Este es el comando subjunc que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
subjunc: un alineador de secuencia de ARN adecuado para todos los propósitos de análisis de secuencia de ARN
USO
subjuntivo [opciones] -i -r -o
Argumentos requeridos:
-i
Nombre base del índice.
-r
Nombre del archivo de entrada. Los formatos de entrada que incluyen gzip fastq, fastq y fasta pueden
ser detectado automáticamente. Si es de extremo emparejado, debería dar el nombre del archivo
incluidas las primeras lecturas.
Argumentos opcionales:
-o
Nombre del archivo de salida. De forma predeterminada, la salida está en formato BAM.
-n
Número de subreads seleccionados, 14 por defecto.
-m
Umbral de consenso para informar un impacto (número mínimo de subredes que se asignan en
consenso). Si es de extremo emparejado, da el umbral de consenso para la lectura del ancla.
1 por defecto
-M
Especifique el número máximo de bases que no coinciden permitidas en la alineación. 3 por
defecto. Las coincidencias encontradas en bases con clips suaves no se cuentan.
-T
Número de subprocesos de CPU utilizados, 1 de forma predeterminada.
-I
Longitud máxima (en pb) de indeles que se pueden detectar. 5 por defecto. El programa
puede detectar indeles de hasta 200 pb de largo.
-B
Número máximo de ubicaciones cartográficas igualmente óptimas que se informarán. 1 por defecto. Nota
que -u la opción tiene prioridad sobre -B.
-P <3:6>
Formato de las puntuaciones Phred utilizadas en los archivos de entrada, '3' para phred + 33 y '6' para phred + 64.
'3' por defecto.
-u Informar solo de lecturas asignadas de forma exclusiva. El número de bases que no coinciden se utiliza para romper el
atar.
-b Convierta las bases de lectura del espacio de color en bases de lectura del espacio base en la salida del mapeo. Nota
que el mapeo de lectura se realiza en el espacio de color.
- Entrada SAM
Las lecturas de entrada están en formato SAM.
--BAEntrada
Las lecturas de entrada están en formato BAM.
--Salida SAM
Guarde el resultado del mapeo en formato SAM.
--recortar5
Cortar número de bases desde el extremo 5 'de cada lectura. 0 por defecto.
--recortar3
Cortar número de bases desde el extremo 3 'de cada lectura. 0 por defecto.
--rg-id
Agregue el ID de grupo de lectura a la salida.
--rg
Agregar al encabezado del grupo de lectura (RG) en la salida.
--DPGapOpen Penalización por apertura de hueco en detección de indel corta. -1 by
predeterminada.
--DPGapExt
Penalización por extensión de espacio en detección de indel corta. 0 por defecto.
--DPMismatch Penalización por desajustes en la detección de indel corto. 0 por
predeterminada.
--DPCoincidencia
Puntaje de bases emparejadas en detección de indel corto. 2 por defecto.
--todas las uniones
Detectar uniones exón-exón (uniones canónicas y no canónicas) y
variantes estructurales en los datos de RNA-seq. Consulte la Guía del usuario para informar sobre
empalmes y fusiones.
--complejoIndels
Detecta múltiples indeles cortos que ocurren simultáneamente en una pequeña región genómica
(estos indeles pueden estar tan cerca como 1 pb de distancia).
-v Versión de salida del programa.
Argumentos opcionales para lecturas de extremo emparejado:
-R
Nombre del archivo, incluidas las segundas lecturas.
-p
Umbral de consenso para la lectura no ancla (recibir menos votos que el ancla
leer del mismo par). 1 por defecto.
-d
Longitud mínima de fragmento / inserción, 50 pb por defecto.
-D
Longitud máxima de fragmento / inserción, 600 pb por defecto.
-S
Orientación de la primera y segunda lectura, 'fr' por defecto (adelante / atrás).
Consulte el Manual del usuario para obtener una descripción detallada de los argumentos.
Utilice subjunc en línea utilizando los servicios de onworks.net
