Esta es la aplicación de Windows llamada BLAST Ring Image Generator cuya última versión se puede descargar como BRIG-0.95-dist.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada BLAST Ring Image Generator con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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Generador de imágenes de anillo BLAST
DESCRIPCIÓN
BRIG es una aplicación multiplataforma (Windows / Mac / Unix) que puede mostrar comparaciones circulares entre una gran cantidad de genomas, con un enfoque en el manejo de datos de ensamblaje del genoma.Cite el artículo BRIG si se utiliza BRIG para generar cifras para publicaciones: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): comparaciones simples del genoma procariota, BMC Genomics, 12: 402. PMID: 21824423
Caracteristicas
- Las imágenes muestran similitud entre una secuencia de referencia central y otras secuencias como anillos concéntricos.
- BRIG realizará todas las comparaciones BLAST y el análisis de archivos automáticamente a través de una sencilla GUI.
- Los límites de contig y la cobertura de lectura se pueden mostrar para los genomas en borrador; Se pueden mostrar gráficos y anotaciones personalizados.
- Utilizando un conjunto de genes definido por el usuario como entrada, BRIG puede mostrar la presencia, ausencia, truncamiento o variación de secuencia de un gen en un conjunto de genomas completos, genomas en borrador o incluso datos de secuencia sin ensamblar y sin procesar.
- BRIG también acepta archivos de mapeo de lectura con formato SAM que permiten que las regiones genómicas presentes en datos de secuencia sin ensamblar de múltiples muestras se comparen simultáneamente
Audiencia
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Java
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/brig/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
