bp_fast_load_gffp - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

bp_fast_load_gff.pl - Chargez rapidement une base de données Bio::DB::GFF à partir de fichiers GFF.

SYNOPSIS

% bp_fast_load_gff.pl -d testdb dna1.fa dna2.fa fonctionnalités1.gff fonctionnalités2.gff ...

DESCRIPTION

Ce script charge une base de données Bio::DB::GFF avec les fonctionnalités contenues dans une liste de GFF
et/ou fichiers de séquence FASTA. Vous devez utiliser la variante exacte de GFF décrite dans
Bio::DB::GFF. Diverses options de ligne de commande vous permettent de contrôler la base de données à charger
et s'il faut autoriser l'écrasement d'une base de données existante.

Ce script est similaire à load_gff.pl, mais est beaucoup plus rapide. Cependant, il est codé en dur pour
utilise MySQL et ne fonctionne probablement que sur les plates-formes Unix en raison de sa dépendance aux tuyaux. Voir
bp_load_gff.pl pour un chargeur incrémentiel qui fonctionne avec toutes les bases de données prises en charge par
Bio::DB::GFF et bp_bulk_load_gff.pl pour un chargeur MySQL rapide qui prend en charge toutes les plateformes.

NOTES
Si le nom de fichier est "-", alors l'entrée est prise à partir de l'entrée standard. Comprimé
les fichiers (.gz, .Z, .bz2) sont automatiquement décompressés.

Les fichiers au format FASTA se distinguent des fichiers GFF par leurs extensions de nom de fichier. Des dossiers
se terminant par .fa, .fasta, .fast, .seq, .dna et leurs variantes majuscules sont traités comme FASTA
des dossiers. Tout le reste est traité comme un fichier GFF. Si vous souhaitez charger des fichiers -fasta depuis
STDIN, puis utilisez le swith de ligne de commande -f avec un argument de '-', comme dans

gunzip mes_données.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d test -f -

La nature de la charge requiert que la base de données soit sur la machine locale et que le
l'utilisateur indiqué a le privilège "fichier" pour charger les tables et a assez de place dans
/usr/tmp (ou tout ce qui est spécifié par la variable d'environnement \$TMPDIR), pour contenir le
tables de façon transitoire. Si votre MySQL est la version 3.22.6 et a été compilé à l'aide du "load
local file", alors vous pourrez peut-être charger des bases de données distantes avec des données locales en utilisant
l'option --local.

À propos de maxfeature : la valeur par défaut est de 100,000,000 XNUMX XNUMX de bases. Si vous avez des fonctionnalités qui sont
proche ou supérieur à 100 Mo de longueur, la valeur de maxfeature doit être augmentée
à 1,000,000,000 10 XNUMX XNUMX. Cette valeur doit être une puissance de XNUMX.

Si la liste des fichiers GFF ou fasta dépasse la limite du noyau pour le nombre maximum de
arguments de ligne de commande, utilisez l'option --long_list /path/to/files.

L'adaptateur utilisé est dbi::mysqlopt. Il n'y a actuellement aucun moyen de changer cela.

LIGNE DE COMMANDE OPTIONS

Les options de ligne de commande peuvent être abrégées en options à une seule lettre. par exemple -d au lieu de
--base de données.

--base de données Nom de la base de données MySQL
--create Réinitialiser/créer des tables de données sans demander
--local Essayez de charger une base de données distante en utilisant des données locales.
--user Nom d'utilisateur pour se connecter en tant que
--fasta Fichier ou répertoire contenant les fichiers fasta à charger
--password Mot de passe à utiliser pour l'authentification
--long_list Répertoire contenant un très grand nombre de
Fichiers GFF et/ou FASTA
--maxfeature Définit la valeur de la taille maximale de la fonctionnalité (100 Mo par défaut ; doit être une puissance de 10)
--group Une liste d'un ou plusieurs noms de balises (séparés par des virgules ou des espaces)
à utiliser pour le regroupement dans la 9e colonne.
--gff3_munge Activer le munging du nom GFF3 (voir Bio::DB::GFF)
--summary Génère des statistiques récapitulatives pour dessiner des histogrammes de couverture.
Cela peut être exécuté sur une base de données précédemment chargée ou pendant
la charge.
--Emplacement temporaire d'un répertoire de travail accessible en écriture

Utilisez bp_fast_load_gffp en ligne à l'aide des services onworks.net