Este es el comando gmx-rdf que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-rdf - Calcular funciones de distribución radial
SINOPSIS
gmx rdf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [tu ] [-xvg ] [- [no] rmpbc]
[- [no] pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-seltipo ]
[-compartimiento ] [- [no] norma] [- [no] xy] [- [no] excl] [-cortar ]
[-rmax ] [-navegar ] [-árbitro ]
[-sal ]
DESCRIPCIÓN
GMX rdf calcula funciones de distribución radial a partir de un conjunto de referencia de posición (conjunto
con -árbitro) a uno o más conjuntos de posiciones (establecido con -sal). Para calcular el RDF con
respecto a la posición más cercana en un set en -árbitro en su lugar, usa -navegar: si está configurado, entonces -árbitro is
dividido en conjuntos basados en el valor de -navegar, y la posición más cercana en cada conjunto es
usó. Para calcular el RDF alrededor de ejes paralelos al z-eje, es decir, solo en el x-y avión,
use -xy.
Para establecer el ancho del contenedor y la distancia máxima para usar en el RDF, use -compartimiento y -rmax,
respectivamente. Este último se puede utilizar para limitar el costo computacional si el RDF no es de
interés hasta el valor predeterminado (la mitad del tamaño de la caja con PBC, tres veces el tamaño de la caja
sin PBC).
Para usar exclusiones de la topología (-s), colocar -excluido y asegúrate de que ambos -árbitro y -sal
sólo seleccione átomos. Una alternativa más tosca para excluir los picos intramoleculares es establecer -cortar
a un valor distinto de cero para borrar el RDF a distancias pequeñas.
Los RDF están normalizados por 1) número promedio de posiciones en -árbitro (el número de grupos
con -navegar), 2) el volumen del contenedor y 3) la densidad media de partículas de -sal posiciones para
esa selección. Para usar solo el primer factor para la normalización, establezca -monormal. En este caso,
el RDF solo se escala con el ancho del contenedor para hacer que la integral de la curva represente el
número de pares dentro de un rango. Tenga en cuenta que las exclusiones no afectan la normalización: incluso
if -excluido está configurado, o -árbitro y -sal contienen la misma selección, el factor de normalización es
todavía N * M, no N * (M-excluido).
Para -navegar, la selección proporcionada a -árbitro debe seleccionar átomos, es decir, los centros de masa no son
soportado. Más lejos, -monormal está implícito, ya que los contenedores tienen formas irregulares y el volumen
de un contenedor no es fácilmente computable.
Opción -cn produce el número acumulativo RDF, es decir, el número medio de partículas dentro
una distancia r.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trayectoria de entrada o configuración única: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura de entrada: tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Grupos de índice adicionales
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
RDF calculados
-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (Opcional)
RDF acumulativos
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Solo use el marco si t MOD dt == primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmggracia)
Formato de trazado: ninguno, xmgrace, xmgr
- [no] rmpbc (si)
Completa las moléculas para cada cuadro.
- [no] pbc (si)
Utilice condiciones de contorno periódicas para el cálculo de la distancia
-sf
Proporcionar selecciones de archivos
-selrpos (átomo)
Posiciones de referencia de selección: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, Part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-seltipo (átomo)
Posiciones de salida de selección predeterminadas: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, Part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-compartimiento (0.002)
Ancho del contenedor (nm)
- [no] norma (si)
Normalizar para el volumen y la densidad del contenedor
- [no] xy (no)
Utilice solo los componentes xey de la distancia
- [no] excl (no)
Usar exclusiones de topología
-cortar (0)
Distancia más corta (nm) a considerar
-rmax (0)
Mayor distancia (nm) para calcular
-navegar (no)
RDF con respecto a la superficie de la referencia: no, mol, res
-árbitro
Selección de referencia para el cálculo RDF
-sal
Selecciones para calcular RDF a partir de la referencia
Use gmx-rdf en línea usando los servicios de onworks.net
