Dies ist die Linux-App namens MarDRe, deren neueste Version als MarDRe-v1.4.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens MarDRe mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
MarDRe
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BESCHREIBUNG
MarDRe ist ein de novo MapReduce-basiertes paralleles Tool zum Entfernen doppelter und nahezu doppelter DNA-Reads durch das Clustern von Single-End- und Paired-End-Sequenzen aus FASTQ/FASTA-Datensätzen. Dieses Tool ermöglicht es der Bioinformatik, die Analyse nicht erforderlicher Lesevorgänge zu vermeiden, wodurch die Zeit für nachfolgende Verfahren mit dem Datensatz verkürzt wird.
MarDRe ist das Big-Data-Gegenstück von ParDRe (Link oben), das HPC-Technologien (dh hybrides MPI/Multithreading) einsetzt, um die Laufzeit auf Multicore-Systemen zu reduzieren. Stattdessen nutzt MarDRe das MapReduce-Programmiermodell, um die ParDRe-Leistung auf verteilten Systemen, insbesondere in Cloud-basierten Infrastrukturen, deutlich zu verbessern. MarDRe wurde in reinem Java geschrieben, um die plattformübergreifende Kompatibilität zu maximieren, und basiert auf dem Open-Source-Projekt Apache Hadoop, dem beliebtesten verteilten Computing-Framework für die Verarbeitung von Big Data.
Publikum
Informationstechnologie, Gesundheitswirtschaft, Wissenschaft/Forschung
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal, Befehlszeile
Programmiersprache
Javac
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/mardre/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
