Este es el comando hmmer que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
HMMER - perfiles HMM para análisis de secuencias biológicas
SINOPSIS
hmmalinear
Alinear secuencias a un perfil
hmmconstruir
Construir perfil (s) a partir de alineación (es) de secuencia múltiple
hmmconvertir
Convierta el archivo de perfil a varios formatos HMMER y no HMMER
hmmmmit
Secuencias de muestra de un perfil
hmm buscar
Recuperar perfil HMM (s) de un archivo
hmpgmd
Daemon utilizado para el servidor web hmmer.org, para búsquedas similares a phmmer, hmmsearch y hmmscan
hmm prensa
Prepare una base de datos HMM para hmmscan
hmm escanear
Buscar secuencia (s) de proteínas en una base de datos de perfiles de proteínas
hmmbúsqueda
Buscar perfil (s) de proteínas en una base de datos de secuencias de proteínas
mmmsim
Recopile distribuciones de puntaje de perfil en secuencias aleatorias
hmmstat
Estadísticas de resumen para un archivo de perfil
jackhmmer
Búsqueda iterativa de una secuencia de proteínas frente a una base de datos de secuencias de proteínas
mmmmm
Buscar secuencia (s) de nucleótidos, alineación (es) o perfil (es) frente a una secuencia de nucleótidos
base de datos
nhmmscan
Buscar secuencia (s) de nucleótidos en una base de datos de perfiles de nucleótidos
phmmer
Buscar una (s) secuencia (s) de proteínas en una base de datos de secuencias de proteínas
DESCRIPCIÓN
HMMER es un conjunto de varios programas para la alineación de secuencias biológicas y la base de datos
búsqueda de homología. Utiliza modelos probabilísticos llamados "modelos de perfil de Markov ocultos".
(perfil HMM) para representar los probables homólogos evolutivos de una sola secuencia o un
alineación múltiple de una familia de secuencias. Una de las principales vías de investigación es mejorar la
modelos predictivos evolutivos en HMMER para poder reconocer y alinear con precisión
homólogos cada vez más remotos, distantes en el tiempo.
HMMER también se utiliza como herramienta organizativa, para agrupar el número cada vez mayor de
secuencias biológicas en un conjunto mucho más pequeño de familias de secuencias bien anotadas. Nuevo
Las secuencias se pueden anotar por comparación con las bases de datos de familias de secuencias seleccionadas de
Perfiles HMMER prediseñados, además o en lugar de la comparación con toda la secuencia.
base de datos. Bases de datos como Pfam, SMART y TIGRfams, entre otras, se basan en este
principio.
HMMER se utiliza en tres modos principales: para buscar en una base de datos de secuencias nuevos homólogos de un
secuencia o una familia de secuencias; para buscar una base de datos de perfiles (como Pfam) para encontrar lo que se conoce
familia a la que pertenece una secuencia de consulta, o qué dominios tiene; y construir automáticamente
grandes alineaciones múltiples (es decir, con un número efectivamente ilimitado de secuencias) utilizando un
perfil representativo de una familia de secuencias.
Suponga que tiene una alineación de secuencia múltiple de una familia de secuencias de interés, y
desea buscar homólogos adicionales en una base de datos de secuencias. los hmmconstruir programa se construye
perfil (s) de múltiples alineaciones. los hmmbúsqueda El programa busca el (los) perfil (s) de proteínas
contra una base de datos de secuencias de proteínas, y mmmmm busca el (los) perfil (s) de nucleótidos contra un
base de datos de secuencias de nucleótidos.
Suponga que tiene una sola secuencia de interés y desea buscar en una base de datos de secuencias
para homólogos adicionales. los phmmer El programa busca una sola secuencia de proteína contra un
base de datos de secuencias de proteínas. los jackhmmer programa hace lo mismo pero iterativamente -
Los homólogos detectados en una ronda anterior se incorporan a un nuevo perfil, y el nuevo
El perfil se busca de nuevo. phmmer se usa como BLASTP, y jackhmmer se usa como un
proteína PSI-BLAST. los mmmmm El programa busca una sola secuencia de nucleótidos contra un
secuencia de nucleótidos.
Suponga que tiene secuencias que desea analizar utilizando un perfil basado en HMMER HMM
base de datos como Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). La hmm prensa el programa formatea un perfil HMM
flatfile (como el archivo que descargaría de Pfam) en una base de datos binaria HMMER.
El hmm escanear El programa busca secuencias de proteínas en esa base de datos. los nhmmscan
El programa puede buscar de manera similar secuencia (s) de nucleótidos contra una base de datos presionada de
perfiles de nucleótidos, como los de Dfam (http://dfam.janelia.org).
Suponga que desea alinear muchas secuencias. Puede construir un pequeño y manejable
alineación de un conjunto representativo de secuencias, construir un perfil con hmmconstruir, Y utilizar el
hmmalinear programa para alinear cualquier número de secuencias a ese perfil.
HMMER también incluye algunas herramientas auxiliares para trabajar con bases de datos de grandes perfiles.
hmm buscar obtiene uno o más perfiles de una base de datos. hmmstat imprime estadísticas resumidas
acerca de un archivo de perfil.
Para compatibilidad con otro software de perfiles y versiones anteriores de HMMER, el
hmmconvertir El programa convierte perfiles a algunos otros formatos. Tenemos la intención de agregar más soporte
para otros formatos a lo largo del tiempo.
El hmmmmit El programa genera (simula) secuencias "homólogas" tomando muestras de un
perfil. También puede generar una secuencia de "consenso".
El mmmsim El programa es un simulador que se utiliza para recopilar estadísticas sobre distribuciones de puntuación.
en secuencias aleatorias.
Cada programa tiene su propia página de manual.
Utilice hmmer en línea utilizando los servicios de onworks.net
