این دستور gmx-filter است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gmx-filter - مسیرهای فیلتر فرکانس، مفید برای ساخت فیلم های روان
خلاصه
فیلتر gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ول [<.xtc/.trr/...>]] [-اوه [<.xtc/.trr/...>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[اکنون] [-nf ]
[- [نه] همه] [-[نه]نژامپ] [- [نه] مناسب]
شرح
gmx فیلتر فیلتر فرکانس را روی یک مسیر انجام می دهد. شکل فیلتر cos (pi t/A) است
+ 1 از -A تا +A، که در آن A با گزینه داده می شود -nf برابر گام زمانی در ورودی
خط سیر این فیلتر نوسانات با دوره A را 85 درصد، با دوره 2*A 50 درصد کاهش می دهد.
و با دوره 3*A 17% برای فیلتر پایین گذر. هر دو پایین گذر و بالا گذر فیلتر شده است
مسیر را می توان نوشت.
گزینه -ول یک مسیر فیلتر شده پایین گذر می نویسد. هر فریم نوشته می شود -nf ورودی
قاب ها این نسبت طول فیلتر و فاصله خروجی، سرکوب خوبی از فیلتر را تضمین می کند
نام مستعار حرکت با فرکانس بالا، که برای ساخت فیلم های روان مفید است. همچنین میانگین ها
خصوصیاتی که در مختصات خطی هستند حفظ می شوند، زیرا همه فریم های ورودی
به طور مساوی در خروجی وزن داده می شوند. هنگامی که به تمام قاب ها نیاز است، از آن استفاده کنید -همه گزینه.
گزینه -اوه یک مسیر فیلتر شده بالا گذر می نویسد. مختصات فیلتر شده بالا گذر هستند
از فایل ساختار به مختصات اضافه شد. هنگام استفاده از فیلتر بالا گذر استفاده کنید -مناسب
یا مطمئن شوید که از مسیری استفاده می کنید که بر روی مختصات در سازه نصب شده است
فایل.
OPTIONS
گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست
گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:
-ول [<.xtc/.trr/...>] (lowpass.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR غروب g96 پی دی بی tng
-اوه [<.xtc/.trr/...>] (highpass.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR غروب g96 پی دی بی tng
گزینه های دیگر:
-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر
-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر
-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)
-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها
-nf (10)
طول فیلتر و همچنین فاصله خروجی را برای فیلتر پایین گذر تنظیم می کند
- [نه] همه (نه)
همه فریم های فیلتر شده پایین گذر را بنویسید
-[نه]نژامپ (آره)
جهش اتم ها را در سراسر جعبه بردارید
- [نه] مناسب (نه)
همه فریم ها را در یک ساختار مرجع قرار دهید
از gmx-filter به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
