show-snps - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

mummer - بسته ای برای همترازی توالی ژنوم های متعدد

خلاصه

حاشیه نویسی
ترکیب موم ها
دنادیف [گزینه ها]یا [گزینه ها]-d<دلتافایل>
دقیق پشت سر هم
شکاف
نقشه نمای [گزینه ها]< هماهنگی هافایل>[UTRهماهنگی ها][CDSهماهنگی ها]
mgaps [-d][-f][-l][-s]
مامان [گزینه های]
مامر پلات [گزینه ها]<تطابقفایل>
عدد [گزینه ها]
nucmer2xfig
پرومر [گزینه ها]
تکرار مسابقه [گزینه ها]
run-mummer1 <fastaمرجع><fastaپرس و جو>[-r]
run-mummer3 <fastaمرجع><multi-fastaپرس و جو>
نشان می دهد [گزینه ها]<مراجعهشناسه ><qryشناسه >

ورودی خروجی دلتای برنامه "nucmer" یا "promer" است که بر روی
خط فرمان.

خروجی stdout است و شامل تمام همترازی‌های بین پرس و جو و مرجع است
توالی های شناسایی شده در خط فرمان

توجه: هیچ مرتب‌سازی به‌طور پیش‌فرض انجام نمی‌شود، بنابراین هم‌ترازی‌ها به‌صورتی که در آن یافت می‌شود مرتب می‌شوند
را ورودی
نشان می دهد [گزینه ها]
show-snps [گزینه ها]
کاشی کاری نمایشی [گزینه ها]

شرح

OPTIONS

همه ابزارها (به استثنای شکاف ها) مطابق با گزینه های -h، --help، -V و --نسخه هستند.
انتظار. این کمک بسیار عالی است و اساساً این صفحات man را منسوخ می کند.
ترکیب موم ها MUM ها را در ترکیب می کند با تمدید مسابقات خارج از پایان و بین MUM ها.
یک فایل فاستا از دنباله مرجع است. یک چند
فایل fasta از توالی های مطابق با مرجع

-D فقط خروجی برای stdout موقعیت های تفاوت
و شخصیت ها
-n فقط بین نوکلئوتیدها، یعنی ACGTها، مطابقت داده شود
-N تعداد بریک مسابقات در یا غیر ACGT های متوالی
تگ -q برای برچسب زدن پرس و جو مورد استفاده قرار می گیرد
تگ -r برای برچسب زدن مطابقت مرجع استفاده می شود
-S خروجی تمام تفاوت ها در رشته ها
-t پرس و جو برچسب با هدر query fasta مطابقت دارد
-v num برای خروجی اضافی سطح پرمخاطب را تنظیم کنید
-فایل W نام فایل خروجی پیش فرض witherrors.gaps را بازنشانی کنید
-x فایل های .cover را خروجی نگیرید
-e برش نرخ خطا را روی e تنظیم کنید (به عنوان مثال 0.02 دو درصد است)
دنادیف تجزیه و تحلیل مقایسه ای دو مجموعه توالی را با استفاده از nucmer و مرتبط با آن اجرا کنید
برنامه های کاربردی با پارامترهای توصیه شده برای جزئیات بیشتر به مستندات MUmmer مراجعه کنید
شرح خروجی فایل های خروجی زیر را تولید می کند:

گزارش - خلاصه ترازها، تفاوت ها و SNP ها
دلتا - خروجی تراز اعداد استاندارد
1delta - تراز 1-به-1 از delta-filter -1
.mdelta - تراز M-to-M از delta-filter -m
.1coords - مختصات 1 به 1 از show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - مختصات M به M از show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP ها از show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - نقاط شکست ref طبقه بندی شده از show-diff -rH .mdelta
.qdiff - نقاط شکست qry طبقه بندی شده از show-diff -qH .mdelta
unref - شناسه‌ها و طول‌های مرجع بدون تراز (در صورت وجود)
unqry - شناسه‌ها و طول‌های پرس و جو بدون تراز (در صورت وجود)

اجباری:
مرجع نام فایل مرجع چند FASTA را تنظیم کنید
query نام فایل پرس و جوی ورودی چند FASTA را تنظیم کنید
or
فایل دلتا فایل همترازی دلتا فیلتر نشده از nucmer

گزینه ها:
-d|delta فایل دلتای از پیش محاسبه شده را برای تجزیه و تحلیل ارائه دهید
-h
--help نمایش اطلاعات راهنما و خروج
-p|prefix پیشوند فایل‌های خروجی را تنظیم کنید (پیش‌فرض "out")
-V
--version نمایش اطلاعات نسخه و خروج

