Dies ist der Befehl SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh – Vorhersage der Auswirkung einer Aminosäuresubstitution auf
Proteinfunktion
ZUSAMMENFASSUNG
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh
[BLAST_PROCESSORS]
BESCHREIBUNG
SIFT sagt voraus, ob ein Aminosäureaustausch die Proteinfunktion beeinflusst
Sequenzhomologie und die physikalischen Eigenschaften von Aminosäuren.
Die Ergebnisse werden in gespeichert ./ .SIFTprediction.
Dieses Programm wird für die FASTA-Eingabe verwendet und ist Teil der SIFT-Suite.
OPTIONAL
Proteinsequenz im Fasta-Format.
Proteindatenbank zum Durchsuchen. Es wird davon ausgegangen, dass diese Sequenzen funktionsfähig sind.
Datei der vorherzusagenden Auswechslungen. Siehe /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
für ein Beispiel des Formats. Wenn Sie „-“ angeben, werden alle Mutationen des Ganzen bewertet
Proteinsequenz werden gedruckt.
[BLAST_PROCESSORS]
Anzahl der Prozessoren/Kerne, die beim Ausführen von Blast über verwendet werden sollen -a Argument.
Beispiele:
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh /usr/share/doc/sift/examples/lacI.fasta [BLAST_DB] /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
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