این دستور cd-hit-para است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
cd-hit-para.pl - یک کار خوشه بندی بزرگ را به قطعات برای اجرای کارهای cd-hit یا cd-hit-est تقسیم کنید.
خلاصه
cd-hit-para.pl گزینه های
شرح
این اسکریپت یک کار خوشه بندی بزرگ را به قطعات تقسیم می کند و کارها را به ریموت ارسال می کند
کامپیوترها روی یک شبکه برای موازی کردن آن. بعد از تمام شدن همه کارها،
اسکریپت نتایج خوشه بندی را ادغام می کند به گونه ای که گویی فقط یک cd-hit یا اجرا می کنید
cd-hit-est.
اگر رایانه شما این کار را انجام می دهد، می توانید از آن برای تقسیم کارهای بزرگ در یک رایانه نیز استفاده کنید
رم کافی (با -L گزینه).
مورد نیاز:
1 هنگامی که این اسکریپت را روی یک شبکه اجرا می کنید، دایرکتوری که در آن قرار دارید
اسکریپت ها را اجرا کنید و فایل های ورودی باید در همه هاست های راه دور موجود باشد
مسیر یکسان
2 اگر "ssh" را برای ارسال مشاغل انتخاب می کنید، باید داشته باشید
ssh بدون رمز عبور برای هر میزبان راه دور، راهنمای ssh را ببینید تا نحوه راه اندازی را بدانید
ssh بدون پسورد
3 پیشنهاد می کنم به جای ssh از سیستم صف بندی استفاده کنید.
من در حال حاضر از PBS و SGE پشتیبانی می کنم
4 سی دی-هیت سی دی-هیت-2d سی دی-هیت-est cd-hit-est-2d
cd-hit-div cd-hit-div.pl باید در همان دایرکتوری باشد که این اسکریپت در آن قرار دارد.
گزینه
-i نام فایل ورودی با فرمت fasta، مورد نیاز است
-o نام فایل خروجی، مورد نیاز
--پ برنامه، "cd-hit" یا "cd-hit-est"، پیش فرض "cd-hit"
-- ب نام فایل لیست میزبان ها،
لازم است مگر اینکه -Q or -L گزینه ارائه شده است
--L تعداد cpus در رایانه محلی، پیش فرض 0
هنگامی که آن را روی یک خوشه اجرا نمی کنید، می توانید از این گزینه برای تقسیم یک بزرگ استفاده کنید
کارها را به قطعات کوچک خوشه بندی کنید، پیشنهاد می کنم فقط از "--L 1" استفاده کنید مگر اینکه این کار را داشته باشید
رم کافی برای هر cpu
--S تعداد بخش هایی که باید DB ورودی به آن ها تقسیم شود، پیش فرض 64
-- س تعداد مشاغل برای ارسال به سیستم صف صف، پیش فرض 0
به طور پیش فرض، برنامه از حالت ssh برای ارسال کارهای راه دور استفاده می کند
--T نوع سیستم صف، "PBS"، "SGE" پشتیبانی می شوند، PBS پیش فرض
--R فایل راه اندازی مجدد، پس از خرابی اجرا استفاده می شود
-h چاپ این راهنما
گزینه های بیشتر cd-hit/cd-hit-est را می توان در خط فرمان مشخص کرد
سوالات، اشکالات، تماس با Weizhong لی در [ایمیل محافظت شده]
با استفاده از خدمات onworks.net از cd-hit-para آنلاین استفاده کنید