نقشه نمای
-h
--help نمایش اطلاعات راهنما و خروج
-m|mag بزرگنمایی را تنظیم کنید که شکل در آن رندر شود،
این یک گزینه برای fig2dev است که برای تولید استفاده می شود
فایل‌های PDF و PS (پیش‌فرض 1.0)
-n|num تعداد فایل های خروجی مورد استفاده برای پارتیشن بندی را تنظیم کنید
خروجی، این برای جلوگیری از تولید فایل هایی است که بیش از حد هستند
بزرگ برای نمایش (پیش‌فرض 10)
-p|prefix پیشوند فایل خروجی را تنظیم کنید
(پیش‌فرض "PROMER_graph یا NUCMER_graph")
-v
--verbose ثبت نام کامل فایل های پردازش شده
-V
--version نمایش اطلاعات نسخه و خروج
-x1 coord حد مختصات پایین نمایشگر را تنظیم کنید
-x2 coord حد مختصات بالایی نمایشگر را تنظیم کنید
-g|ref اگر فایل ورودی با 'mgaps' ارائه شده است، مقدار را تنظیم کنید
شناسه دنباله مرجع (همانطور که در ستون اول نشان داده شده است
فایل UTR/CDS coords)
-I نمایش نام توالی پرس و جو
-Ir نمایش نام ژن های مرجع
مامان موقعیت ها و طول همه به اندازه کافی طولانی را پیدا کنید و خروجی بگیرید (برای stdout).
حداکثر تطابق یک رشته فرعی در و

-mum حداکثر مسابقات را محاسبه می کند که در هر دو دنباله منحصر به فرد هستند
-mumcand همان mumreference
-mumreference حداکثر منطبقاتی را محاسبه می کند که منحصر به فرد هستند
دنباله مرجع اما نه لزوماً در دنباله پرس و جو
(به طور پیش فرض)
-maxmatch تمام منطبقات حداکثر را بدون در نظر گرفتن منحصر به فرد بودن آنها محاسبه می کند
-n فقط با کاراکترهای a، c، g یا t مطابقت دارد
آنها می توانند با حروف بزرگ یا کوچک باشند
من حداقل طول یک مسابقه را تنظیم می کنم
اگر تنظیم نشده باشد، مقدار پیش فرض 20 است
-b منطبقات مکمل رو به جلو و معکوس را محاسبه کنید
-r فقط مطابقت های مکمل معکوس را محاسبه می کند
-s رشته های فرعی منطبق را نشان می دهد
-c موقعیت query یک تطابق متمم معکوس را گزارش می دهد
نسبت به دنباله پرس و جو اصلی
-F نیروی 4 ستونی فرمت خروجی بدون در نظر گرفتن تعداد
ورودی های دنباله مرجع
-L طول دنباله های پرس و جو را در خط هدر نشان می دهد
nuncmer
nucmer ترازهای نوکلئوتیدی را بین دو ورودی mutli-FASTA ایجاد می کند
فایل ها. دو فایل خروجی تولید می شود. فایل خروجی .cluster فهرست می شود
خوشه هایی از مسابقات بین هر دنباله. فایل .delta لیستی از
فاصله بین درج و حذف که حداکثر امتیاز را ایجاد می کند
تراز بین هر دنباله

اجباری:
مرجع نام فایل مرجع چند FASTA را تنظیم کنید
Query نام فایل پرس و جوی ورودی چند FASTA را تنظیم کنید

--mum از مسابقات لنگر استفاده کنید که در هر دو مرجع منحصر به فرد هستند
و پرس و جو
--mumcand همان --mumreference
-- mumreference از مسابقات لنگر استفاده کنید که در مرجع منحصر به فرد هستند
اما لزوماً در پرس و جو منحصر به فرد نیست (رفتار پیش فرض)
--maxmatch از تمام مسابقات لنگر صرف نظر از منحصر به فرد بودن آنها استفاده کنید

