این دستور ولخرجی است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
برنامه ژنی اسراف - میکروبی (باکتریایی و باستانی).
خلاصه
ولخرج [-a trans_file] [-c] [-d nuc_file] [-f نوع_خروجی] [-g tr_table] [-h] [-i
input_file] [-m] [-n] [-o output_file] [-p mode] [-q] [-s start_file] [-t training_file]
[-v]
شرح
Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) یک میکروب (باکتری) است.
و archaeal) برنامه ژن یابی توسعه یافته در آزمایشگاه ملی Oak Ridge و
دانشگاه تنسی
OPTIONS
-a: ترجمه های پروتئینی را در فایل انتخابی بنویسید.
-c: انتهای بسته اجازه ندهید ژن ها از لبه ها خارج شوند.
-d: توالی های نوکلئوتیدی ژن ها را در فایل انتخاب شده بنویسید.
-f: فرمت خروجی (gbk، gff، یا sco) را انتخاب کنید. پیش فرض gbk است.
-g: یک جدول ترجمه را برای استفاده مشخص کنید (پیش فرض 11).
-h: منوی راهنما را چاپ کنید و از آن خارج شوید.
-i: فایل ورودی را مشخص کنید (خوانش های پیش فرض از stdin).
-m: اجراهای n را به عنوان توالی ماسک دار در نظر بگیرید و روی آنها ژن ایجاد نکنید.
-n: مربی Shine-Dalgarno را دور بزنید و برنامه را مجبور کنید تا موتیف ها را اسکن کند.
-o: فایل خروجی را مشخص کنید (پیش فرض در stdout می نویسد).
-p: رویه را انتخاب کنید (تک یا متا). پیش فرض تک است.
-q: بی صدا اجرا کنید (خروجی stderr معمولی را سرکوب کنید).
-s: تمام ژن های بالقوه (با امتیاز) را در فایل انتخابی بنویسید.
-t: یک فایل آموزشی بنویسید (اگر وجود نداشته باشد). در غیر این صورت موارد مشخص شده را بخوانید و استفاده کنید
فایل آموزشی
-v: چاپ شماره نسخه و خروج.
با استفاده از خدمات onworks.net از prodigal آنلاین استفاده کنید
