Dies ist der Befehl transeqe, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
transeq – Nukleinsäuresequenzen übersetzen
ZUSAMMENFASSUNG
transeq -Reihenfolge Fortsetzung [-Rahmen Liste] [-Tabelle Liste] [-Regionen Angebot] [Trimmen boolean]
[-reinigen boolean] -Alternative boolean -seq Folge
transeq -Hilfe
BESCHREIBUNG
transeq ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Nucleic:Translation“.
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung
Zusätzliche Abschnitt
-Rahmen Liste
Standardwert: 1
-Tabelle Liste
-Regionen Angebot
Zu übersetzende Regionen. Bleibt dieses Feld leer, wird die komplette Sequenz übersetzt.
Eine Menge von Regionen wird durch eine Menge von Positionspaaren angegeben. Die Positionen sind
ganze Zahlen. Sie werden durch ein beliebiges Nicht-Ziffern-, Nicht-Alpha-Zeichen getrennt. Beispiele für Regionen
Spezifikationen sind: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99 Hinweis: Sie
sollte nicht versuchen, diese Option mit einem anderen Frame als dem Standardrahmen -frame=1 zu verwenden
Trimmen boolean
Dadurch werden alle „X“- und „*“-Zeichen vom rechten Ende der Übersetzung entfernt. Der
Der Trimmvorgang beginnt am Ende und wird fortgesetzt, bis das nächste Zeichen kein „X“ ist.
oder ein „*“ Standardwert: N
-reinigen boolean
Dadurch werden alle STOP-Codon-Positionen vom „*“-Zeichen in „X“ (ein unbekanntes Zeichen) geändert
Rückstand). Dies ist nützlich, da einige Programme keine Proteinsequenzen akzeptieren
'*'-Zeichen enthalten. Standardwert: N
Fortgeschrittener Abschnitt
-Alternative boolean
Die Standarddefinition des Rahmens „-1“ ist das umgekehrte Komplement des Codonsatzes
Wird in Frame 1 verwendet. (Frame -2 ist der Satz von Codons, der von Frame 2 verwendet wird, ebenso Frame -3
und 3). Dies ist ein allgemeiner Standard, der vom Staden-Paket und anderen Programmen verwendet wird. Wenn
Sie bevorzugen es, Frame „-1“ so zu definieren, dass er den Satz von Codons verwendet, der mit dem letzten beginnt
Codon der Sequenz und setzen Sie dies dann auf „true“. Standardwert: N
Ausgang Abschnitt
-seq Folge
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