-b|breaklen فاصله ای را که یک برنامه افزودنی تراز تلاش می کند تنظیم کنید
قبل از تسلیم شدن، مناطق امتیاز ضعیف را گسترش دهید (پیش‌فرض 200)
-c|mincluster حداقل طول یک خوشه منطبق را تنظیم می کند (پیش فرض 65)
--[no]delta تغییر ایجاد فایل دلتا (پیش‌فرض --delta)
--depend اطلاعات وابستگی را چاپ کرده و از آن خارج شوید
-d|diagfactor ضریب جداسازی اختلاف مورب خوشه‌بندی را تنظیم کنید
(پیش فرض 0.12)
--[no]extend تغییر مرحله توسعه خوشه (پیش‌فرض -extend)
-f
--forward فقط از رشته جلوی دنباله های Query استفاده کنید
-g|maxgap حداکثر فاصله بین دو مسابقه مجاور را در a تنظیم کنید
خوشه (پیش فرض 90)
-h
--help نمایش اطلاعات راهنما و خروج
-l|minmatch حداقل طول یک مسابقه را تنظیم کنید (پیش‌فرض 20)
-o
--coords به طور خودکار کدهای اصلی NUCmer1.1 را تولید کنید
فایل خروجی با استفاده از برنامه 'show-coords'
--[no]optimize Toggle بهینه سازی امتیاز تراز، به عنوان مثال اگر یک تراز
پسوند به پایان یک سکانس می رسد، به عقب برمی گردد
برای بهینه سازی امتیاز تراز به جای پایان دادن به
تراز در انتهای دنباله (پیش‌فرض --بهینه‌سازی)
-p|prefix پیشوند فایل‌های خروجی را تنظیم کنید (پیش‌فرض "out")
-r
--reverse فقط از مکمل معکوس دنباله های Query استفاده کنید
--[no]simplify ترازها را با حذف خوشه های سایه دار ساده کنید. دور زدن
این گزینه در صورت تراز کردن یک دنباله برای خود خاموش می شود
برای تکرار (پیش فرض -- ساده سازی)

پرومر
پرومر ترازهای اسید آمینه را بین دو ورودی DNA mutli-FASTA ایجاد می کند
فایل ها. دو فایل خروجی تولید می شود. فایل خروجی .cluster فهرست می شود
خوشه هایی از مسابقات بین هر دنباله. فایل .delta لیستی از
فاصله بین درج و حذف که حداکثر امتیاز را ایجاد می کند
تراز بین هر دنباله ورودی DNA به هر 6 مورد ترجمه می شود
خواندن فریم ها برای تولید خروجی، اما مختصات خروجی
به ورودی اصلی DNA مراجعه کنید.

اجباری:
مرجع فایل DNA مرجع چند FASTA را تنظیم کنید
Query پرس و جوی ورودی فایل DNA چند FASTA را تنظیم کنید

--mum از مسابقات لنگر استفاده کنید که در هر دو مرجع منحصر به فرد هستند
و پرس و جو
--mumcand همان --mumreference
-- mumreference از مسابقات لنگر استفاده کنید که در مرجع منحصر به فرد هستند
اما لزوماً در پرس و جو منحصر به فرد نیست (رفتار پیش فرض)
--maxmatch از تمام مسابقات لنگر صرف نظر از منحصر به فرد بودن آنها استفاده کنید

-b|breaklen فاصله ای را که یک برنامه افزودنی تراز تلاش می کند تنظیم کنید
قبل از تسلیم شدن، مناطق امتیازی ضعیف را گسترش دهید، در اندازه گیری می شود
اسیدهای آمینه (پیش فرض 60)
-c|mincluster حداقل طول یک خوشه منطبق را تنظیم می کند که در اندازه گیری می شود
اسیدهای آمینه (پیش فرض 20)
--[no]delta تغییر ایجاد فایل دلتا (پیش‌فرض --delta)
--depend اطلاعات وابستگی را چاپ کرده و از آن خارج شوید
-d|diagfactor ضریب جداسازی اختلاف مورب خوشه‌بندی را تنظیم کنید
(پیش فرض 11)
--[no]extend تغییر مرحله توسعه خوشه (پیش‌فرض -extend)
-g|maxgap حداکثر فاصله بین دو مسابقه مجاور را در a تنظیم کنید
خوشه، اندازه گیری شده در اسیدهای آمینه (پیش فرض 30)
-l|minmatch حداقل طول یک مسابقه را که بر حسب آمینو اندازه گیری می شود، تنظیم کنید
اسیدها (پیش فرض 6)
-m|masklen حداکثر ضخامت پوشاندن انتهای کتاب را که در آمینو اندازه گیری می شود، تنظیم کنید
اسیدها (پیش فرض 8)
-o
--coords به طور خودکار PROmer1.1 ".coords" اصلی را تولید کنید
فایل خروجی با استفاده از برنامه "show-coords".
--[no]optimize Toggle بهینه سازی امتیاز تراز، به عنوان مثال اگر یک تراز
پسوند به پایان یک سکانس می رسد، به عقب برمی گردد
برای بهینه سازی امتیاز تراز به جای پایان دادن به
تراز در انتهای دنباله (پیش‌فرض --بهینه‌سازی)

