Dies ist die Linux-App namens HMCan, deren neueste Version als HMCan.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens HMCan mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
HMCan
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BESCHREIBUNG
HMCan ist ein auf dem Hidden-Markov-Modell basierendes Tool, das entwickelt wurde, um Histonmodifikationen in Krebs-ChIP-seq-Daten zu erkennen. Es wendet drei Korrekturschritte auf die Daten an: Kopienzahlkorrektur, GC-Bias-Korrektur und Rauschpegelkorrektur.
Um HMCan auszuführen, benötigt man eine ChIP-seq-Zielausrichtungsdatei und eine Kontrollausrichtungsdatei. Es sind auch einige Konfigurationen erforderlich. Weitere Informationen finden Sie in der README-Datei.
Autor: Haitham Ashoor
Kontakt: Valentina Boeva Institut Curie
Haitham Ashoor King Abdullah Universität für Wissenschaft und Technologie.
Programmiersprache
C + +
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/hmcan/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
