Dies ist der Befehls-Squizz, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Squizz - Sequenzformatprüfer
ZUSAMMENFASSUNG
Squizz [-AShlns] [-c Format] [-f Format] Datei
OPTIONAL
Folgende Befehlszeilenoptionen sind zulässig:
-A Erkennung/Verifizierung auf Ausrichtungsformate beschränken (Konflikt mit -S Möglichkeit).
-S Erkennung/Verifizierung auf Sequenzformate beschränken (Konflikt mit -A Möglichkeit).
-c Format
Konvertieren Sie die erkannte Sequenz/Ausrichtung in Format. Diese Option impliziert eine strikte Ausrichtung
Überprüfung.
-f Format
Angenommen, das Eingabeformat ist Format. Versuchen Sie nicht, das Format zu erkennen, sondern überprüfen Sie einfach, ob das Format vorliegt
Vorausgesetzt, eines ist richtig.
-h Nutzungsanzeige.
-l Listet alle unterstützten Formate auf.
-n Erkannte Einträge zählen und melden. Diese Option ist nur verfügbar, wenn die Erkennung erfolgt
auf einen einzigen Typ beschränkt (mit -A or -S Optionen) und strenge Kontrollen (ohne -s
Option) aktiviert sind.
-s Deaktiviert strenge Formatprüfungen (standardmäßig aktiviert).
BESCHREIBUNG
Squizz ist ein Dateiprüfer für Sequenzformate, verfügt aber auch über einige Konvertierungsfunktionen.
Squizz kann die gängigsten Sequenz- und Alignmentformate erkennen:
* CODATA, EMBL, SCHNELL, GCG, GDE, GENBANK, IG, NBRF (pir), RAW und SWISSPROT.
* CLUSTAL, SCHNELL, MSF, NEXUS, PHILIP (verschachtelt und sequentiell) und STOCKHOLM.
Squizz kann auch einige Konvertierungen durchführen, wenn das Eingabeformat unterstützt wird. Nur 3
Folgende Typen sind verfügbar: Sequenz zu Sequenz, Ausrichtung zu Ausrichtung und Ausrichtung zu
Sequenz (die letzte, Sequenz zur Ausrichtung, erfordert mehrere Ausrichtungsalgorithmen und
nicht mit Formatierungstools behandelbar).
Strenge Formatprüfungen validieren die zuvor erkannten Objekte, indem sie für eine gewisse Vernunft sorgen
prüft:
- Sequenzzeichenfolgen müssen vorhanden sein.
- Die Ausrichtung besteht aus mehr als einer Sequenz.
- Alignment-Sequenzzeichenfolgen müssen die gleiche Länge haben.
- Alignment-Sequenznamen müssen vorhanden und eindeutig sein.
Nutzen Sie Squizz online über die Dienste von onworks.net
