Dies ist die Windows-App namens BLAST Ring Image Generator, deren neueste Version als BRIG-0.95-dist.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens BLAST Ring Image Generator mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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BLAST Ring-Bildgenerator
BESCHREIBUNG
BRIG ist eine plattformübergreifende (Windows/Mac/Unix) Anwendung, die zirkuläre Vergleiche zwischen einer großen Anzahl von Genomen anzeigen kann, wobei der Schwerpunkt auf der Verarbeitung von Genom-Assembly-Daten liegt.Bitte zitieren Sie das BRIG-Papier, wenn BRIG zur Generierung von Zahlen für Veröffentlichungen verwendet wird: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome Comparisons, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Eigenschaften
- Bilder zeigen Ähnlichkeit zwischen einer zentralen Referenzsequenz und anderen Sequenzen als konzentrische Ringe.
- BRIG führt alle BLAST-Vergleiche und Dateianalysen automatisch über eine einfache GUI durch.
- Contig-Grenzen und Read Coverage können für Draft-Genome angezeigt werden; benutzerdefinierte Grafiken und Anmerkungen können angezeigt werden.
- Unter Verwendung eines benutzerdefinierten Satzes von Genen als Eingabe kann BRIG das Vorhandensein, Fehlen, Verkürzen oder Sequenzvariieren von Genen in einem Satz vollständiger Genome, Entwurfsgenome oder sogar roher, unassemblierter Sequenzdaten anzeigen.
- BRIG akzeptiert auch SAM-formatierte Read-Mapping-Dateien, die es ermöglichen, genomische Regionen, die in unassemblierten Sequenzdaten aus mehreren Proben vorhanden sind, gleichzeitig zu vergleichen
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/brig/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
