Dies ist die Linux-App namens dataMAPPs, die online unter Linux ausgeführt werden kann und deren neueste Version als dataMAPPs_3.2.7.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App mit dem Namen dataMAPPs herunter und führen Sie sie online aus, um sie online mit OnWorks kostenlos unter Linux auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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dataMAPPs zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
dataMAPPs ermöglicht die routinemäßige und effiziente Verarbeitung von Daten aus Immunogenitätsstudien unter Anwendung der MAPPs-Peptidomik-Technologie zum Nachweis potenzieller MHCI- oder MHC-II-Epitope, wie sie von dendritischen Zellen (DC) präsentiert werden.Es bietet eine Qualitätskontrolle der Rohdaten, eine stichprobenübergreifende/donorübergreifende Normalisierung und eine Visualisierung der Ergebnisse im Heatmap-Stil (heatMAPPs). Der Kern von dataMAPPs ist eine generische R-Bibliothek, die über dedizierte Steuerskripte auf spezifische Projekte zugeschnitten werden kann und die auch eine reproduzierbare Neuberechnung von Ergebnissen ermöglicht.
Anweisungen zur Installation und Verwendung finden Sie in der README-Datei. Weitere Dokumentation wird im PDF-Format mitgeliefert.
dataMAPPs wird unter der GPL-Lizenz von einem Team von Wissenschaftlern veröffentlicht, die für die Hoffmann-La Roche AG in Basel, Schweiz, arbeiten. Die Software wird unverändert zur Verfügung gestellt, um hoffentlich anderen Forschern zu helfen.
Veröffentlichung in Vorbereitung:
Steiner et al., „Enabling Routine MHC-II Associated Peptide ProteomicS (MAPPs) für die Risikobewertung der arzneimittelinduzierten Immunogenität“
Eigenschaften
- Import von Peptidomics-Daten (PEAKS-Ausgabe, kann aber erweitert werden)
- umfangreiche Daten-QC und Probenausschluss durch benutzerdefinierbare Cutoffs
- dediziertes zweistufiges Normalisierungsverfahren für MAPPs-Daten
- Mapping von Peptiden auf Zielantikörper/-protein
- Clustering von Peptidkartierungspositionen in Hotspot-Epitopregionen
- Visualisierung der Mapping-Ergebnisse als Heatmaps
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal
Programmiersprache
S / R
Datenbankumgebung
Flachdatei
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/datamapps/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
