Dies ist die Linux-App namens FishingCNV, deren neueste Version als FishingCNV_1.5.3.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens FishingCNV mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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FishingCNV
BESCHREIBUNG
FishingCNV, ein an der McGill University entwickeltes Softwaretool, ist ein Tool zur umfassenden Analyse seltener Variationen der Kopienzahl in Hochdurchsatz-Exomsequenzierungsdaten. Die Eingaben sind Standard-Coverage-Dateien, die vom Genome Analysis ToolKit (GATK) erstellt wurden, und die Ausgabe ist eine Datei, die mutmaßliche CNVs enthält.
Das Programm gibt es in 2 verschiedenen Versionen
* GUI-Version (FishingCNV_X.XXzip)
* Befehlszeilenversion (FishingCNV_X.X_pipeline)
Durchsuchen Sie unsere Dateien, um die verschiedenen Versionen zu finden.
Eigenschaften
- Grafische Benutzeroberfläche
- CNV-Analyse für passenden Test/Kontrolle (z. B. Krebs/Tumor)
- CNV-Analyse für nicht übereinstimmende Proben
- Batch-Effekt-Entfernung innerhalb des Kontrollsatzes
- Die tabulatorgetrennte Ausgabe kann in Excel angezeigt werden
- Zusätzliche Ausgabedateien können in IGV visualisiert werden
- Verteilungsdiagramme und Ausreißerdiagramme für jedes Chromosom
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Bildung
Benutzeroberfläche
Java-Schaukel
Programmiersprache
Java, S/R
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/fishingcnv/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
