این فرمان mipe2dbSTS است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
mipe2dbSTS.pl - فایل ورودی را برای ارسال به dbSTS تولید می کند
شامل در خروجی: بخش STS از ارسال dbSTS
بر اساس نسخه MIPE نسخه 1.1
آرگومان ها: * mipe_file
* فایل پیکربندی
* (اختیاری) لیست شناسه های PCR
فایل پیکربندی شامل خطوطی است که حاوی یک کلید و یک مقدار است که با علامت مساوی ('=') از هم جدا شده اند.
کلید شامل نام کوچک فایل ارسالی NCBI است (به وب‌سایت dbSTS مراجعه کنید)، به دنبال آن
خط زیر و نام کوچک فیلد در آن فایل.
فیلدهای زیر باید در فایل کانفیگ تعریف شوند:
pub_title=
pub_authors=
منبع_نام=
منبع_ارگانیسم=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
پروتکل_نام=
protocol_protocol=
بافر_نام=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
برای protocol_protocol، buffer_buffer و sts_pcr_profile، خطوط بیشتری لازم است (به مثال مراجعه کنید).
نمونه ای از فایل کانفیگ به شکل زیر است:
pub_title=نقشه برداری ژنتیکی SNPهای مرغ
pub_authors=Aerts,JA; ونندال، تی. Crooijmans، RPMA; گرونن، مام
source_name=DNA ژنومی مرغ
source_organism=گالوس گالوس
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=[ایمیل محافظت شده]
cont_lab=گروه اصلاح نژاد و ژنومیک حیوانات
cont_inst=دانشگاه واگنینگن
cont_addr= صندوق پستی 338، 6700 AH Wageningen، هلند
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=قالب: 30-60 نانوگرم
protocol_protocol=پرایمر: هر 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: هر 200 mM
protocol_protocol=Taq: 0.3 واحد
protocol_protocol=حجم: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 میلی مولار
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 میلی مولار
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 میلی مولار
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=pH: 8.8
از mipe2dbSTS به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