-p|prefix پیشوند فایل‌های خروجی را تنظیم کنید (پیش‌فرض "out")
-x|matrix عدد ماتریس تراز را روی 1 تنظیم کنید [BLOSUM 45]،
2 [BLOSUM 62] یا 3 [BLOSUM 80] (پیش‌فرض 2)
تکرار مسابقه همه موارد منطبق دقیق را در آن پیدا کنید
-E از جستجوی جامع (آهسته) برای یافتن موارد منطبق استفاده کنید
-f فقط رشته رو به جلو، از مکمل معکوس استفاده نکنید
-n # حداقل طول تطابق دقیق را روی # تنظیم کنید
-t فقط پشت سر هم خروجی تکرار می شود
-V # سطح چاپ کامل (اشکال زدایی) را روی # تنظیم کنید
نشان می دهد
-h نمایش اطلاعات راهنما
-q ترازها را بر اساس مختصات شروع پرس و جو مرتب کنید
-r ترازها را بر اساس مختصات شروع مرجع مرتب کنید
-w int عرض صفحه را تنظیم کنید - پیش فرض 60 است
-x int نوع ماتریس را تنظیم کنید - پیش فرض 2 است (BLOSUM 62)،
گزینه های دیگر عبارتند از 1 (BLOSUM 45) و 3 (BLOSUM 80)
توجه: فقط روی تراز اسیدهای آمینه تأثیر دارد
نشان می دهد
-b ترازهای دارای همپوشانی را بدون توجه به مسیر مسابقه ادغام می کند
یا فریم و هیچ اطلاعات هویتی را نمایش نمی دهد.
-B خروجی را به فرمت btab تغییر دهید
-c شامل اطلاعات درصد پوشش در خروجی
-d جهت تراز را در قسمت اضافی نمایش دهید
ستون‌های FRM (پیش‌فرض برای پرومر)
-g گزینه منسوخ شده. لطفاً به جای آن از «دلتا فیلتر» استفاده کنید
-h نمایش اطلاعات راهنما
-H هدر خروجی را چاپ نکنید
-I float حداقل درصد هویت را برای نمایش تنظیم کنید
-k Knockout (نمایش داده نشود) ترازهایی که همپوشانی دارند
تراز دیگری در یک قاب متفاوت بیش از 50٪
از طول آنها و درصد تشابه کمتری دارند
یا کمتر از 75 درصد اندازه تراز دیگر هستند
(فقط پرومر)
-l اطلاعات طول دنباله را در خروجی قرار دهید
-L long تنظیم حداقل طول تراز برای نمایش
o حاشیه نویسی حداکثر تراز بین دو دنباله، به عنوان مثال
بین دنباله های مرجع و پرس و جو همپوشانی دارد
-q خطوط خروجی را بر اساس شناسه‌های جستجو و مختصات مرتب کنید
-r خطوط خروجی را بر اساس شناسه ها و مختصات مرجع مرتب کنید
-T خروجی را به فرمت جدا شده با تب تغییر دهید

ورودی خروجی دلتای برنامه "nucmer" یا "promer" است که بر روی
خط فرمان.

خروجی stdout است و شامل لیستی از مختصات، درصد هویت و موارد دیگر است
اطلاعات مفید در مورد داده های تراز موجود در فایل .delta استفاده شده به عنوان
ورودی

توجه: هیچ مرتب‌سازی به‌طور پیش‌فرض انجام نمی‌شود، بنابراین هم‌ترازی‌ها به‌صورتی که پیدا شده است مرتب می‌شوند
در ورودی
show-snps
-C SNP ها را از ترازهایی با یک مبهم گزارش نکنید
نقشه برداری، یعنی فقط SNP هایی را گزارش کنید که [R] و [Q]
ستون ها برابر با 0 هستند و از این ستون ها خروجی نمی گیرند
-h نمایش اطلاعات راهنما
-H هدر خروجی را چاپ نکنید
-من ایندل ها را گزارش نمی کنم
-l شامل اطلاعات طول دنباله در خروجی
-q خطوط خروجی را بر اساس شناسه‌های جستجو و موقعیت‌های SNP مرتب کنید
-r خطوط خروجی را بر اساس شناسه های مرجع و موقعیت های SNP مرتب کنید
-S مشخص کنید کدام ترازها را با پاس دادن گزارش کنید
خطوط 'show-coords' به stdin
-T به فرمت جدا شده با برگه تغییر دهید
-x int شامل x کاراکتر از زمینه SNP اطراف در
خروجی، پیش فرض 0

ورودی خروجی دلتای برنامه nucmer یا promer است که بر روی دستور ارسال شده است
خط.

