gmx-freevolume - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-freevolume - حجم رایگان را محاسبه کنید

خلاصه

حجم آزاد gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [تو ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[-sf ] [-selrpos ] [-انتخاب کنید ]
[-شعاع ] [-بذر ] [-نیز ]

شرح

gmx حجم آزاد حجم آزاد یک جعبه را به عنوان تابعی از زمان محاسبه می کند. حجم رایگان
به عنوان کسری از حجم کل رسم می شود. برنامه سعی می کند یک پروب با a وارد کند
شعاع داده شده، در جعبه شبیه سازی و اگر فاصله بین کاوشگر و هر اتم باشد
کمتر از مجموع شعاع واندروالس هر دو اتم است، موقعیت در نظر گرفته می شود
اشغال شود یعنی غیر آزاد. با استفاده از شعاع پروب 0، حجم آزاد واقعی است
محاسبه شده است. با استفاده از شعاع بزرگتر، به عنوان مثال 0.14 نانومتر، تقریباً مربوط به یک آب
مولکول، حجم آزاد برای یک ذره فرضی با آن اندازه تولید خواهد شد.
اما توجه داشته باشید که از آنجایی که اتم ها به عنوان کره های سخت در نظر گرفته می شوند، این تعداد بسیار زیاد است
تقریبی، و معمولاً فقط تغییرات نسبی معنادار هستند، به عنوان مثال با انجام a
مجموعه ای از شبیه سازی ها در دماهای مختلف

گروهی که توسط انتخاب مشخص شده است برای ترسیم حجم غیر آزاد در نظر گرفته می شود. در
تعداد درج در واحد حجم برای به دست آوردن یک نتیجه همگرا مهم است. در باره
1000/nm^3 یک انحراف استاندارد کلی را ایجاد می کند که توسط نوسانات در تعیین می شود.
مسیر به جای نوسانات ناشی از اعداد تصادفی.

نتایج به شدت وابسته به شعاع واندروالس است. توصیه می کنیم از
ارزش های ناشی از Bondi (1964).

حجم آزاد کسری (FFV) که برخی از نویسندگان دوست دارند استفاده کنند با 1 - 1.3* (1-Free) ارائه شده است
جلد). این مقدار روی ترمینال چاپ شده است.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (اختیاری)
مسیر ورودی یا پیکربندی واحد: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار ورودی: Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
گروه های شاخص اضافی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (freevolume.xvg) (اختیاری)
حجم آزاد محاسبه شده

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط در صورتی از قاب استفاده کنید که t MOD dt == اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-xvg (xmgrace)
قالب بندی طرح: هیچ، xmgrace، xmgr

-[no]rmpbc (آره)
برای هر فریم مولکول ها را کامل بسازید

-sf
انتخاب هایی را از فایل ها ارائه دهید

-selrpos (اتم)
موقعیت های مرجع انتخاب: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

-انتخاب کنید
اتم هایی که جزئی از حجم حذف شده در نظر گرفته می شوند

-شعاع (0)
شعاع پروبی که قرار است وارد شود (nm، 0 حجم آزاد واقعی را به دست می دهد)

-بذر (-1)
بذر برای مولد اعداد تصادفی.

-نیز (1000)
تعداد درج‌های کاوشگر در نانومتر مکعب برای هر فریم در مسیر.

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-freevolume آنلاین استفاده کنید