Este es el comando gmx-enemat que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-enemat - Extrae una matriz energética de un archivo de energía
SINOPSIS
enemat gmx [-f [<.edr>]] [-grupos [<.dat>]] [-eref [<.dat>]]
[-emat [<.xpm>]] [-etot [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [- [no] suma]
[-saltar ] [-[sin modo] [-niveles ] [-máx ]
[- mín. ] [- [no] coulsr] [- [no] coullr] [- [no] coul14]
[- [no] ljsr] [- [no] ljlr] [- [no] lj14] [- [no] bhamsr]
[- [no] bhamlr] [-[no libre] [-temperatura ]
DESCRIPCIÓN
GMX enema extrae una matriz energética del archivo de energía (-f). Con -grupos un archivo debe
Se suministrará en cada línea un grupo de átomos que se utilizarán. Para estos grupos matriz de
Las energías de interacción se extraerán del archivo de energía buscando grupos de energía.
con nombres correspondientes a pares de grupos de átomos, por ejemplo, si su -grupos el archivo contiene:
2
Proteínas
SOL
entonces se esperan grupos de energía con nombres como 'Coul-SR: Protein-SOL' y 'LJ: Protein-SOL'
en el archivo de energía (aunque GMX enema es más útil si se analizan muchos grupos
simultaneamente). Las matrices para diferentes tipos de energía se escriben por separado, como
controlado por el - [no] podría, - [no] coulr, - [no] coul14, - [no] lj, - [no] lj14, - [no] bham y
-[no libre opciones. Finalmente, la energía de interacción total de energía por grupo puede ser
calculado-etot).
Se puede calcular una aproximación de la energía libre usando: E_free = E_0 + kT
Iniciar sesión( ), donde '<>' representa el tiempo promedio. Un archivo con referencia gratis
Se pueden suministrar energías para calcular la diferencia de energía libre con alguna referencia.
estado. Los nombres de grupo (por ejemplo, nombres de residuos) en el archivo de referencia deben corresponder a la
nombres de grupo como se utilizan en el -grupos archivo, pero un número añadido (por ejemplo, número de residuo) en
los -grupos se ignorará en la comparación.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.edr>] (ener.edr) (Opcional)
Archivo de energía
-grupos [<.dat>] (grupos.dat)
Archivo de datos genéricos
-eref [<.dat>] (eref.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
Opciones para especificar archivos de salida:
-emat [<.xpm>] (emat.xpm)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-etot [<.xvg>] (energía.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] suma (no)
Sume los términos de energía seleccionados en lugar de mostrarlos todos
-saltar (0)
Omitir el número de fotogramas entre puntos de datos
-[sin modo (si)
con -grupos extrae la matriz de energías medias en lugar de la matriz para cada paso de tiempo
-niveles (20)
número de niveles para colores de matriz
-máx (1e + 20)
valor máximo de energías
- mín. (-1e + 20)
valor mínimo de energías
- [no] coulsr (si)
extraer energías Coulomb SR
- [no] coullr (no)
extraer energías de Coulomb LR
- [no] coul14 (no)
extraer las energías de Coulomb 1-4
- [no] ljsr (si)
extraer energías de Lennard-Jones SR
- [no] ljlr (no)
extraer energías de Lennard-Jones LR
- [no] lj14 (no)
extraer energías de Lennard-Jones 1-4
- [no] bhamsr (no)
extraer energías de Buckingham SR
- [no] bhamlr (no)
extraer energías de Buckingham LR
-[no libre (si)
calcular la energía libre
-temperatura (300)
temperatura de referencia para el cálculo de energía libre
Utilice gmx-enemat en línea utilizando los servicios de onworks.net