خروجی stdout است و شامل لیستی از SNP ها (یا جایگزینی اسید آمینه برای
promer) با موقعیت ها و سایر اطلاعات مفید. خروجی به طور پیش فرض با -r مرتب می شود
و ستون [BUFF] همیشه به دنباله‌ای اشاره خواهد کرد که موقعیت‌های آن مرتب شده‌اند.
این مقدار فاصله این SNP تا ​​نزدیکترین عدم تطابق را مشخص می کند (پایان تراز،
indel، SNP، و غیره) در همان تراز، در حالی که ستون [DIST] فاصله را مشخص می کند.
از این SNP تا ​​نزدیکترین انتهای دنباله. SNP هایی که ستون های [R] و [Q] برای آنها هستند
بزرگتر از 0 باید با احتیاط ارزیابی شود، زیرا این ستون ها تعداد آنها را مشخص می کنند
ترازهای دیگری که با این موقعیت همپوشانی دارند. برای اطمینان از اینکه SNP ها فقط از آن گزارش می شوند، از -C استفاده کنید
مناطق تراز منحصر به فرد

کاشی کاری نمایشی
-a مسیر کاشی کاری را با چاپ برگه جدا شده توصیف کنید
مختصات ناحیه تراز به stdout
-c توالی های مرجع دایره ای هستند و اجازه دهید
contigs کاشی به دهانه مبدا
-g int حداکثر فاصله بین ترازهای خوشه‌ای را تنظیم کنید [-1، INT_MAX]
مقدار -1 نشان دهنده بی نهایت خواهد بود
(عدد پیش فرض = 1000)
(پیش فرض پرومر = -1)
-i float حداقل درصد هویت را روی کاشی تنظیم کنید [0.0, 100.0]
(عدد پیش فرض = 90.0)
(پیش فرض پرومر = 55.0)
-l int تنظیم حداقل طول contig برای گزارش [-1، INT_MAX]
مقدار -1 نشان دهنده بی نهایت خواهد بود
(پیش فرض رایج = 1)
فایل -p خروجی یک مولکول شبه از پرس و جو را به 'file' تبدیل می کند
-R با قرار دادن به طور تصادفی آنها با contigs تکراری مقابله کنید
در یکی از مکان های کپی آنها (به معنی -V 0)
فایل -t خروجی یک لیست contig سبک TIGR از هر دنباله پرس و جو
که به اندازه کافی با مرجع مطابقت داشته باشد (غیر دایره ای)
فایل -u مختصات ناحیه ترازبندی جدا شده با تب را خروجی می کند
از contigs غیر قابل استفاده به "پرونده"
-v float حداقل پوشش contig را روی کاشی تنظیم کنید [0.0, 100.0]
(عدد پیش فرض = 95.0) مجموع ترازهای فردی
(پیش‌فرض promer = 50.0) وسعت منطقه syntenic
-V float تنظیم حداقل اختلاف پوشش پیوسته [0.0، 100.0]
یعنی تفاوت مورد نیاز برای تعیین یک تراز
"بهتر" از تراز دیگری است
(عدد پیش فرض = 10.0) مجموع ترازهای فردی
(پیش‌فرض promer = 30.0) وسعت منطقه syntenic
-x مسیر کاشی کاری را با چاپ XML contig توصیف کنید
پیوند دادن اطلاعات به stdout

ورودی خروجی دلتای برنامه nucmer است که روی داده های توالی بسیار مشابه اجرا می شود
خروجی دلتای برنامه promer، بر روی داده های توالی واگرا اجرا می شود.

خروجی stdout است و شامل مکان پیش‌بینی‌شده هر پرس و جوی هم‌تراز است
contig همانطور که به دنباله های مرجع نگاشت شده است. این مختصات به وسعت اشاره دارد
کل کوئری contig، حتی زمانی که فقط درصد معینی از contig در واقع وجود داشته باشد
تراز شده (مگر اینکه از گزینه -a استفاده شود). ستون ها عبارتند از، شروع در ref، پایان در ref، فاصله تا
contig بعدی، طول این contig، پوشش تراز، هویت، جهت گیری، و ID
بود.

با استفاده از خدمات onworks.net از show-snps آنلاین استفاده کنید