این برنامه لینوکس به نام kallisto است که آخرین نسخه آن را می توان با نام kallisto_windows-v0.50.0.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن به نام kallisto را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
kallisto
شرح
kallisto برنامه ای برای کمی سازی تقریباً بهینه فراوانی رونوشت از داده های RNA-Seq یا به طور کلی تر از توالی های هدف با استفاده از خواندن توالی با توان بالا است. این مبتنی بر ایده استفاده از شبه همترازی برای تعیین سریع سازگاری خواندن و اهداف، بدون نیاز به تراز است.
بر اساس معیارهای انجام شده در رایانه رومیزی Mac، kallisto می تواند 30 میلیون خواندن RNA-seq انبوه انسان را در کمتر از 3 دقیقه تنها با توالی های خوانده شده و یک شاخص رونویسی تعیین کند، که ساخت آن به خودی خود بیش از 10 دقیقه طول می کشد. و از آنجایی که از شبه تراز استفاده می کند، در برابر خطاها در خواندن مقاوم است و اطلاعات کلیدی مورد نیاز برای کمی سازی را حفظ می کند. این باعث می شود کالیستو نه تنها سریع، بلکه بسیار دقیق نیز باشد. در بسیاری از معیارها، حتی از ابزارهای موجود نیز بسیار بهتر عمل می کند.
امکانات
- از شبه همترازی استفاده می کند
- سریع و دقیق
- RNA-Seq حجمی کمی را می توان با کارگاه آنالیز کرد
- می‌توان از آن برای پیش‌پردازش داده‌های RNA-seq تک سلولی با bustools استفاده کرد
زبان برنامه نویسی
C
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
