این دستور cd-hit-2d-para است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
cd-hit-2d-para.pl - یک کار خوشه بندی بزرگ را به قطعات تقسیم کنید تا cd-hit-2d یا cd-hit- اجرا شود.
مشاغل est-2d
خلاصه
cd-hit-2d-para.pl گزینه های
شرح
این اسکریپت یک کار خوشه بندی بزرگ را به قطعات تقسیم می کند و کارها را به ریموت ارسال می کند
کامپیوترها روی یک شبکه برای موازی کردن آن. بعد از تمام شدن همه کارها،
اسکریپت نتایج خوشه بندی را ادغام می کند به گونه ای که گویی فقط یک cd-hit-2d یا اجرا می کنید
cd-hit-est-2d.
اگر رایانه شما این کار را انجام می دهد، می توانید از آن برای تقسیم کارهای بزرگ در یک رایانه نیز استفاده کنید
رم کافی (با -L گزینه).
مورد نیاز:
1 هنگامی که این اسکریپت را روی یک شبکه اجرا می کنید، دایرکتوری که در آن قرار دارید
اسکریپت ها را اجرا کنید و فایل های ورودی باید در همه هاست های راه دور موجود باشد
مسیر یکسان
2 اگر "ssh" را برای ارسال مشاغل انتخاب می کنید، باید داشته باشید
ssh بدون رمز عبور برای هر میزبان راه دور، راهنمای ssh را ببینید تا نحوه راه اندازی را بدانید
ssh بدون پسورد
3 پیشنهاد می کنم به جای ssh از سیستم صف بندی استفاده کنید.
من در حال حاضر از PBS و SGE پشتیبانی می کنم
4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl باید باشد
در همان دایرکتوری که این اسکریپت در آن قرار دارد.
گزینه
-i نام فایل ورودی برای db 1 با فرمت fasta، مورد نیاز است
-i2،XNUMX نام فایل ورودی برای db 2 با فرمت fasta، مورد نیاز است
-o نام فایل خروجی، مورد نیاز
--پ برنامه، "cd-hit-2d" یا "cd-hit-est-2d"، پیش فرض "cd-hit-2d"
-- ب نام فایل لیست میزبان ها، مورد نیاز است مگر اینکه -Q or -L گزینه ارائه شده است
--L تعداد cpus در رایانه محلی، پیش فرض 0 زمانی که آن را روی a اجرا نمی کنید
cluster، می توانید از این گزینه برای تقسیم کارهای خوشه بندی بزرگ به قطعات کوچک استفاده کنید.
من به شما پیشنهاد می کنم فقط از "--L 1" استفاده کنید مگر اینکه رم کافی برای هر cpu داشته باشید
--S تعداد بخش هایی که باید db 1 به آن تقسیم شود، پیش فرض 2
--S2 تعداد بخش هایی که باید db 2 را به آن تقسیم کنید، پیش فرض 8 است
-- س تعداد مشاغل برای ارسال به سیستم صف صف، پیش فرض 0 به طور پیش فرض، برنامه
از حالت ssh برای ارسال کارهای راه دور استفاده کنید
--T نوع سیستم صف، "PBS"، "SGE" پشتیبانی می شوند، PBS پیش فرض
--R فایل راه اندازی مجدد، پس از خرابی اجرا استفاده می شود
-h چاپ این راهنما
گزینه های بیشتر cd-hit-2d/cd-hit-est-2d را می توان در خط فرمان مشخص کرد
سوالات، اشکالات، تماس با Weizhong لی در [ایمیل محافظت شده]
با استفاده از خدمات onworks.net از cd-hit-2d-para آنلاین استفاده کنید
