Este es el comando gmx-rms que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-rms: calcule RMSD con una estructura de referencia y matrices RMSD
SINOPSIS
gmx rms [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-f2 [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-mir [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-distrito [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-compartimiento [<.dat>]] [-bm [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [tu ] [-[ahora] [-xvg ]
[-qué ] [- [no] pbc] [-encajar ] [-anterior ]
[- [no] dividir] [-saltar ] [-saltar2 ] [-máx ]
[- mín. ] [-bmax ] [-bmin ] [- [no] mw]
[-niveles ] [-ng ]
DESCRIPCIÓN
GMX rms compara dos estructuras calculando la desviación cuadrática media (RMSD), la
parámetro de similitud rho independiente del tamaño (Rho) o el rho escalado (rosco), ver Maiorov y
Crippen, Proteínas 22273 (1995). Esto es seleccionado por -qué.
Cada estructura de una trayectoria (-f) se compara con una estructura de referencia. La referencia
La estructura se toma del archivo de estructura (-s).
Con la opción -mir También se hace una comparación con la imagen especular de la estructura de referencia.
calculado. Esto es útil como referencia para valores 'significativos', ver Maiorov &
Crippen, Proteínas 22, 273 (1995).
Opción -anterior produce la comparación con un fotograma anterior el número especificado de fotogramas
atrás.
Opción -m produce una matriz en .xpm formato de los valores de comparación de cada estructura en el
trayectoria con respecto a la otra estructura. Este archivo se puede visualizar con
ejemplo xv y se puede convertir a posdata con GMX xpm2ps.
Opción -encajar controla el ajuste por mínimos cuadrados de las estructuras una encima de la otra:
ajuste completo (rotación y traslación), traslación solamente o ningún ajuste.
Opción -mw controla si se realiza o no la ponderación de masas. Si selecciona la opción
(predeterminado) y proporcione un .tpr las masas de archivos se tomarán de allí, de lo contrario, la
las masas se deducirán de la masa atomica.dat archivo en GMXLIB. Esto está bien para las proteínas,
pero no necesariamente para otras moléculas. Se asigna una masa predeterminada de 12.011 amu (carbono)
a átomos desconocidos. Puede comprobar si esto sucedió encendiendo el -depurar bandera y
inspeccionando el archivo de registro.
Con -f2, las 'otras estructuras' se toman de una segunda trayectoria, esto genera una
matriz de comparación de una trayectoria frente a la otra.
Opción -compartimiento realiza un volcado binario de la matriz de comparación.
Opción -bm produce una matriz de desviaciones promedio del ángulo de enlace análogamente a la -m
opción. Solo se consideran los enlaces entre átomos del grupo de comparación.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-f2 [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-mir [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-a [<.xvg>] (promedio.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-distrito [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-compartimiento [<.dat>] (rmsd.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
-bm [<.xpm>] (enlace.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-qué (rmsd)
Medida de diferencia estructural: rmsd, rho, rhosc
- [no] pbc (si)
Verificación de PBC
-encajar (putrefacción + trans)
Ajustar a la estructura de referencia: rot + trans, traducción, ninguno
-anterior (0)
Comparar con el cuadro anterior
- [no] dividir (no)
Gráfico dividido donde el tiempo es cero
-saltar (1)
Solo escriba cada nr-ésimo fotograma en la matriz
-saltar2 (1)
Solo escriba cada nr-ésimo fotograma en la matriz
-máx (-1)
Nivel máximo en matriz de comparación
- mín. (-1)
Nivel mínimo en matriz de comparación
-bmax (-1)
Nivel máximo en la matriz de ángulos de enlace
-bmin (-1)
Nivel mínimo en la matriz de ángulos de enlace
- [no] mw (si)
Utilice la ponderación de masa para la superposición
-niveles (80)
Número de niveles en las matrices
-ng (1)
Número de grupos para calcular RMS entre
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