psi3: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

psi3 - controlador de ejecución maestro para los programas PSI

DESCRIPCIÓN

El programa psi3 lee su plataforma de entrada, determina qué tipo de cálculo está intentando
realizar y ejecuta los programas adecuados. psi3 lee el archivo
/usr/local/psi3/share/psi.dat de forma predeterminada. Este archivo contiene macros para algunos estándares
cálculos. Psi es muy flexible, sin embargo, y cualquier cosa en el archivo psi.dat puede ser
anulado por el usuario. Por lo tanto, todo lo que se escribe a continuación debe tomarse con un grano de
sal. La experimentación es la mejor manera de aprender psi3 comando, y nada que sea
escrito aquí debe tomarse como un evangelio. Un buen lugar para buscar la sintaxis es psi.dat
expediente. Con suerte, esta página de manual y el archivo psi.dat deberían decirle todo lo que necesita saber
para comenzar.

LÍNEA DE COMANDO OPCIONES

Están disponibles los siguientes argumentos de la línea de comandos:

-i or -f
Esta bandera se utiliza para especificar el nombre del archivo de entrada, p. Ej. psi3 -i h2o.en donde h2o.en
es el nombre del archivo de entrada. Por defecto, psi3 y los módulos PSI que llama se verán
for entrada.dat .

-o Esta bandera se utiliza para especificar el nombre del archivo de salida, p. Ej. psi3 -o h2o.fuera donde
h2o.en es el nombre del archivo de salida. Por defecto, psi3 y módulos PSI que llama
buscará salida.dat .

-p Esta bandera se utiliza para especificar el prefijo del archivo PSI, p. Ej. psi3 -p h2o.dzp donde
h2o.dzp es el prefijo que se utilizará para todos los archivos PSI. Por defecto, psi3 y PSI
los módulos que llama usarán psi para el prefijo del archivo. Por lo tanto, el archivo de punto de control
se llama por defecto psi.32 .

--sin entrada or -n
Esto dice psi3 conductor para no correr Las opciones de entrada programa. Esta bandera es útil para la creación de scripts
y depuración.

--cheque or -c
Esto dice psi3 controlador para comprobar la entrada e imprimir la lista de programas que
sería ejecutado. Equivalente a la configuración COMPROBAR = VERDADERO en el archivo de entrada.

--desordenado or -m
Esto dice psi3 controlador para no ejecutar el programa de limpieza psilimpio . Por lo general, la limpieza
El programa se invoca a través del $ hecho macro definida en psi.dat . Esta bandera es útil
para la creación de secuencias de comandos y la depuración.

ENTRADA FORMATO

El sistema psi3 El programa busca a través de la ruta de palabra clave predeterminada (primero PSI y luego DEFAULT)
para las siguientes palabras clave:

TIPO DE EMPLEO = cadena
Esto le dice al psi3 programa controlador qué tipo de cálculo desea ejecutar.
Las opciones aceptables son: SP (para un cálculo de energía de un solo punto), OPT (por un
optimización, ya sea mediante gradientes o energías), FREQ (para vibraciones armónicas
frecuencias), FC (para constantes de fuerza por diferencias finitas de coordenadas internas
), SYMM_FC (para constantes de fuerza por diferencias finitas de coordenadas internas,
solo modos simétricos), DISP (para una serie de puntos únicos en diferentes desplazados
geometrías), DBOC (para calcular la Corrección Diagonal de Born-Oppenheimer [DBOC] a
energía electrónica). El valor predeterminado es SP.

WFNMás = cadena
Este es el tipo de función de onda que se desea en última instancia. Al momento de escribir estas líneas,
Los valores aceptables para WFN son SCF, MP2, CCSD, CCSD_T, DETCI, CASSCF y RASSCF.
Tener WFN definido como cualquier otra cosa no es necesariamente malo, pero no espere psi3
para poder averiguar qué hacer. Si tiene una WFN no estándar, entonces
probablemente sea mejor proporcionar una sección EXEC (ver más abajo). No hay ningún valor predeterminado.

