Dies ist die Windows-App namens FUNseq, deren neueste Version als ProcessStack2D.exe heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens FUNseq with OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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FUNseq
BESCHREIBUNG
Diese Seite zeigt das Zellsegmentierungs-/Verfolgungsprogramm für die FUNseq-Pipeline.
Die Identifizierung einer spärlichen Untergruppe von Krebszellen aus einer großen heterogenen Population auf der Grundlage aggressiver Phänotypen (wie invasive Migration, multipolare Teilungen oder asymmetrische Linienentwicklung) ist eine Herausforderung. Außerdem ist die Identifizierung einer solchen Aberration kritisch, da Zellen, die diese Eigenschaften aufweisen, linear mit einer schlechten Prognose korreliert sind. In unserer Gruppe wurde ein Hochdurchsatz-Screening-Mikroskop entwickelt, um diese spärlichen, abnormalen Krebszellen zu erfassen. Ein Programm zur genauen und schnellen Identifizierung dieser interessierenden Zellen ist unerlässlich. Dafür haben wir das mTGMM-Programm entwickelt, das Zellen von Hochdurchsatzbildern verfolgt und die aggressiven Phänotypen bestimmt.
Eigenschaften
- Bildvorverarbeitung: Wir bieten Methoden zur Anpassung der Qualität für Bilder mit heterogenem Fluoreszenzintensitätsprofil zwischen Zellen
- Parallele Kernsegmentierung: Wir verwendeten eine agglomerative Wasserscheide für die Zellsegmentierung
- Tracking mit Gauß-Modellen: Das Intensitätsprofil eines Kerns wird als 2D-Gauß-Verteilung modelliert. Die Kernverfolgung erfolgt durch Weiterleitung jeder Gauß'schen Funktion vom Zeitpunkt t bis (t + 1) unter Verwendung der Bayes'schen Inferenz, mit dem a priori Wissen, dass sich die Position, Form und Gesamtintensität der Kerne zwischen zwei aufeinanderfolgenden Zeitpunkten nicht dramatisch ändern kann.
- Merkmalsextraktion: Dies ist die Nachanalyse, bei der wir eine Merkmalstabelle mit Aufzeichnungen über Zellmigration, Teilung und intrazelluläre Intensität erstellen.
- Datenvisualisierung: Wir bieten Optionen zur Visualisierung der Zellmasken, Migrationsbahnen, Zellteilungen und Morphologieerkennungen.
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/funseq/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, damit es auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt werden kann.
