این دستور rdp_classifier است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
rdp_classifier - تخصیص طبقه بندی از توالی یابی نسل بعدی
طریقه استفاده:
rdp_classifier [-f ] [-g ] [-o ] [-q ] [-t ] [-w ]
شرح
طبقهبندیکننده RDP یک طبقهبندی کننده بیزی ناو است که میتواند به سرعت و با دقت ارائه کند
تخصیص طبقه بندی از دامنه به جنس، با تخمین اطمینان برای هر انتساب.
-f,--قالب
فرمت خروجی همه برگهها: [allrank|fixrank|db]. پیش فرض allrank است.
allrank: خروجی نتایج برای همه رتبه های اعمال شده برای هر دنباله: seqname،
جهت، نام تاکسون، رتبه، conf، ... fixrank: فقط نتایج را برای
رتبه های ثابت به ترتیب: دامنه، شاخه، کلاس، ترتیب، خانواده، جنس db: خروجی
seqname، trainset_no، tax_id، conf. این برای ذخیره سازی در پایگاه داده خوب است
-g، -- ژن
16srrna|fungallsu، مدل آموزشی پیشفرض برای ژنهای 16S rRNA یا Fungal LSU.
این گزینه توسط بازنویسی خواهد شد --train_propfile انتخاب
-o،--فایل خروجی
نام فایل خروجی برای تخصیص طبقه بندی
-q, --queryFile
فایل پرس و جو شامل دنباله هایی در یکی از فرمت های زیر است: Fasta، Genbank و
EMBL
-t,--train_propfile
مشخص کنید که یک فایل دارای نگاشت فایل های آموزشی در صورت قرار گرفتن در آن باشد
خارج از داده/طبقه بندی/. توجه: فایل های آموزشی و فایل اموال باید
در همان دایرکتوری باشید فایل ویژگی پیش فرض روی تنظیم شده است
data/classifier/16srrna/rRNAClassifier.properties.
-w,--minWords
حداقل تعداد کلمات برای هر آزمایش بوت استرپ، پیش فرض 1/8 کلمات است.
حداقل 5 است
با استفاده از خدمات onworks.net از rdp_classifier به صورت آنلاین استفاده کنید