rdp_classifier - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

rdp_classifier - تخصیص طبقه بندی از توالی یابی نسل بعدی

طریقه استفاده:

rdp_classifier [-f ] [-g ] [-o ] [-q ] [-t ] [-w ]

شرح

طبقه‌بندی‌کننده RDP یک طبقه‌بندی کننده بیزی ناو است که می‌تواند به سرعت و با دقت ارائه کند
تخصیص طبقه بندی از دامنه به جنس، با تخمین اطمینان برای هر انتساب.

-f,--قالب
فرمت خروجی همه برگه‌ها: [allrank|fixrank|db]. پیش فرض allrank است.
allrank: خروجی نتایج برای همه رتبه های اعمال شده برای هر دنباله: seqname،
جهت، نام تاکسون، رتبه، conf، ... fixrank: فقط نتایج را برای
رتبه های ثابت به ترتیب: دامنه، شاخه، کلاس، ترتیب، خانواده، جنس db: خروجی
seqname، trainset_no، tax_id، conf. این برای ذخیره سازی در پایگاه داده خوب است

-g، -- ژن
16srrna|fungallsu، مدل آموزشی پیش‌فرض برای ژن‌های 16S rRNA یا Fungal LSU.
این گزینه توسط بازنویسی خواهد شد --train_propfile انتخاب

-o،--فایل خروجی
نام فایل خروجی برای تخصیص طبقه بندی

-q, --queryFile
فایل پرس و جو شامل دنباله هایی در یکی از فرمت های زیر است: Fasta، Genbank و
EMBL

-t,--train_propfile
مشخص کنید که یک فایل دارای نگاشت فایل های آموزشی در صورت قرار گرفتن در آن باشد
خارج از داده/طبقه بندی/. توجه: فایل های آموزشی و فایل اموال باید
در همان دایرکتوری باشید فایل ویژگی پیش فرض روی تنظیم شده است
data/classifier/16srrna/rRNAClassifier.properties.

-w,--minWords
حداقل تعداد کلمات برای هر آزمایش بوت استرپ، پیش فرض 1/8 کلمات است.
حداقل 5 است

با استفاده از خدمات onworks.net از rdp_classifier به صورت آنلاین استفاده کنید