Este es el comando bp_fetchp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_fetch.pl: recupera secuencias de bases de datos indexadas de bioperl
SINOPSIS
bp_fetch.pl suizo: ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net :: genbank: JX295726
bp_fetch.pl net :: genpept: ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace :: myserver.somewhere.edu, 21000: X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG suizo: ROA1_HUMAN
DESCRIPCIÓN
Obtiene secuencias utilizando los sistemas de acceso a la base de datos en Bioperl. El uso más común de esto es
para bp_fetch secuencias de índices bioperl construidos usando bpindex.pl, o para buscar secuencias
del sitio web del NCBI
El formato para recuperar secuencias es deliberadamente como el formato GCG / EMBOSS como el
siguientes:
db: nombre
con el potencial de poner en un tipo de base de datos 'meta', siendo
meta :: db: nombre
La metainformación puede ser de tres tipos
local: base de datos local de archivos planos indexados
net - base de datos basada en http: en red
ace - base de datos ACeDB
Esta información tiene como valor predeterminado 'local' para los nombres de bases de datos sin información de metadb
OPCIONES
-fmt - Formato de salida
Fasta (predeterminado), EMBL, Raw, swiss o GCG
-acc - la cadena es un número de acceso, no un
ID.
opciones solo para uso experto
-dir - directorio para encontrar los archivos de índice
(anula la variable del entorno BIOPERL_INDEX)
-escribe - tipo de archivo DBM para abrir
(anula la variable de entorno BIOPERL_INDEX_TYPE)
MEDIO AMBIENTE
bp_index y bp_fetch coordinan donde se encuentran las bases de datos usando la variable de entorno
BIOPERL_INDEX. Esto se puede anular usando la opción -dir. El tipo de índice (SDBM o
DB_File u otro archivo de índice) está controlado por la variable BIOPERL_INDEX_TYPE. Esta
por defecto es SDBM_File
USO IT TÚ MISMO
bp_fetch es un envoltorio de los módulos bioperl que admiten Bio :: DB :: BioSeqI
interfaz abstracta. Éstos incluyen:
Código de autor
James Gilbert - indexador Fasta, indexador abstracto
Aaron Mackay: acceso a GenBank y GenPept DB
Ewan Birney - indexador EMBL .dat
Mucha gente - código SeqIO
Estos módulos se pueden usar directamente, lo cual es mucho mejor que usar este script como sistema.
llamada o una tubería para leer. Lea el código fuente de bp_fetch para ver cómo se usa.
EXTENSIÓN IT
bp_fetch utiliza varios módulos diferentes para proporcionar acceso a las bases de datos. Cualquier módulo
que se suscribe a la interfaz Bio :: DB :: BioSeqI se puede utilizar aquí. Para lima plana
indexadores, esto se hace mejor extendiendo Bio :: Index :: Abstract, como se hace en
Bio :: Index :: EMBL y Bio :: Index :: Fasta. Para acceder a otras bases de datos, necesitará
lanza tu propia interfaz.
Para nuevos formatos de salida, debe agregar un nuevo módulo SeqIO. Lo mas facil es mirar
en Bio :: SeqIO :: Fasta y descubre cómo hackearlo para tu propio formato (llámalo de alguna manera
diferente obviamente).
REALIMENTACIÓN
Correo Listas
Los comentarios de los usuarios son una parte integral de la evolución de este y otros módulos de Bioperl. Enviar
sus comentarios y sugerencias preferiblemente a la lista de correo de Bioperl. Tu participación
es muy apreciado
[email protected] - Discusión General
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Sobre las listas de correo
Informes Errores
Informe los errores al sistema de seguimiento de errores de Bioperl para ayudarnos a realizar un seguimiento de los errores y sus
resolución. Los informes de errores se pueden enviar a través de la web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Use bp_fetchp en línea usando los servicios de onworks.net
