinanderfolgende Gruppen von Exons
so aussehen, als könnten sie Teil von zwei verschiedenen Kopien desselben Gens sein, werden sie es tun
getestet werden, um zu sehen, ob die Punktzahl jeder einzelnen Gruppe im Verhältnis zur besten Gesamtwertung steht
Punktzahl ist größer als dieser Wert. Wenn beide Gruppen eine relative Punktzahl darüber haben
Schwelle werden sie aufgeteilt.
Der Standardwert ist 75.
-W
Wortgröße.
Der Standardwert ist 12.
-X
Wert zum Beenden von Worterweiterungen.
Der Standardwert ist 12.
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