REFERENCIA = cadena
Esto especifica la función de onda de referencia deseada. Puede ser uno de FHD (para
Hartree-Fock con giro restringido de caparazón cerrado), ROHF (para una concha abierta con restricción de giro
Hartree-Fock), UHF (para un Hartree-Fock sin restricciones de giro de caparazón abierto), o DOSCON
(para un singlete de dos configuraciones). El valor predeterminado es FHD.

DERTIPO = cadena
Esto especifica el orden de la derivada que finalmente se realizará. El valor por defecto
is NINGUNO.

OPT = booleano
Establezca esto en verdadero si está realizando una optimización de geometría. El valor por defecto
Es falso. Nota: esta es una palabra clave antigua que ahora está obsoleta; ha sido reemplazado
según el TIPO DE EMPLEO palabra clave.

NOPT = entero
Esto da el número máximo de iteraciones si OPT es verdadero. El valor predeterminado es 1.

DISP = booleano
Establezca esto en verdadero si está realizando desplazamientos finitos. El valor por defecto
Es falso. Nota: esta es una palabra clave antigua que ahora está obsoleta; ha sido reemplazado
según el TIPO DE EMPLEO palabra clave.

NDISP = entero
Esto da el número máximo de desplazamientos si DISP es verdadero. El valor predeterminado es 1.

NCASITER = entero
Esto da el número máximo de iteraciones CASSCF si WFN = CASSCF. El valor predeterminado es
1.

CHEQUEAR = booleano
Si esto es cierto, entonces psi3 analizará su plataforma de entrada e imprimirá la secuencia
de comandos a ejecutar. El valor predeterminado es falso.

EJEC = cadena_vector
El vector EXEC contiene una lista de comandos que ejecutará psi3. Explícito
los comandos se pueden ingresar entre comillas dobles, o las variables preestablecidas se pueden ingresar usando
la convención $variable (ver ejemplos a continuación). Así que si quieres correr enteros at
en algún momento, podrías tener

psi: (
ejecutivo = (
...
"ints"
...
)
)

or

psi: (
ints = "ints"
ejecutivo = (
...
$ ints
...
)
)

en su entrada.

LOOP CONTROL

El control de bucle se maneja a través de los comandos incorporados "repetir" y "finalizar". La sintaxis es

repetir n [comandos a ejecutar] fin

donde n es el número de veces que se repite el ciclo. Una inspección del archivo psi.dat
mostrar que así es como se realizan las optimizaciones geométricas y los desplazamientos finitos; en
estos casos n se establece igual a NOPT o NDISP.

EJEMPLOS

Digamos que quiere hacer una optimización de geometría scf. Tu psi3 la entrada podría ser:

defecto: (
tipo de trabajo = optar
wfn = scf
dertype = primero
referencia = rhf
nopto = 5
...
)

What psi3 haría con esto es buscar en psi.dat o su entrada para una variable llamada
SCFCLOSEDFIRSTOPT (ves, psi catena los valores (aproximadamente) para WFN, REFERENCE,
DERTYPE y OPT / DISP, aproximadamente en ese orden (el caso no importa), y luego
ejecuta los comandos definidos en el vector SCFCLOSEDFIRSTOPT. ¿Entiendo?

Entonces, supongamos que desea ejecutar un programa "myscf" en lugar de cualquier scf psi3 piensa
deberías correr. Lo que harías es poner la línea

scf = "myscf"

en su entrada.

Bien, un último ejemplo, entonces estás solo. quiero correr apropiado después de derivar en mi
gradiente scf. Tendría varias formas de hacer esto.

1) fuerza bruta

defecto: (
ejecutivo = (
repetir 5
"cints"
"cscf"
$ deriv% esto se define en psi.dat como "cints --deriv1"
"oeprop"
$ geomupdate% esto se define en psi.dat
final
$ hecho
)
)

2) elegante

defecto: (
SCFFirst = ($ ints $ scf $ deriv $ oeprop)
)

3) oscuro

defecto: (
deriv = ("cints --deriv1" "oeprop")
)

Y hay otros. El único límite es tu propia imaginación torturada.

Como dije, la mejor manera de averiguar qué psi3 puede hacer es mirar en psi.dat y jugar
alrededor por un tiempo. La opción VERIFICAR es muy útil para esto. ¡Buena suerte!

25 agosto 2003 psi3(1)

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