دانلود FastQC برای لینوکس

این برنامه لینوکس به نام FastQC است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان v0.12.1sourcecode.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

FastQC

شرح

FastQC یک ابزار تجزیه و تحلیل کنترل کیفیت است که برای شناسایی مشکلات بالقوه در مجموعه داده های توالی توان عملیاتی بالا طراحی شده است. هدف آن ارائه روشی ساده برای بررسی کیفیت داده‌های توالی خام حاصل از خطوط لوله توالی‌یابی با توان عملیاتی بالا است. این کار را با اجرای مجموعه‌ای از تحلیل‌های مدولار بر روی یک یا چند فایل توالی خام با فرمت fastq یا bam انجام می‌دهد. سپس گزارشی را تهیه می‌کند که نتایج را خلاصه می‌کند، و مناطقی را که کتابخانه ممکن است غیرعادی به نظر برسد برجسته می‌کند. سپس شما را به جایی هدایت می کند که داده های شما ممکن است مشکل داشته باشد و به شما اجازه می دهد قبل از انجام هر گونه تجزیه و تحلیل بیشتر، اقدامات لازم را برای تصحیح آن انجام دهید.

FastQC به هیچ نوع خاصی از تکنیک توالی یابی گره خورده نیست، بنابراین می توان از آن برای مشاهده کتابخانه های انواع آزمایشات مختلف (Genomic Sequencing، ChIP-Seq، RNA-Seq، BS-Seq و غیره) استفاده کرد.

امکانات

• داده ها را از فایل های BAM، SAM یا FastQ وارد می کند
• یک نمای کلی سریع ارائه می دهد که مناطق مشکل بالقوه را برجسته می کند
• نمودارها و جداول خلاصه برای ارزیابی سریع داده ها
• نتایج را به HTML صادر کنید
• می توان از آفلاین استفاده کرد

زبان برنامه نویسی

جاوه

دسته بندی ها

این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/fastqc.mirror/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.