gmx-gangle - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-gangle - محاسبه زوایا

خلاصه

gmx gangle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[oav [<.xvg>]] [همه [<.xvg>]] [-اوه [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [تو ]
[-xvg ] [-[no]rmpbc] [- [نه] پی سی] [-sf ]
[-selrpos ] [سلف تایپ ] [-g1 ]
[-g2 ] [-بینو ] [-گروه 1 ]
[-گروه 2 ]

شرح

gmx گره انواع مختلف زوایای بین بردارها را محاسبه می کند. از هر دو بردار پشتیبانی می کند
با دو موقعیت و نرمال هواپیماها با سه موقعیت تعریف می شود. محور z یا
نرمال محلی یک کره نیز می تواند به عنوان یکی از بردارها استفاده شود. نیز وجود دارد
گزینه های راحتی "زاویه" و "دو وجهی" برای محاسبه زوایای پیوند و دو وجهی
با سه یا چهار موقعیت تعریف شده است.

نوع زاویه مشخص شده است -g1 و -g2. اگر -g1 is زاویه or دو وجهی, -g2
نباید مشخص شود. در این مورد، -گروه 1 باید یک یا چند انتخاب را مشخص کند، و
هر کدام باید دارای سه یا چهار موقعیت باشد که زوایای مورد نظر را مشخص می کنند
محاسبه شد.

If -g1 is بردار or هواپیما, -گروه 1 باید انتخاب هایی را که شامل هر دو جفت هستند مشخص کند
(بردار) یا سه قلو (هواپیما) سمت ها. برای بردارها، موقعیت ها نقاط پایانی را تعیین می کنند
بردار، و برای صفحات، از سه موقعیت برای محاسبه نرمال استفاده می شود
سطح. در هر دو مورد ، -g2 بردار دیگر مورد استفاده را مشخص می کند (به زیر مراجعه کنید).

با -g2 بردار or -g2 هواپیما, -گروه 2 باید مجموعه دیگری از بردارها را مشخص کند. -گروه 1 و
-گروه 2 باید همان تعداد انتخاب را مشخص کند. همچنین مجاز است فقط یک
انتخاب واحد برای یکی از گزینه ها، که در این صورت همان انتخاب با استفاده می شود
هر انتخاب در گروه دیگر به طور مشابه، برای هر انتخاب در -گروه 1از
انتخاب مربوطه در -گروه 2 باید همان تعداد بردار یا یک واحد را مشخص کند
بردار در حالت دوم، زاویه بین آن بردار واحد و هر یک محاسبه می شود
بردار از انتخاب دیگر

با -g2 اسفنور، هر انتخاب در -گروه 2 باید یک موقعیت واحد را مشخص کند
مرکز کره بردار دوم به عنوان بردار از مرکز به محاسبه می شود
نقطه وسط موقعیت های مشخص شده توسط -گروه 1.

با -g2 z, -گروه 2 ضروری نیست، و زاویه بین بردار اول و
محور Z مثبت محاسبه می شود.

با -g2 t0, -گروه 2 ضروری نیست، و زوایا از بردارها به عنوان آنها محاسبه می شود
در فریم اول قرار دارند.

سه گزینه برای خروجی وجود دارد: oav یک فایل xvg با زمان و میانگین می نویسد
زاویه برای هر فریم همه تمام زوایای فردی را می نویسد. -اوه هیستوگرام می نویسد
زوایا عرض سطل را می توان با تنظیم کرد -بینو. برای oav و -اوه، جداگانه، مجزا
میانگین / هیستوگرام برای هر انتخاب در محاسبه می شود -گروه 1.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (اختیاری)
مسیر ورودی یا پیکربندی واحد: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار ورودی: Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
گروه های شاخص اضافی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

oav [<.xvg>] (angaver.xvg) (اختیاری)
زوایای متوسط ​​به عنوان تابعی از زمان

همه [<.xvg>] (angles.xvg) (اختیاری)
همه زوایا تابعی از زمان هستند

-اوه [<.xvg>] (angist.xvg) (اختیاری)
هیستوگرام زوایا

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط در صورتی از قاب استفاده کنید که t MOD dt == اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-xvg (xmgrace)
قالب بندی طرح: هیچ، xmgrace، xmgr

-[no]rmpbc (آره)
برای هر فریم مولکول ها را کامل بسازید

- [نه] پی سی (آره)
از شرایط مرزی دوره ای برای محاسبه فاصله استفاده کنید

-sf
انتخاب هایی را از فایل ها ارائه دهید

-selrpos (اتم)
موقعیت های مرجع انتخاب: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

سلف تایپ (اتم)
موقعیت های خروجی انتخاب پیش فرض: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

-g1 (زاویه)
نوع تحلیل/گروه برداری اول: زاویه، دو وجهی، بردار، صفحه

-g2 (هیچ)
نوع گروه بردار دوم: هیچ، بردار، صفحه، t0، z، sphnorm

-بینو (1)
Binwidth برای -oh بر حسب درجه

-گروه 1
اولین تحلیل/انتخاب برداری

-گروه 2
تحلیل دوم/انتخاب برداری

از gmx-gangle به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید