hmmemit: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

hmmemit: secuencias de muestra de un perfil HMM

SINOPSIS

hmmmmit [opciones] archivo hmm

DESCRIPCIÓN

El hmmmmit el programa muestra (emite) secuencias del perfil HMM (s) en archivo hmmy
los escribe en la salida. Las secuencias de muestreo pueden ser útiles para una variedad de propósitos,
incluida la creación de verdaderos positivos sintéticos para evaluaciones comparativas o pruebas.

El valor predeterminado es muestrear una secuencia no alineada del modelo de probabilidad central, que
significa que cada secuencia consta de un dominio de longitud completa. Alternativamente, con el -c
opción, puede emitir una secuencia de consenso de regla de mayoría simple; o con el -a opción, tu
puede emitir una alineación (en cuyo caso, probablemente también desee establecer -N a otra cosa
que su valor predeterminado de 1 secuencia por modelo).

Como otra opción, con el -p opción, puede muestrear una secuencia de una
Perfil de búsqueda HMMER. Esto significa muestrear una "secuencia homóloga" según la definición de HMMER,
incluyendo secuencias flanqueantes no homólogas, alineaciones locales y dominios múltiples por
secuencia, según el modelo de longitud y el modo de alineación elegido para el perfil.

El archivo hmm puede contener una biblioteca de HMM, en cuyo caso se utilizará cada HMM por turno.

puede ser '-' (guión), lo que significa leer esta entrada de stdin en lugar de un archivo.

COMÚN OPCIONES

-h Ayudar; imprima un breve recordatorio del uso de la línea de comandos y todas las opciones disponibles.

-o Dirigir las secuencias de salida al archivo , en lugar de stdout.

-N Muestra secuencias por modelo, en lugar de solo una.

OPCIONES CONTROLADOR LO QUE HACEMOS A EMITIR

El valor predeterminado es muestrear N secuencias del modelo central. Alternativamente, puede elegir
una (y solo una) de las siguientes alternativas.

-a Emitir una alineación para cada HMM en el archivo hmm en lugar de muestrear no alineado
secuencias una a la vez.

-c Emitir una secuencia de consenso de reglas de pluralidad, en lugar de muestrear una secuencia de la
perfile la distribución de probabilidad de HMM. La secuencia de consenso está formada por
seleccionando el residuo de máxima probabilidad en cada estado de coincidencia.

-C Emitir una secuencia de consenso de reglas de pluralidad más elegante que la -c opción. Si el máximo
residuo de probabilidad tiene p mínimo muéstrelo como un residuo minúsculo 'cualquier' (no x); si
p> = mínimo y minu muéstrelo como un residuo en minúscula; y si p> = minu muéstralo como
un residuo de mayúsculas. La configuración predeterminada de minu y mínimo son ambos 0.0, que
significa -C da el mismo resultado que -c a menos que también establezcas minu y mínimo a lo que tu
querer.

-p Muestra secuencias no alineadas del perfil de búsqueda implícita, no del núcleo
modelo. El modelo central consta solo de los estados homólogos (entre el comienzo
y estados finales de un modelo HMMER Plan7). El perfil incluye la N no homóloga,
Estados C y J, configuración de algoritmo local / glocal y uni / multihit, y
modelo de longitud objetivo. Por lo tanto, las secuencias muestreadas de un perfil pueden incluir
secuencias homólogas y no homólogas, y puede contener más de una
segmento de secuencia homóloga. De forma predeterminada, el perfil está en modo local de múltiples accesos y
la longitud de la secuencia de destino está configurada para L = 400.

OPCIONES CONTROLADOR EDICIÓN DESDE PERFILES

Estas opciones requieren que haya configurado -p .

-L Configure el modelo de longitud de secuencia objetivo del perfil para generar una longitud media de
aproximadamente en lugar del valor predeterminado de 400.

--local
Configure el perfil para alineación local multihit.

--unilocal
Configure el perfil para una alineación local única (Smith / Waterman).

--glocal
Configure el perfil para alineación glocal multihit.

--unilocal
Configure el perfil para una alineación glocal única.

OPCIONES CONTROLADOR LUJOSO CONSENSO EDICIÓN

Estas opciones requieren que haya configurado -C opción.

--min
Establece el mínimo umbral para mostrar residuos débilmente conservados en minúsculas. (0 <=
x <= 1)

--minuto
Establece el minu umbral para mostrar residuos fuertemente conservados en mayúsculas. (0
<= x <= 1)

OTROS OPCIONES

--semilla
Siembra el generador de números aleatorios con , un número entero> = 0. Si es distinto de cero, cualquiera
las simulaciones estocásticas serán reproducibles; el mismo comando dará lo mismo
resultados. Si es 0, el generador de números aleatorios se siembra arbitrariamente y
Las simulaciones estocásticas variarán de una ejecución a otra del mismo comando. El valor por defecto
es 0: usa una semilla arbitraria, tan diferente hmmmmit carreras generarán diferentes
muestras

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