Dies ist die Windows-App mit dem Namen MANTI.pl / muda.pl, die unter Windows online über Linux online ausgeführt werden kann. Die neueste Version kann als muda.pl-v3.6.zip heruntergeladen werden. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App mit dem Namen MANTI.pl / muda.pl herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Windows online über Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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MANTI.pl / muda.pl läuft unter Windows online über Linux online
BESCHREIBUNG
-------- ACHTUNG START: UMBENENNUNGmuda.pl wurde mit v3.7 in MANTI.pl umbenannt, die Projektentwicklung kann auf der MANTI-Projektseite verfolgt werden sourceforge.de. Alte Versionen bleiben zu Archivierungszwecken hier.
-------- ACHTUNG ENDE
muda.pl ist ein Evaluierungsskript (geschrieben in Perl) ohne große Abhängigkeiten.
Es fasst Informationen aus vier verschiedenen MaxQuant-Ausgabedateien in einer Masterdatei zusammen, die explizit für Protein-Neo-Termini-Analysen geeignet ist. Der zentrale Anker für die Datenzusammenstellung ist die Datei „modificationSpecificPeptides.txt“ – zusätzliche Daten werden aus verschiedenen anderen Quelldateien aus dem MaxQuant-txt-Ordner abgeleitet, aber der Ausgangspunkt für die Datenzusammenstellung ist ausschließlich die Datei „modificationSpecificPeptides.txt“. Vielleicht auch für normale Proteomics-Zwecke nützlich, aber dieses Skript ist stark für die Identifizierung und Validierung von Protein-Neo-Termini optimiert.
Für eine ausführlichere Erläuterung der Skriptparameter und der Auswertungsstrategie konsultieren Sie bitte das ausführliche Handbuch-PDF.
Eigenschaften
- MaxQuant-Datenauswertung
- Identifizierung und Validierung von Protein-Termini
- UniProt-Datenanmerkung und -Assemblierung
- Neuzuordnung identifizierter Termini zu Isoformen
- Limma-, LOCALIZER- und TopFINDER-Integration
- Gut dokumentiert
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Perl
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/muda/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
